日本古代史纲要

前言

日本古代史始于原始社会，终于1868年明治维新。其中，镰仓时代与室町时代又称日本中世史，安土桃山时代与江户时代又称日本近世史。

第一章“原始社会”介绍了旧石器时代（－前14000）、绳纹时代（前14000－前3世纪）与弥生时代（前3世纪－3世纪），第二章“奴隶社会”介绍了古坟时代（3世纪－592）；
第三章“大化改新与封建制的确立”介绍了飞鸟时代（592－710），第四章“奈良时代”介绍了奈良时代（710－794），第五章“平安时代”介绍了平安时代（794－1185）；
第六章“镰仓时代”介绍了镰仓时代（1185－1333），第七章“室町时代前期与南北朝时代”介绍了室町时代前期（1336－1467）与南北朝时代（1336－1392），第八章“室町时代后期与战国时代”介绍了室町时代后期（1467－1573）与战国时代（1467－1590）；
第九章“安土桃山时代”介绍了安土桃山时代（1573－1603），第十章“江户时代”介绍了黑船来航前的江户时代（1603－1853），第十一章“幕末的危机”介绍了江户时代末期（1853－1868）。

原始社会

旧石器时代

在更新世的大部分时期内，日本与大陆相连。更新世晚期至全新世初期，日本各地发生海进，出现日本海，先后形成朝鲜海峡、津轻海峡、宗谷海峡。从此，日本逐渐脱离大陆。日本各地海岸线向里后退，距今约1万年前，成为今天的日本列岛。
人类追随动物从大陆来到日本。日本列岛上的旧石器时代（旧石器時代）遗址超过四千个，大部分属旧石器时代晚期。群马县绿市的岩宿遗迹是日本最早发现的旧石器时代遗址，1949年的这一发现揭开了研究日本旧石器时代的序幕。大分县大分市的丹生遗迹、大分县日出町的早水台遗迹、栃木县栃木市的星野遗迹等被认为是旧石器时代早期的留存。
日本出土的旧石器时代人类化石较少。静冈县滨北市（今滨松市滨北区）发现的滨北人是本州目前确认的唯一的旧石器时代人类化石。

日本的旧石器时代晚期分为前期和后期。约3万年以前的为前期，以打制的原始石核石器、手斧和砍砸器为代表。约3万年前至约16500年前的为后期，以打制的石片石器为主，由刀形器演变为尖状器，此外还有刮削器和雕刻器等石片石器。
日本的远古人类，会打击制造简单的生产工具，从事狩猎和采集。人们居住在洞穴里，到了后期还住在竖穴式房屋中。人们已经学会利用火，一些遗址中发现了炉址。
远古人类组成聚落，集体狩猎和采集，共同分享劳动果实。婚姻关系是不分长幼的乱婚。后来，这种乱婚逐步过渡到同辈间发生夫妻关系的血缘群婚，后期出现不同聚落的同辈男女之间群婚的族外婚制。日本从此进入母系氏族社会。在母系氏族社会里，氏族成员只知其母而不知其父。

绳纹时代

约16500年前，日本进入绳纹时代（縄文時代）。它得名于绳纹陶器。绳纹时代是日本的新石器时代，分为早、前、中、后、晚五期。
绳纹时代，日本人的生产工具仍以石器为主，金属器尚未出现。早期多见打制的石斧、石镞、石枪等，北海道和东北地区出现了擦截石斧。绳纹前期打制石器仍占多数，中期以后磨制石器逐渐增多，定角石斧在后期和晚期普遍盛行。
陶器的创造和使用是绳纹文化的重大成就。绳纹陶器采用泥条盘筑法制造，器形、花纹、陶色在不同时期和不同地区具有不同特色。绳纹早期尖底深钵形器居多。花纹在前叶以南关东为中心流行撚系纹；中叶以西关东为界，东部流行沉线纹，西部流行押形纹。绳纹前期以平底圆筒形和钵形陶器为普遍。东日本流行绳纹，西日本流行爪形纹，不久两种花纹同时在全国流行。绳纹中期的陶器器体普遍偏大，装饰复杂，地方特色强烈。北海道流行圆筒形陶器，东北流行大木式陶器，中部流行胜坂式陶器，九州流行阿高式陶器。绳纹后期，全国盛行磨消绳纹陶器，器形多样，如壶、盘、瓮、钵、土坛等。绳纹晚期，东北地方以饰纹精巧的龟冈式陶器为代表，西日本则以无纹陶器为代表。

绳纹时代，人们的主要生产活动是狩猎、捕鱼与采集。捕捉禽兽的工具主要是弓箭和石枪、石镞。人们捕鱼使用的渔具有鱼钩、鱼叉等，也能使用渔网捕鱼，还可以乘独木舟出海捕鱼，贝类是绳纹时代重要的食物来源。日本发现了约2500个绳纹时代的贝冢，即人们掷弃在村落周围的贝壳和兽骨、鱼骨以及石器、陶片等各种垃圾日积月累所形成的遗址。
绳纹时代中后期已经出现了原始农耕，一些遗址中发现了掘土用的石斧和摘穗用的石刀。水稻最早在绳纹晚期从中国传入日本，北九州是日本最早种植水稻的地区。

绳纹时代人们居住在竖穴式房屋中，前期以后，室内中央设有炉灶。绳纹早期的村落大都在丘陵和台地顶端或斜坡上，因为人们为了寻找食物不断迁徙，一般规模小，延续时间短。这种小型村落是氏族的聚居区，竖穴式房屋是氏族公社成员的住处。前期村落规模较大，延续时间较长。
绳纹文化处于共同劳动和分配的原始共产主义社会，这是以血缘关系为纽带，以生产资料公有制为基础的母系氏族公社。氏族-胞族-部落构成了母系氏族公社繁荣时期的社会组织系统。婚姻制度由群婚逐渐过渡到了不稳定的对偶婚，在这种婚姻制度里，一个男性在许多妻子中有一个主妻，一个女性在许多丈夫中有一个主夫。
绳纹时代人们穿的衣服由兽皮和植物纤维的编织物制成。装饰品有手镯、项链、发饰、耳饰、腰饰等，由土、木、贝、石、玉、骨、角等材质制成。当时人们有拔齿和研齿的习俗。成年人拔掉犬牙或门牙，把门齿研磨成带沟的叉子形状。人们死后葬在公共墓地。

弥生时代

公元前3世纪，日本进入弥生时代（弥生時代）。它得名于发现弥生陶器的东京都文京区弥生町。弥生时代的生产工具有石刀、木锹、铜和铁镞，种植水稻，分为前期、中期、后期三个阶段。
弥生陶器的特点是薄而兼顾，饰纹简素，讲究实用。器形多为瓮、壶、高杯等。弥生中期以后使用了旋转台，制陶业可能同农业分离，进行专门生产。

弥生时代，中国和朝鲜的铁器和青铜器传入了日本。铁器出现于弥生前期，当时数量有限，直接用于农业生产的占少数，但被广泛作为利器加工制造木制农具和骨角器。青铜器出现稍晚，一般作为宝器和祭器，生产上没有大量使用。弥生时代金属器尚不发达，石器仍被广泛使用，因此属于金石并用时代。到了弥生后期，随着金属器的发展，石器数量显著减少。铁器的出现促使木制工具迅速发展，这些工具大都用硬木制造，普遍用于生产。
弥生时代，水稻栽培逐渐成为农耕社会的基础。当时水田一般选在能够自然灌溉和便于使用木制工具的沼泽地和海岸丘陵背后的低湿地，但随着弥生后期铁器的增多和生产技术的发展，平地上也能够修渠引水种植水稻。

由于水稻生产迅速发展，男性在劳动中愈显重要，妇女则退居次要地位。随着分工的发展，男性逐渐拥有更多的财产，于是出现了父权制大家庭，母权制没落。父权制大家庭是从对偶婚向一夫一妻制过渡的形式。随着生产力和私有制的进一步发展，父权制大家庭又分解为一夫一妻制的个体家庭。这些家庭逐渐变成社会经济单位。
许多独立的个体家庭组成农村公社，这是依据经济和地域关系而非血缘关系形成的。生产工具、牲畜、房屋等为家庭私有财产，农业由个体家庭独立经营，耕地则为公社所有，定期分配给社员。
贫富不均和阶级分化逐渐出现。氏族首领利用职权将剩余产品和交换产品攫为己有，不断扩大私有财产，逐渐变成剥削他人的奴隶主，战俘和公社内部分化出来的穷人则变为他们的奴隶。

当时中国称日本为“倭”。《汉书·地理志》中记载，“乐浪海中有倭人，分为百馀国，以岁时来献见云”，指的就是当时日本的部落或部落联盟。东汉建武中元2年（57），光武帝刘秀向“倭奴国”赐金印，标志着古代中日外交关系的建立。“倭奴国”指的是当时日本众多部落之中的奴国。

奴隶社会

邪马台国

弥生时代中后期，约公元2世纪时，日本出现了邪马台国（邪馬台国）。据《三国志·魏志·倭人传》记载：“其国本亦以男子为王，住七八十年，倭国乱，相攻伐历年，乃共立一女子为王，名曰卑弥呼。”邪马台国的位置尚无定论，一般认为位于畿内或者九州。
邪马台国成立之初，尚处于部落或部落联盟的阶段。到弥生后期，随着生产力的发展，形成了所谓“国”，真正具备了国家的特点。2世纪下半叶，倭国大乱（倭国大乱），部落或部落联盟之间进行多年战争。直到卑弥呼（卑弥呼，？－247）被立为邪马台国女王，统辖周围三十多国。卑弥呼多次向中国的魏国朝贡。

《魏志·倭人传》记载，邪马台国“及宗族尊卑，各有差序，足相臣服”。社会被划分为大人、下户、生口、奴婢四个等级：“大人”是贵族、奴隶主；“下户”是平民或自由民，占人口多数，有向国家纳税的义务；“生口”和“奴婢”是奴隶，来源于战俘和罪犯，没有人身自由，甚至被当作殉葬品。
邪马台国是日本列岛上最早的国家，所以政治机构还很原始、简单。国家的最高统治者为女王，其下有大率、大倭、大夫等高官。大率是中央派往地方的监察官，大倭是主管全国市场的官吏，大夫是主持外交事务的官吏。地方机构一般为两级。女王拥有军队，曾与狗奴国交战并多次出兵朝鲜南部。为了维持秩序，已有不成文的法律和刑罚。
邪马台国还保留着很多原始社会的残余。国王不是世袭，也不是由武力取得，而由贵族共立。附属邪马台国的部落或部落联盟，有一定的自主性。

大和国的统一

3世纪末，大和国（ヤマト王権）在以大和（今奈良县）为中心的畿内地区兴起。4世纪末至5世纪初，大和国基本统一了日本。其首领最初称为“大王”，后来改称“天皇”。天皇号称“万世一系”，自天照大神的后裔神武天皇（神武天皇，神武天皇元年－神武天皇76年在位）以来一脉相传，从未改朝换代。神武天皇为神话人物，其后的第二代至第九代天皇也因缺乏具体记载和考古证据被称为“阙史八代”（欠史八代），第十代天皇崇神天皇（崇神天皇，崇神天皇元年－崇神天皇68年在位）是考古上最早可考的天皇。
3世纪下半叶，大和地区出现了以锁孔形的前方后圆坟为代表的古坟（古墳），从3世纪下半叶至7世纪建造古坟的时期就被称为古坟时代（古墳時代）。一些古坟规模巨大，只有驱使大量奴隶和平民才能修成。古坟于4世纪传播到西至日向地区，东至关东地区，5世纪已遍及南至九州南端，北至奥羽陆中的广大地区，大致体现出大和国的发展状况。

4世纪中叶，大和政权向朝鲜南部扩张势力。当时朝鲜半岛由高句丽、百济、新罗形成三国鼎立的局面。百济因受北部强大的高句丽和东部的新罗威胁，想借日本的势力对抗两国，大和政权也企图介入，在朝鲜建立自己的统治势力。4世纪60年代，大和政权出兵朝鲜，侵攻新罗，征服任那（今庆尚南道），使百济成为朝贡国。4世纪末，随着国土的统一和国力的强大，大和政权进一步侵略朝鲜。404年，大和政权被高句丽击败。
413年开始，大和政权多次主动向东晋、南朝进贡。中国史书上中断近150年的日本朝贡记载重新开始，出现了中国史书中记载的倭五王（倭の五王）：赞、珍（赞之弟）、济、兴、武（兴之弟）。据考证，赞即履中天皇，珍即反正天皇，济即允恭天皇，兴即安康天皇，武即雄略天皇。
倭五王时代，大和政权势力强盛，经济发展，对中国物品需求日益增加，希望通过朝贡满足需要，同时也想借中国的权威加强在朝鲜半岛的势力。

大和政权的奴隶制度采用部民制（部民制），它诞生于4世纪统一国家的征伐战争过程中。部民是皇室和贵族的私有民集团，冠有主人名、职业名、地名。部民来源于中国朝鲜移民、被征服者、战俘、罪犯。
田部民是从事农业生产的皇室私有民，被奴役于皇室的直辖领地——屯仓。子代、名代之民是皇族的私有民，冠有天皇、皇后、皇子名和宫名，一般占用国造的私有民设置，委托国造的一族掌管，为皇族生产和贡纳生产产品。部曲（民部）之民是贵族的私有民，被奴役于贵族的私有领地——田庄。品部民是从事某种专业的皇室私有民，种类繁多，一般是在皇室拨给的少量土地上，一边生产自给的粮食，一边生产贡纳品或服役。
奴婢制是与部民制相辅的奴隶制度。但和部民不同，奴婢可以买卖，主人对奴婢有生杀予夺之权，并且奴婢没有家室，身份地位更低。

在部民制的基础上建立起来的统治体制是氏姓制（氏姓制度）。氏是由直系、旁系血缘家族和非血缘家族组成的社会集团，冠有居住地名、职业名、祖先名。氏的首领为氏上，有势力的氏上担任朝廷官职，参与国政。氏上有田庄和部曲、奴婢，是奴隶主贵族。氏的一般成员为氏人，是自由民，有势力的氏人拥有奴婢。
氏上有表示身份高低的世袭称号——姓。天皇为了统治贵族，掌握赐予或剥夺姓的权利。一般天皇的后裔姓臣、君，所谓神祇的后裔姓连，中国、朝鲜移民的后裔姓主、史、村主等。
臣姓、连姓的贵族地位最高，其中最有权势者称大臣、大连，辅佐天皇，处理朝政。大和政权地方设国，国下设县。国的长官是国造，由朝廷派遣或任命臣服于大和朝廷的地方贵族，一般姓臣、君、公、连、直等；县的长官是县主，姓之长等。

随着国家的统一和大陆先进技术的不断输入，大和国的生产力有了很大发展。铜和铁的冶炼技术从中国传入日本，铁制工具在6、7世纪已广泛普及。农田水利事业随之迅速发展，各地筑堤、修池，开垦大片荒地。农业一直以耕种水稻为主，由于农具的改良，旱地耕作也迅速发展。
制陶、纺织技术也传入日本，为日本手工业发展作出贡献。制盐始于绳纹后期，在古坟时代已相当普及。金工方面的镀金、贴金、镶嵌、雕金等技术也相当发达。

日本古代只有自己的语言，没有自己的文字。5世纪开始，许多百济学者到达日本，传播汉字和儒学。此外，古坟时代还有许多精通汉文的朝鲜籍汉人来日，受到大和朝廷的欢迎。这样，汉字在日本上层社会逐步推广，儒学也成为统治阶级的理论依据。
佛教自从中国传入百济后，也转而传入日本。日本人的固有信仰是以血缘和地缘为纽带的氏族神，称为神道（神道）。佛教与这种传统的民族信仰不相容，传入之初就引发神道信徒的反对。然而，由于日本社会的发展，氏族制度业已崩溃，统一国家已经建立，但氏族制度的残余势力严重妨碍了社会的发展，围绕着信佛的问题展开了四大氏族间的斗争。以物部氏、中臣氏为代表的保守势力拥护神道，反对佛教，以苏我氏为代表的先进势力则主张信佛。大和氏表面中立，实际上倒向苏我氏。大和政权为了取得中国的支持与高句丽抗争，同时安定社会和发展生产，所以主张信佛。552年，百济圣明王向钦明天皇（欽明天皇，539－571在位）赠予金铜像与经论，引起物部尾舆和中臣镰子与苏我稻目的对立。经过长期斗争，587年，物部尾舆之子物部守屋和中臣镰子之子中臣胜海被杀，苏我氏取得胜利。佛法最终成为统一日本的思想支柱。

圣德太子的改革与飞鸟文化

自5世纪下半叶起，日本在朝鲜半岛的势力衰退。475年，高句丽南下攻陷百济首都慰礼城（今首尔）。百济迁都熊津（今忠清南道公州市），力求在南部扩大疆界，弥补在北面失去的领土。512年，百济遣使要求大和政权割让任那四县。当时的大和政权因无力继续统治朝鲜南部地区，不得不答应百济的要求。562年，新罗攻占任那。这对大和政权是个沉重打击，政治上加深了统治阶级内部的矛盾，经济上失去了朝鲜的物质、技术、劳力来源。
皇室在国土统一后，不断霸占地方贵族的领地，扩大自己的屯仓，并将侵略朝鲜的负担强加在他们身上，皇室和地方贵族间的矛盾日趋尖锐。九州北部的筑紫国历来是侵略朝鲜的基地，军事负担最重。527年，大和朝廷派近江毛野（近江 毛野，？－530）率六万大军征伐新罗，筑紫国造磐井（磐井，？－528）借机掀起叛乱。磐井占据火国（肥前国、肥后国）和丰国（丰前国、丰后国），经过一年多的战斗，最后在三井郡被物部麁鹿火（物部 麁鹿火，？－536）所灭。
6世纪中叶以后，部民制开始瓦解，部民纷纷逃亡。大臣苏我稻目（蘇我 稲目，约506－570）为扭转这种局面，派人编制田部户籍。从此以部为单位被奴役的田部民，变成以户为单位进行生产和向国家交纳租赋的小生产者。
朝廷内部新旧势力之间的斗争也日益加剧。6世纪初，在朝廷中握有实权的大伴氏因主张把任那四县割让给百济，遭到贵族的攻击，从而失去政治势力，代之而起的是物部氏和苏我氏。物部氏是朝廷掌握军事的名门贵族，很早就和大伴氏同为大连，参与国政，是维护原有统治秩序的守旧势力。苏我氏因在朝廷中掌管财政而逐步扩大势力。钦明朝（539－571）时期，苏我稻目任大臣，同大连物部尾舆（物部 尾輿）一起辅佐朝政。苏我稻目是接受中国、朝鲜的先进思想文化的开明政治家，除编制户籍外，他还主张崇佛，以统一全国思想，加强皇权。物部尾舆主张信仰原来的神道，以维护氏姓制和部民制，由此与苏我稻目展开了激烈斗争。

587年，用明天皇（用明天皇，585－587在位）死后，以皇位继承问题为契机，苏我稻目之子苏我马子（蘇我 馬子，约551－626）和物部守屋（物部 守屋，？－587）进行殊死搏斗。7月，苏我马子取得胜利，物部氏从此灭亡。打败物部氏后，苏我马子操纵皇室，推动崇峻天皇（崇峻天皇，587－592在位）即位。崇峻天皇不满苏我马子专权，结果592年被苏我马子暗杀。同年推古天皇（推古天皇，593－628在位）即位，次年立用明天皇遗子厩户皇子为皇太子，并任命为摄政，世称圣德太子（聖徳太子，574－622）。

圣德太子接受中国的尊王大一统思想，试图建立以天皇为中心的中央集权体制来挽救社会危机，仿照隋朝制度，展开改革。
推古天皇11年（603），圣德太子制定了冠位十二阶（冠位十二階），次年开始实施。冠位不是官职，而是授予贵族的荣爵，只按才干和功绩授予，不能世袭。因此冠位制一定程度上起了抑制氏姓门阀势力和选拔人才的作用，并推进了贵族的官僚化和以天皇为首的官僚体制的形成。
推古天皇12年（604），圣德太子制定了十七条宪法（十七条憲法）。宪法主要是对官僚贵族的道德规范，内容多来自佛教和中国的儒家、法家思想。儒家思想是宪法的核心，宪法提出“承诏必谨，君则天之，臣则地之。”“国靡二君，民无两主；率土兆民，以王为主。”其目的在于加强皇权，压制氏姓贵族的势力。宪法要求贵族上下和睦，克制私欲，息争守礼，同时提出给百姓必要的生产和生活条件。
圣德太子还提倡佛教，以统一思想，加强皇权。推古天皇2年（594）下诏“兴隆三宝”，十七条宪法中也提出“笃敬三宝”。推古天皇15年（607），圣德太子带头建造斑鸠寺（法隆寺），亲自在宫中讲解佛经，又撰写《三经义疏》（三経義疏）。国内很快出现弘扬佛法，竞造佛寺的局面。
圣德太子为了向中国学习，从推古天皇15年（607）开始，四度派遣遣隋使，恢复中断一个多世纪的中日邦交，并派遣多名留学生。他将中国农历向全国推广。圣德太子还从推古天皇28年（620）开始编纂《国记》《天皇记》《臣连伴造国造百八十部并公民等本记》等史书。

大和政权建都于大和南部的飞鸟（今奈良县明日香村）。推古天皇即位后，大和政权开始发生重大变革。因此，592年以后日本定都于飞鸟的这段时期，称为飞鸟时代（飛鳥時代）。6世纪中叶佛教传入至大化改新前，日本诞生了飞鸟文化（飛鳥文化）。这是日本最早的佛教文化，深受中国北魏和南朝的影响，分布在以飞鸟为中心的畿内及其周围。
日本最早的佛教寺院是飞鸟寺（飛鳥寺），由苏我马子建于6世纪末。圣德太子所建的法隆寺（法隆寺）是世界现存最早的木结构建筑。这些建筑以凸肚状柱子、云形的斗拱和肘状支木为特点，采用了中国六朝建筑式样。
雕刻方面，现存最早的是飞鸟寺的释迦如来像，它和法隆寺的释迦三尊像均以北魏的雕刻为样本。广隆寺和中宫寺的弥勒像吸收中国南梁佛像的式样，表现出半跏思惟的柔和自然。

大化改新与封建制的确立

大化改新

圣德太子的改革没有挽救社会危机，国内阶级矛盾日渐激化。7世纪上半叶，土地兼并盛行，租佃制广泛兴起。部民的反抗斗争日益高涨。随着部民制的衰落，统治阶级内部矛盾也日渐加深。贵族们为争夺土地，战争不断。
圣德太子死后，苏我马子曾向推古天皇要求割让葛城县，遭到拒绝。推古天皇34年（626），苏我马子病死，其子苏我虾夷（蘇我 蝦夷，约586－645）继承大臣。推古天皇36年（628），推古天皇去世，苏我虾夷排斥圣德太子之子山背大兄王（山背大兄王，？－643），拥立田村皇子即位为舒明天皇（舒明天皇，629－641在位）。皇极朝（642－645）时期，苏我虾夷之子苏我入鹿（蘇我 入鹿，约611－645）专擅朝政，为了扼杀改革，他于皇极天皇2年（643）将山背大兄王灭族。

正当社会危机严重之时，圣德太子派到中国的留学生陆续归国。这些留学生积极传授隋唐封建制，在部分贵族中发生强烈影响，出现了以中大兄皇子（中大兄皇子，626－672）和中臣镰足（中臣 鎌足，614－669）为代表的新兴势力。两人组建革新派，决定推翻苏我氏，夺取政权。皇极天皇4年（645）6月12日，中大兄皇子和中臣镰足发动乙巳之变（乙巳の変），在皇极天皇朝前暗杀了苏我入鹿，苏我虾夷也自尽身亡。
革新派很快组建了新政权，轻皇子即位为孝德天皇（孝徳天皇，645－654在位），中大兄皇子为皇太子，为防止一人专权，设内臣、左大臣、右大臣三职，并任两名留学生为国博士。新政权仿中国建年号为大化，以唐制为蓝本，有步骤地实行改革，史称大化改新（大化の改新）。大化元年（645）9月，舒明天皇与苏我马子之女所生的古人大兄皇子（古人大兄皇子，？－645）因谋反被中大兄皇子所杀。12月，首都由飞鸟迁往难波（今大阪市）。大化2年（646）元旦，颁布《改新之诏》（改新の詔）。

首先，废除部民制，建立班田收授法（班田収授法）和租庸调制（租庸調）。新政府废除了皇室的屯仓、贵族的田庄以及部民，把全国的土地和人民收归国有，称公地公民制（公地公民制）。在此基础上，政府每隔6年，班给6岁以上的男子口分田2段，女子为男子的三分之二，奴婢为公民的三分之一。受田人死后，口分田归公。班田农民担负租庸调。租即实物地租，庸即劳役或其代纳物，调即地方特产。调分为田调、户调、付调，田调按土地面积征收，户调按户征收，付调随地方特产征收。
其次，建立中央集权制。大化5年（649）下诏，命令国博士“置八省百官”，建立中央机构。地方设国、郡、里，分别由国司、郡司、里长治理。这样，把原有氏姓贵族统辖的大小诸国，置于中央的直接控制之下。大化3年（647），制定七色十三阶冠。大化5年（649），制定冠位十九阶。对于大夫以上的贵族赐予食封，以下的给予布帛，作为俸禄。

大化改新后，日本进入封建社会。奴婢在大化改新后仍然存在，但在社会生产中已不起主导作用。

壬申之乱与天武朝的改革

白雉4年（653），中大兄皇子奏请孝德天皇迁都飞鸟，以便控制守旧势力。孝德天皇不许，中大兄皇子不顾天皇的反对，率领皇族和群臣回到飞鸟。孝德天皇陷于孤立，次年饮恨死去。
孝德天皇死后，中大兄皇子之母皇极天皇（皇極天皇，642－645在位）重新即位，称齐明天皇（斉明天皇，655－661在位）。她大兴土木，修建宫殿楼阁，给人民带来沉重的徭役负担，引起民怨。齐明天皇4年（658），孝德天皇之子有间皇子（有間皇子，640－658）阴谋叛乱，被中大兄皇子绞死。

中大兄皇子为了转移守旧势力的锋芒和人民群众的不满情绪，大举征伐北方少数民族并出兵朝鲜。齐明天皇4年（658），派阿倍比罗夫（阿倍 比羅夫）前往东北征讨虾夷。齐明天皇6年（660），再次派遣阿倍比罗夫征讨肃慎。
660年，百济被新罗和唐朝所灭。誓死抵抗的百济将军向大和政权求援，中大兄皇子借此机会出兵朝鲜。齐明天皇7年（661），天皇和中大兄皇子亲赴筑紫指挥。同年，齐明天皇死于筑紫，中大兄皇子临朝称制。天智天皇2年（663），中大兄皇子派兵攻打新罗，8月在白村江之战（白村江の戦い）遭到惨败。战后日本为防备新罗和唐朝的进攻，在对马、隐岐、筑紫设置防人和烽火台，在筑紫修建了水城。天智天皇6年（667），迁都近江（今滋贺县）。侵略朝鲜的战争加深了国内阶级矛盾，中大兄皇子不得不对守旧势力妥协，于天智天皇3年（664）允许氏上私有部民，部分恢复了部民制。

天智天皇7年（668），中大兄皇子即位为天智天皇（天智天皇，668－672在位）。同年，天皇命中臣镰足制定《近江令》（近江令）22卷，这是日本最早的成文法典，但早已失传。
繁重的劳役，使人民四处逃散。天智天皇9年（670），政府为防止人民逃亡，编制户籍，史称“庚午年籍”。
天智天皇同其弟大海人皇子（大海人皇子，？－686）之间的矛盾日渐加深。天智天皇即位时大海人皇子被立为皇太子，是法定的皇位继承人。但在天智天皇10年（671），天皇任命自己的长子大友皇子为太政大臣，实际上等同于立为皇太子，后来称弘文天皇（弘文天皇，672在位）。为了维护大友皇子的地位，天智天皇还重用守旧的大贵族。大海人皇子以出家为名避居吉野。

天智天皇病死后，大海人皇子决定举兵。弘文天皇元年（672），大海人皇子离开吉野，经伊贺、伊势来到美浓，以此为根据地，发动东国军队。东国与皇室关系密切，封建官僚贵族的力量比较强大，而守旧势力比较薄弱。大海人皇子举兵之后，东国的国司、郡司纷纷响应。他截断了近江朝廷与东国的联系，并于7月初兵分两路分别向大和、近江进发。7月22日，大海人皇子在濑田桥战役（瀬田橋の戦い）中取得决定性胜利，次日大友皇子自缢而死。这场历时一个多月的内战，史称“壬申之乱”（壬申の乱），以大海人皇子的胜利告终。

天武天皇2年（673），大海人皇子在飞鸟净御原宫即位为天武天皇（天武天皇，673－686在位）。天武天皇即位后，推进了革新事业。经济方面，天武天皇5年（676）下诏废除664年天智天皇恢复的氏上私有部民的制度，并废除朝廷赐予亲王、诸王、诸臣及各寺院的山林池泽岛浦，收归国有。天武天皇12年（683），为革新俸禄制，下诏将赐予亲王以下诸臣的食封归还国家。但由于新的俸禄制没有立即制定出来，食封制自然也不可能彻底废除。
在彻底废除部民制的基础上，采取恢复和发展生产的一些措施。天武天皇5年（676）下诏：“自今以后，明察百姓，先知富贫，简定三等，仍中户以下，应与贷。”在鼓励生产和减轻农民的徭役负担的同时，朝廷把班田农民紧紧束缚在土地上，加强封建剥削和压迫。
在政治方面，加强皇权和军事力量。天武天皇实行皇亲政治，他在位期间没有任命一个大臣，而是完全依靠皇后、皇子等皇亲进行统治。天武天皇12年（684）制定八色姓（八色の姓）：真人、朝臣、宿祢、忌寸、道师、臣、连、稻置。真人授予五世以内的皇亲原公姓氏，朝臣、宿祢分别授予原臣姓氏、连姓氏，忌寸授予直姓的国造诸氏。把真人置于八姓之首，以提高皇亲的政治地位。天武天皇11年（682）规定姓氏的序列作为考选文武官的先决条件。天武天皇10年（681）开始修改《近江令》，在此基础上制定《飞鸟净御原令》（飛鳥浄御原令），持统天皇3年（689）开始实施。此令共22卷，现已全部失传。当时未制定律，实行的应是唐律。天武天皇10年（681）下令修纂国史，以期提高皇威。
在实行皇亲政治的同时，注意起用中小官吏。天武天皇6年（677）下诏：“凡任国司者，除畿内及陆奥、长门国以外，皆任大山位以下人。”制定冠位四十八阶，使中小官吏有更多的仕途机会，以此削弱大贵族的势力。

持统天皇8年（694），日本迁都藤原京（今奈良县橿原市）。

《大宝律令》与封建制的确立

文武天皇4年（700），中臣镰足之子藤原不比等（藤原 不比等，659－720）等人开始制定《大宝律令》（大宝律令）。大宝元年（701），律令基本修成，随即实施。《大宝律令》由律6卷、令11卷组成。“律”相当于刑法，基本模仿唐律，但也吸收了日本固有维持秩序的制度；“令”相当于行政法、民法、诉讼法，根据日本社会经济的实际，参照唐令制定。《大宝律令》的制定，标志着日本律令制（律令制）的正式形成。
养老2年（718），藤原不比等奉命修成《养老律令》（養老律令），基本继承了《大宝律令》，包括律10卷12篇、令10卷30篇。不过，《养老律令》在天平宝字元年（757）才实施。

国家土地所有制建立了起来。法令详细规定了班田收授法的具体内容。政府每6年重新制定户籍，班给6岁以上的男女口分田。受田人对口分田只有终身使用权，没有所有权，受田人死后，口分田归公。除了口分田外，政府永久分给各户一定数量的园田、宅地，这些土地可以买卖。山川沼泽为公用。为了便于班田，逐步实行将耕地纵横区划的条里制。班田农民担负租庸调和杂徭。
为实施班田收授法和征收赋税，模仿唐朝建立户籍制度。天智天皇9年（670）制定了庚午年籍后，持统天皇4年（690）又制定了庚寅年籍。日本的户籍制度全面师承唐制，以乡户为单位。乡户是家长制家庭，包括户主的直系亲属、旁系亲属以及寄口、奴婢、家人等。乡户中包含的小家庭房户，逐渐脱离乡户成为独立的纳税单位。
官僚贵族按位阶、官职、功劳受位田、职田、功田。位田赐予五位以上贵族，不得世袭和自行处理。职田也只能在职期间占用，卸任或死亡后归还国家。功田分为大、上、中、下四等，大功田可世袭，上功田传曾孙，中功田传孙，下功田传子。位田、功田是输租田，职田除郡司职田外是不输租田。神田、寺田是私有土地，是不输租田。这些土地或出租给班田农民，或役使家人、奴婢耕种。
以上土地之外剩余的田地称乘田，由国司经营管理，以一年为限租给班田农民，地租送交太政官充作费用。
天皇设置直辖领地官田100町，由宫内省管理，派遣田司经营。土地由从事杂徭的班田农民耕种，种子、农具、畜力全由公家提供。

中央设二官八省一台五卫府（二官八省一台五衛府）。二官即神祇官、太政官，前者掌管国家祭祀，后者为最高行政机关。太政官的长官是太政大臣，但实权掌握在左大臣和右大臣手中。太政官下设中务、式部、治部、民部、兵部、刑部、大藏、宫内八省，省下置职、寮、司等下级机关。一台即弹正台，是负责肃正风俗和弹劾官吏不法行为的监察机构。五卫府即卫门府、左右卫士府、左右兵卫府，是负责宫廷警卫的军事机构。
全国划分畿内、七道，下设国、郡、里，分别由国司、郡司、里长治理。国司由中央派遣，郡司则任命地方豪族，里长在里内的居民中选择。此外，特别重要的首都、摄津、九州分别置左右京职、摄津职、大宰府。
各机关原则上由长官、次官、判官、主典四等官以及下级官吏组成。

军事制度上，中央设五卫府，每国设数个军团（軍団），军团受国司的指挥监督。九州设大宰府管辖下的防人司，以防外国入侵；陆奥设镇守府，防备虾夷。士兵采取征兵制，模仿唐朝的府兵制实行兵农合一。正丁的三分之一被指定为士兵，平时从事农业生产，在一定时期到军团服役。

国民被划分成“良民”和“贱民”。良民包括皇族、贵族和广大公民，是自由民。皇族分为亲王和诸王，亲王为天皇的皇子、兄弟、姐妹，诸王为二世以下至四世王；令制称五位以上的有位阶者为贵族。公民包括改新前的自由民和绝大部分部民。品部和杂户虽是良民，但在生产中所处的地位并没有改变，身份地位介乎良民与贱民之间，称为半自由民。
贱民是改新后没有得到解放的奴隶，包括陵户、官户、家人、奴婢。其中奴婢身份最低贱，他们不得建立家庭，被当作财产买卖。法律不准贱民和良民通婚，两者非法所生子女，被定为贱民。

律令制度不分司法和行政，各级行政机关同时也是司法审判机关。刑罚的种类有笞、杖、徒、流、死五等。
天皇的地位和权限，法律上没有明文规定，因为天皇拥有至高无上的神权，所以是立于法律之上的国家最高统治者。皇权神授、天皇即神的宗教观念在贵族阶层中已经确立。天皇通过律令所规定的中央到地方的各级机构和官吏，实现对全国的统治。律令制的国家体制就是以天皇为首的中央集权的封建专制主义。封建制度在日本用法律形式确定了下来。

奈良时代

奈良时代的经济发展

元明天皇（元明天皇，707－715在位）即位后，在大和北部的奈良仿唐都长安营造平城京。和铜3年（710），从藤原京迁都至此，日本从飞鸟时代进入了奈良时代（奈良時代）。飞鸟的各个寺院也陆续迁到平城京。为了便于政令通达、租调运送、军队调动，政府修建了从京城通向东海、东山、北陆、山阴、山阳、南海、西海的7条干道，干道上设有驿家。
朝廷积极开拓边境，征服东北的虾夷和西南的隼人。和铜元年（708）新设出羽郡，在最上川河口构筑出羽栅（今山形县庄内地方），作为统治虾夷的一个据点。和铜5年（712）设置出羽国。天平5年（733），出羽栅移至雄物川河口的秋田，并在此修筑秋田城。与此同时，政府强迫东海、东山、北陆的农民移居开发东北边境。太平洋沿岸修建了多贺城，作为镇守府兼陆奥国府，置镇守府将军，统治虾夷。天平9年（737），陆奥与出羽之间的直通道路开辟。虾夷人虽反抗不断，但均被镇压。
在西南，九州南部隼人的反抗被镇压，置大隅国，加强对此地的统治，并迁出内地人，使隼人服属于天皇政府。种子岛、屋久岛、奄美大岛、德之岛、久米岛等西南诸岛也都向朝廷贡献方物。

奈良时代的农业发展显著。铁制农具更加广泛使用，并且出现了犁，开始用牛耕田。水稻种植广泛采用了插秧技术和割茎法。政府为扩大耕地面积，役使农民兴修沟渠、池塘、堤坝等水利设施。采矿业自大化改新以来迅速兴起。政府派国司和生产者大力开发矿山，但当时矿山规模不大，产量也有限。
农业的发达和矿业的兴起，为手工业生产的发展创造有利条件。手工业分官营手工业和家庭手工业。中央的各寮、司以及国衙、郡衙设置手工业作坊，由品部、杂户生产高级手工产品。家庭手工业则生产较简单的产品。奈良时代的金属工业、纺织业、造纸业、制漆业也相当发达。
商业同样得到发展。平城京设有东西两市，畿内等地也出现了市。和铜元年（708）仿唐开元通宝铸造银币、铜币——和同开珎（和同開珎）。此后至10世纪，日本先后铸造了12种铜钱，称为皇朝十二钱（皇朝十二銭）。铸造和同开珎之后，政府于和铜4年（711）发布蓄钱叙位令（蓄銭叙位令），奖励用钱。但由于商品经济尚不发达，除了京畿内外，流通不广，交易仍以实物交换为主。

班田制的动摇和庄园制的产生

班田收授法与租庸调制在一定程度上促进了生产力的发展，但8世纪后开始动摇。由于土地不足，而且手续繁杂，不能如数班田也不能按期班田。沉重的徭役负担和公私高利贷的盘剥，使班田农民贫困不堪。人们实在不堪忍受时，便背井离乡，逃亡他方，大量土地因此荒芜。大部分农民和奴婢不得不进入贵族和寺社的领地，这些领地后来变成庄园，逃到这里的农民和奴婢成了庄民。
政府为了增加税收，奖励开垦，养老6年（722）在东北提出了良田百万町步开垦计划（良田百万町歩開墾計画）。次年颁布三世一身法（三世一身法），规定凡新修沟池开垦的土地无论多少都归开垦者三代所有，而利用原有沟池开垦的土地只许开垦者一代所有。但这一法令没有达到政府预期的目的，因为垦田仍要交还国家，所以“农夫怠倦，开地复荒”。政府遂于天平15年（743）发布垦田永年私财法（墾田永年私財法），承认按身份地位规定的限额之内开垦的土地为永久私有。这一制度促使封建国家土地所有制迅速向封建土地私有制转化。
贵族、寺院凭借财势，圈占土地，驱使手下奴婢、邻近班田农民以及逃来的农民和奴婢进行大规模开垦。他们通常在垦地上修建管理者的住宅和仓库，称作庄所，由庄长管理。由庄所的庄长经营的垦地称为庄园，垦田是初期庄园形成的主要途径。贵族、寺院还靠买进、霸占附近班田农民的口分田和垦田，不断扩大自己的庄园。原有寺社的寺田、神田和贵族的位田、职田、功田也逐渐变成他们的庄园。
自8世纪下半叶至9世纪出现的庄园称初期庄园（初期荘園）。庄园由庄园领主直接经营或委托庄长管理，庄长由中央贵族、寺院派去或任命当地豪族。庄园的土地大部分出租给邻近班田农民耕种；另一部分由领主直接经营，依靠庄民的劳役耕种。
初期庄园制是封建地主所有制，但庄园是输租田，领主要向国家交纳田租，庄民要交纳庸、调，还保留着国家土地所有制的残余。

朝廷内部的权势之争

随着班田制的动摇，权贵之间的矛盾斗争相当激烈。藤原不比等死后，在朝廷握有实权的是高氏皇子之子左大臣长屋王（長屋王，684－729）。藤原氏想立不比等的女儿光明子为皇后，以确立在朝廷中的势力，但遭到长屋王的反对。神龟6年（729），藤原不比等的四个儿子藤原武智麻吕、藤原房前、藤原宇合、藤原麻吕制造阴谋迫使长屋王自尽。长屋王之变（長屋王の変）后，藤原氏立光明子为圣武天皇（聖武天皇，724－749在位）的皇后，称光明皇后（光明皇后，701－760），藤原四兄弟掌握了政权。
天平9年（737），藤原四兄弟相继死于天花，朝廷的实权落入橘诸兄（橘 諸兄，684－757）之手。橘诸兄执政时，圣武天皇摆脱藤原氏的束缚，重用从唐朝回来的玄昉（玄昉，？－746）和吉备真备（吉備 真備，695－775），遭到贵族阶层尤其是藤原氏的反感。藤原氏伺机恢复原来的政治地位。天平12年（740），藤原宇合之子藤原广嗣（藤原 広嗣，？－740）上表请求除掉玄昉和吉备真备，又在九州举兵叛乱。朝廷征发五道军队镇压，在板柜川会战（板櫃川の会戦）中大败藤原广嗣。藤原广嗣后被捕杀死，叛乱平息。藤原广嗣之乱（藤原広嗣の乱）发生后，政局更加不稳，首都相继由平城京迁至山城的恭仁宫、摄津的难波宫、近江的紫香乐宫，天平17年（745）又迁回平城京。
圣武天皇想借助佛教缓和社会矛盾，于天平13年（741）下令各国建造国分寺（金光明四天王护国之寺）和国分尼寺（法华灭罪之寺），天平15年（743）又下诏建造卢舍那大佛。建造大量寺院，耗费巨大，从而加深了社会危机。

藤原广嗣之乱后，橘诸兄逐渐失势，代之而起的是受光明皇后和孝谦天皇（孝謙天皇，749－758在位）宠信的藤原武智麻吕之子藤原仲麻吕（藤原 仲麻呂，706－764）。藤原仲麻吕极力维护律令制，天平宝字元年（757）施行了其祖父藤原不比等制定而搁置达29年的《养老律令》。失势的橘诸兄之子橘奈良麻吕（橘 奈良麻呂，约721－757），乘人民苦于建造大佛的机会，联合对藤原仲麻吕不满的皇族和贵族，策划起兵。但由于内部有人告密，天平胜宝9年（757）被镇压。
橘奈良麻吕之乱（橘奈良麻呂の乱）后，为缓和阶级矛盾，藤原仲麻吕将农民的最大负担杂徭减半，免除天平胜宝8年（756）以前高利贷的利息。淳仁天皇（淳仁天皇，758－764在位）即位后，藤原仲麻吕受名惠美押胜，官至太政大臣。不久因孝谦上皇宠信僧侣道镜（道鏡，约700－772），藤原仲麻吕势力下降。为除掉道镜，天平宝字8年（764），藤原仲麻吕起兵，但失败被斩。藤原仲麻吕拥立的淳仁天皇被废，流放到淡路。
孝谦上皇再次即位为称德天皇（称徳天皇，764－770在位）。道镜受天皇重用，天平神护元年（765）被任命为太政大臣禅师，次年被任命为法王。道镜施行佛教政治，兴建寺院，推行崇佛政策。贵族对道镜掌权本来极为不满，加之藤原仲麻吕之乱（藤原仲麻呂の乱）后饥馑不断，米价腾贵，社会不安。后道镜意图篡夺皇位，但未达目的。神护景云4年（770）称德天皇死后，道镜迅速失势。藤原百川（藤原 百川，732－779）和藤原永手（藤原 永手，714－771）拥立天智天皇之孙白壁王为光仁天皇（光仁天皇，770－781在位），道镜被流放到下野。

日唐文化交流以及白凤文化与天平文化

日本皇室为汲取隋唐统治经验和先进的科学文化，多次遣使到中国和唐朝修好。自舒明天皇2年（630）至宽平6年（894），日本共任命遣唐使20次，其中成行入唐的有15次。使团成员利用在唐一年左右的时间，积极学习唐朝科学文化知识，并向唐朝进呈日本政府赠送的礼物，归国时带去唐朝回赠的礼物。遣唐使还送留学生和留学僧入唐学习，接他们学成回国，对日唐文化交流起了很大的作用。
唐朝也有中国人东渡日本，促进中日友好，交流生产文化知识。扬州僧侣鉴真（688－763）从742年至753年六次东渡，终于成功到达日本。鉴真在日本受到热烈欢迎，被朝廷封号“传灯大法师”。天平胜宝8年（756），鉴真被任命为大僧都。天平宝字3年，鉴真按唐朝寺院布局，建造唐招提寺（唐招提寺）。他将律宗在日本发展为一个独立的教派。

随着律令制的建立和中日文化的交流，出现了灿烂的白凤、天平文化。白凤文化（白鳳文化）是大化改新后至迁都奈良前的文化，以佛教艺术为核心。其前期深受中国六朝文化影响，后期则显示出唐朝文化的影响。
位于奈良的药师寺东塔是遗留至今最出色的白凤时期建筑。这是一座三层塔，每层都附有飞檐，塔顶耸立着相轮。药师寺的药师三尊像是初唐式样。兴福寺佛头具有杏仁形眼，鼻有棱角，嘴唇写实，含着古典的微笑，这种式样的白凤铜像在日本很多。
绘画以法隆寺金堂壁画最为著名，采用线描与晕染法画出了很强的立体感和真实感。高松冢古坟壁画色彩鲜明，技巧精湛。
奈良时代编辑的《万叶集》中不少和歌（和歌）出自白凤时期的皇族及其臣下歌人之手。和歌用万叶假名写成，万叶假名（万葉仮名）是借用汉字的音和义来表记日语音节的文字。这个时期的和歌大都是描写风景的叙景歌或歌颂皇室的赞歌。与汉诗不同，和歌五、七音交错，最常见的短歌采用五、七、五、七、七的格式。著名的歌人有柿本人麻吕（柿本 人麻呂，约660－724）等。大化改新以来，不少皇室贵族能写作六朝风格的汉诗，奈良时代编辑的《怀风藻》中就收录了白凤时期大友皇子等人的诗。这个时期的汉诗尚处于模仿阶段。

天平文化（天平文化）是奈良时代的文化，深受盛唐文化影响。
自推古朝以来，朝廷一直保护佛教。天平时期，政府为解决律令制下的社会矛盾，极力提倡佛教。三论宗、成实宗、法相宗、俱舍宗、华严宗、律宗这六个佛教学派大为发展，称为南都六宗（南都六宗）。儒学也被日本政府积极推广。日本政府中央设大学，地方设国学，作为培养官吏的机构。大学、国学以儒家经书为主课，用儒家思想培养各级官吏。
天平胜宝3年（751）编成的《怀风藻》（懐風藻）是日本现存最早的汉诗集，收录了贵族、僧侣等64位作者共120首诗。著名的《万叶集》（万葉集）完成于奈良后期，是日本现存最早的和歌集，共20卷，收录4世纪至8世纪四千五百多首和歌。《万叶集》中的诗人大多是天皇、贵族，但也有防人和关东的农民。这个时期的著名诗人有山上忆良、山部赤人、大伴旅人、大伴家持等。山上忆良（山上 憶良，约660－约733）的《贫穷问答歌》（貧窮問答歌）是描写班田农民悲惨生活的优秀作品：

风雨交加夜，冷雨夹雪天。
瑟瑟冬日晚，怎耐此夕寒。
粗盐权佐酒，糟醅聊取暖。
鼻塞频作响，俯首咳连连。
捻髭空自许，难御此夜寒。
盖我麻布衾，披我破衣衫。
虽尽我所有，难耐此夕寒。
比我更贫者，听我问数言。
妻儿吞声泣，父母号饥寒。
凄苦此时景，何以度岁年？
天地虽云广，独容我身难。
日月虽云明，岂照我身边。
世人皆如此，抑或我独然？
老天偶生我，耕作不稍闲。
身着无絮衣，条条垂在肩，
褴褛如海藻，何以御此寒。
矮屋四倾斜，稻铺湿地眠。
妻儿伏脚下，父母偎身边。
举家无大小，呜咽复长叹。
灶头无烟火，锅上蛛网悬。
忍饥已多日，不复忆三餐。
声微细如丝，力竭软如绵。
灾祸不单行，沸油烧烈焰。
里长气汹汹，吆喝在房前。
手执笞杖来，催讨田税钱。
世道竟如此，此生怎排遣？
反歌
忧患兮人世，羞辱兮人世。
恨非凌空鸟，欲飞缺双翅。

和铜5年（712），太安万侣（太 安万侶，？－723）编撰完成《古事记》（古事記），这是日本现存最早的史书。《古事记》共三卷，从神代记录到推古天皇。养老4年（720），舍人亲王（舎人親王，676－735）主持编成《日本书纪》（日本書紀）。《日本书纪》共30卷，从神代记录到持统天皇，是模仿中国的正史体裁，采用汉文编年体写成。和铜6年（713），朝廷命令各国编纂《风土记》（風土記）。《风土记》是记录地方民俗、地理、历史、农业、神话等的地方志，现存出云、播磨、肥前、常陆、丰后五国风土记，其中以《出云国风土记》最为完整。
日本寺院建筑的布局、风格、雕刻、绘画等都受唐朝影响。唐招提寺金堂是天平时期建筑的代表。东大寺卢舍那佛像（東大寺盧舎那仏像）在天平胜宝4年（752）举行开眼供养仪式，代表了日本雕刻的顶峰。当时的工艺品收藏在正仓院（正倉院），包括圣武天皇和光明皇后的遗物以及唐朝、新罗甚至波斯的工艺品。

平安时代

桓武朝的改革与班田制的崩溃

8世纪末，日本统治阶级适应当时形势，在公地公民制的框架内进行一些有利于缓和阶级矛盾、保证国家收入和巩固统治的有限度的改革。天应元年（781），桓武天皇（桓武天皇，781－806在位）即位。为了推进改革，他在打倒道镜而取得实权的藤原种继（藤原 種継，737－785）支持下，于延历3年（784）迁都山背的长冈，离开了贵族和大寺院等守旧势力盘根错节的平城京。守旧势力企图阻止，将藤原种继杀害，但阴谋分子旋即受到严惩。延历13年（794），都城又从长冈迁到山背的葛野，称平安京（今京都市）。山背国改称山城国。从迁都平安京开始，日本从奈良时代进入了平安时代（平安時代）。平安时代以后直到明治维新，京都仍是日本的都城。
桓武天皇积极维护法制，整肃地方政治。延历5年（786）制定国郡司考核十六条，用以考核地方官吏政绩，打击贪官污吏。延历16年（797）新设勘解由使，责成其严格监督新任国司与前任的交接事宜，整饬地方官纪。另外任用有才能者为郡司，还大力裁减编外国司郡司。
社会经济制度也进行了改革。桓武天皇鉴于班田制实施的一系列问题，将班授时间从6年一班改为12年一班。他还降低贷稻利率，并于延历8年（789）承认良贱通婚合法，所生子女为良民。在良贱制度改革的基础上，10世纪初醍醐朝（897－930）时期终于法律明定废除奴隶制。
在军事制度上，桓武天皇于延历11年（792）废除边境以外各地的征兵制，而代之以从郡司子弟和富人中招募的健儿制。桓武朝（781－806）改革使农民的债务负担和徭役负担相对减轻，奴婢逐步得到解放。
自延历8年（789）起，桓武天皇三次用兵东北虾夷地，第三次时任命坂上田村麻吕（坂上 田村麻呂，758－811）为征夷大将军。延历21年（802），坂上田村麻吕平定北上川中游的胆泽，在此筑胆泽城（今岩手县奥州市）置镇守府。次年，他又在胆泽城以北筑志波城（今岩手县盛冈市），从而巩固了此地的封建统治。桓武天皇也曾向日本海方向的出羽开拓疆土，势力达到能代川流域。

桓武朝以后诸代天皇也进行了改革。嵯峨天皇（嵯峨天皇，809－823在位）为加强天皇权力，提高工作效率，对政府机构进行了整顿，设置藏人和检非违使。两者都是令里没有规定的官职，故称令外官（令外官）。藏人侍于天皇左右，掌管机密文件，传达天皇诏敕。检非违使执掌京都军事、治安、审判事宜。这两个原属临时性的官职后来改为常设，置藏人所和检非违使厅，权限越来越大。
随着不断改革，原有许多律令内容已经过时，条纹需要不断修改。嵯峨天皇下令编纂《弘仁格式》（弘仁格式）。“格”是经过修改的律文，“式”是为律文应用所作的详细规定。淳和朝（823－833）于天长10年（833）修成《令义解》（令義解）10卷，统一和固定了令的解释，并具有令的同等效力。清和朝（858－876）于贞观11年（869）制定《贞观格式》（貞観格式），还模仿唐制进一步改进了宫廷仪式。这样，桓武之后的几个天皇通过设置令外官和制定格、式，为重建和维持动摇了的律令制作出努力。

统治阶级虽然进行了一些政治改革，但是作为早期封建国家掠夺农民的土地制度——班田制的崩溃仍然不可避免。进入9世纪，班田制已难以推行，征收庸调已无意义。延喜2年（902）举行了最后一次班田。
由于班田制的崩溃，国家为保证财源，便不得不采用新的租赋征收方式——田堵制。田堵制就是让较殷实的农户每年承包一定面积耕地的经营，担负纳租责任。承包人称为“田堵”（田堵），所承包的土地称为“负名”（負名），田堵承包耕地要在每年春天向国家提出“请文”订立契约。随着田堵制的推行，政府征收租赋就不再按照公民户籍上的人头，而是按照登记在土地册上的田堵实际耕种的土地面积。
田堵制大约出现于9世纪。最初因为契约一年一换，田堵的土地占用还很不稳定。后来由于田堵坚持斗争，得以逐步加强耕地的占有权，给所占土地加上自己的名字。于是“名田”（名田）产生了，其所有者称为“名主”（名主）。名田可以继承和转让。名田一般是1至3町，个别的才达十几甚至几十町，因而所有者有大名主（大名田堵）和小名主（小名田堵）之分。小名主是富裕农民，基本依靠自家劳力耕种名田，劳力不足者将部分名田租给贫困农民。大名主多在边疆地带，或全部出租，或部分出租，其余土地自耕。
11世纪以后，名田不仅是公领（公領）即国衙领地的基本征税单位，也成为庄园的基本征税单位。庄园的大部分已由名田构成，名主向庄园领主交纳年贡，还负担向庄园领主提供的各种日用必需品。他们还要承担各种徭役，如果庄园离京都较远，可以交纳实物代替。由于名田经营成为庄园经营的基本方式，作为庄民徭役劳动主要对象的庄园领主的直营地便越来越小。

庄园制的形成与发展

庄园除了以神田、寺田等不输租田为基础形成的外，原则上都是输租田，庄园领主必须从庄民的年贡里拿出一部分作为田租上交国家。在初期，庄民还要承担国家的临时杂役，庄园土地的调查权也属于国衙，国衙的检田使和征税吏等有权进入庄园进行检田、收租和征调劳力。直到平安前期，庄园尚不具有完全私有地的性质。
从9世纪起，庄园领主开始争取自己的庄园不输租化。他们借助自己的权势向政府申请庄园免租，政府一旦批准，便发放可不输租的太政官符和民部省符。获得不输租特权的庄园称为“官省符庄”（官省符荘）。10世纪以后，庄园领主又开始力争获得“不入”特权，也就是禁止国衙官吏进入庄园，不承认政府在庄园里拥有司法权和治安权。不输不入的庄园完全排除了国衙的一切干涉，庄园领主获得了统治庄园的一切权力，庄园成为其私人领地。不输不入的庄园自11世纪起迅速增多，至12世纪遍及日本各地。

10世纪以后，不同于初期庄园即垦田地系庄园（墾田地系荘園）的寄进地系庄园（寄進地系荘園）逐渐增多。原来地方的在地领主（在地領主）为得到权力庇护并借助这种权力使自己的庄园不输不入化，往往把自己的庄园“寄进”给中央贵族和大寺社，奉之为领主，称之为“领家”（領家），并将庄园年贡的一部分分给领家，自己则留在原地管理庄园。如果领家的权势仍不足以同国司抗衡，则将庄园寄进给更有权势的贵族，奉之为“本家”（本家）。这样就形成了自下而上层层进献土地的庄园领主土地所有制。但这种这种土地所有制尚不稳定，本家、领家等各级领主大多是名义上的领主，在地领主才是庄园的实际所有者。他们不仅掌握庄园经济、行政、司法的权力，还是庄园武装力量的组织者。
庄园经济是一种农业同家庭手工业紧密结合的自给自足经济，一个庄园就是一个同外界很少联系的经济整体。12世纪，庄园领主制确立起来，封建庄园约占全国一半的土地。另一半的公领由于知行国（知行国）制度的确立，也逐渐封建领地化了。贵族在知行国即领国拥有行政权，可以获取租税等利益。至13世纪，知行国成为皇亲、权贵和武家的世袭领地。公领实际上可以看作是以中央政府作为本家，国司作为领家的庄园。

10世纪以后，铁制农具和使用牛马耕作在名主中已普及，水稻生产方法获得显著进步，旱田作物也得到发展和普及。农业同手工业进一步分工，奈良、京都和一些庄园附近的手工业作坊有专门的工匠。商业也有发展，奈良和京都从市集商业发展到了店铺商业，地方的寺社门前和庄园要地都开辟了定期集市。在水陆要地出现了称为“津屋”“问”的货栈，经营货栈的“问丸”往往是经济力量雄厚的名主，为庄园保管、运送年贡或代理贩卖，收取手续费。

藤原氏的摄关政治

在公地公民制破坏的同时，以天皇为首的律令制也危机四伏。奈良末期僧侣政权垮台后，贵族势力再度膨胀，其中藤原氏的势力恢复显著。作为最大的权门贵族，藤原氏一直受到天皇政府的优厚赏赐，获得大量土地、劳力和财富，远胜他人。
9世纪初，藤原冬嗣（藤原 冬嗣，775－826）在被任命为藏人头以后，立刻将女儿送入宫中作仁明天皇（仁明天皇，833－850在位）女御，生下文德天皇（文徳天皇，850－858在位）后便获得天皇外祖父身份。藤原冬嗣之子藤原良房（藤原 良房，804－872）如法炮制，也将女儿送入宫中，从而成为清和天皇（清和天皇，858－876在位）的外祖父。
承和9年（842），藤原良房制造承和之变（承和の変），废除身为淳和天皇皇子的皇太子并改立仁明天皇的皇子。藤原氏由此成为皇室外戚，独揽大权。贞观8年（866），藤原良房制造应天门之变（応天門の変），称应天门失火实为伴善男（伴 善男，811－868）纵火，将他流放，大伴氏从此走向没落。
齐衡4年（857），藤原良房以文德天皇舅父的身份破例成为第一个非皇族身份的太政大臣，次年又以太政大臣的身份为年幼即位的清和天皇“总摄庶政”，进而于贞观8年（866）正式获得“摄政”（摂政）称号。藤原良房之后，其养子藤原基经（藤原 基経，836－891）任摄政。仁和3年（887），刚即位的宇多天皇（宇多天皇，887－897在位）赋予藤原基经总揽国政全权，下诏说：“其万机巨细，己统百官，皆先关白太政大臣，而后奏下。”这是“关白”（関白）一职的正式出现。藤原氏以外戚身份在天皇年幼时作摄政，在天皇成年后作关白，开创了摄关政治（摂関政治）这一特殊政体。
藤原氏的统治逐渐奢靡腐败，大肆建造宫殿、神社和佛寺。国家收入无法满足他们的奢侈要求，便对能够出钱承包工程的人，出售国司及其以下相应的官职。于是，许多官僚贵族纷纷通过贿赂藤原氏兼任国司，身在京都，派代官赴任。国司毫不顾及生产，听任代官搜刮人民。

藤原基经死后，宇多天皇在宽平9年（897）让位给醍醐天皇（醍醐天皇，897－930在位）。醍醐天皇为抑制藤原势力，不置摄关，实行亲政。为维护律令制，醍醐天皇授权政府严厉监督国司行为，严禁国司拖延轮换；励行班田制，禁止院宫王臣私占空闲土地、荒田、山川薮泽，从而禁止新立庄园；铸造延喜通宝。醍醐天皇统治期间还完成了《延喜格式》（延喜格式）的编纂，它与《弘仁格式》《贞观格式》总称“三代格式”（三代格式）。三代格式加上《大宝律令》《养老律令》组成了日本早期封建国家的较完备的法典。
延喜14年（914），醍醐天皇向群臣征求治国意见，三善清行（三善 清行，847－919）提出了著名的《意见封事十二条》（意見封事十二箇条）。他首先指出了严峻的现实：“自后风化渐薄，法令滋彰，赋敛年增，徭役代倍，户口月减，田亩日荒。”加以建寺造佛，帝室权贵奢侈浪费日甚，导致国库空虚，经济凋敝。他建议，应请“消水旱求丰禳”“禁奢侈”“敕诸国随见口数授口分田”“加给大学生徒食粮”“依旧增置判事员”等措施。醍醐天皇予以认真考虑。
村上天皇（村上天皇，946－967在位）继承了醍醐天皇的治国方策。他在统治期间下令禁止奢侈，节省开支，降低物价，还制定新仪式，铸造乾元大宝。天德元年（957），菅原文时（菅原 文時，899－981）上书天皇，提出《意见封事三条》（意見封事三箇条），建议“禁奢侈”“停卖官”“不废失鸿胪馆怀远人励文士”三条，受到天皇重视。
醍醐、村上两代天皇实行亲政，革除时弊，史称“延喜之治”（延喜の治）和“天历之治”（天暦の治）。但是，他们的改革并没有阻止律令制继续走向崩溃的趋势。

延喜之治和天历之治对藤原氏的摄关政治来说是一次危机。直到安和2年（969），时任关白藤原实赖（藤原 実頼，900－970）发动安和之变（安和の変），迫使左大臣源高明（源 高明，914－983）下台，藤原氏的摄关政治终于牢固确立，摄政和关白成为常设职位。而从10世纪下半叶起，藤原氏通过接受庄园寄进开始变成大庄园领主。至11世纪中叶，藤原氏庄园已占全国土地十几分之一。此后百余年，藤原氏一直专擅朝政，随意废立天皇，管理摄关家的机关政所（政所）成了国政的中心，朝廷变成仅仅行使礼仪的场所。藤原道长（藤原 道長，966－1028）有四个女儿被选为后妃，后一条天皇、后朱雀天皇、后冷泉天皇皆其外孙，他曾写下和歌“此世即吾世，如月满无缺”来描述自己得意的心情。

武士阶层的形成

摄关政治日渐腐败，地方国司对农民的掠夺日甚。9世纪下半叶起，农民纷纷组织起来，以直接向朝廷控诉的形式同国司进行斗争。被神社和寺院所统治的豪族和农民也纷纷来京直诉国司。在地方，农民还在武装起来的豪族率领下进攻国府，劫掠运往京都的物品。在京畿地区，一些武装的破产农民和流浪者不时闯进京都，袭击、火烧皇宫、摄关家和留京国司的宅邸。直到11世纪上半叶，各地仍然是“国内骚动，众人相互敌视，每日皆斗”的形势。

农民反对藤原政权的斗争中，新兴武士开始登上历史舞台。从9世纪中期起，强大的在地领主逐渐组织起以自己的一族为骨干的私人武装力量，借以镇压庄民，反抗国司，保卫庄园和扩大庄园。武士（武士）由此出现，武士团（武士団）就是以在地领主为核心组建的武装组织。在藤原氏垄断政权的情况下，许多被排挤的中下层贵族来到地方当国司，其中一些定居下来，蓄养武士，在地方发展势力，这类贵族中有一些是出身皇族而被赐予新姓降为臣籍的人。随着军团制的崩溃和健儿制的采用，武士日益成为公认的军事力量。
武士团是按照宗族结合和主从结合这两种关系组织起来的。在地领主往往都有一门庞大的宗族，族长为“本家”，称为“惣领”（惣領）；其余都为“分家”，称为“庶子”（庶子）。分家奉本家为首领，听从其命令。一旦有事，宗族便团结起来战斗，惣领任指挥。此外，武士还会从其宗族子弟和非宗族子弟中挑选出有能力的人作为从者，给予从者土地并予以庇护，结成主从关系。出身宗族子弟的从者称“家子”（家の子），出身非宗族子弟的从者称“郎党”（郎党）。
10世纪以来，武士团已经出现在各地，几个小武士团合并成大武士团，小武士团首领变成大武士团首领的郎党。武士团开始得到官方承认，国司常任用武士团的首领为押领使和追捕使，委以军事、警察之权，维持地方秩序。有的武士被召到京都，或警卫皇宫，或充当中央贵族和寺社的侍者。这时武士的活动基本上还仅限于地方。
武士团迅速成长，其中成长最快、实力最强的是桓武平氏和清和源氏的武士团。平氏是桓武天皇的子孙，势力范围主要在关东的上总、下总、常陆；源氏是清和天皇的子孙，在近畿的摄津、河内等地发展势力。

10世纪30年代几乎同时发生了两大叛乱事件——平将门之乱和藤原纯友之乱，因发生于承平、天庆年间，史称承平天庆之乱（承平・天慶の乱）。平将门（平 将門，约903－940）属于平氏一族，定居下总国，承平5年（935）同族发生内讧，朝廷进行干预。为此他纠集反抗国衙的关东武士驱走关东北部地方官，天庆2年（939）宣布关东八国独立，自称“新皇”。朝廷次年派军征讨，但征讨军未到，叛乱已被身为地方武士的平氏同族平贞盛（平 貞盛，约917－约989）和下野押领使藤原秀乡（藤原 秀郷，约891－约958）平息。藤原纯友（藤原 純友，约893－941）在伊豫国为官，承平6年（936）率千余只船发动叛乱，天庆2年（939）袭击淡路、赞岐两国国府，逼近九州大宰府。天庆4年（941），藤原纯友之乱被源经基（源 経基，？－约961）镇压。承平天庆之乱说明，朝廷已无力镇压叛乱，必须借助地方武士的力量。
长元元年（1028），房总又爆发了平忠常之乱（平忠常の乱）。朝廷派出的将领无力镇压叛乱，于是改用源氏一族的源赖信（源 頼信，968－1048），迅速在长元4年（1031）平定了叛乱。从此，平氏势力在关东被源氏取代。自源赖信时起以河内国为根据地，史称“河内源氏”。
此后，安倍氏和清原氏相继在东北地方发动叛乱——永承6年（1051）至康平5年（1062）的前九年之役（前九年の役）和永保3年（1083）至宽治元年（1087）的后三年之役（後三年の役）。朝廷先后起用了源赖信之子源赖义（源 頼義，988－1075）和源赖义之子源义家（源 義家，1039－1106），两次叛乱才得以平定。源氏势力又从关东地方扩展到东北地方。在此期间，源义家威名大振，越来越多关东的在地领主和名主向源氏寄进土地，请求保护。朝廷对此感到恐惧，以至发令禁止。公卿贵族虽不得不承认源氏的武力，但对源氏武士团首领仍以身份卑微而加以歧视，阻止其进入中央政界。
平氏虽因平忠常之乱而失去关东地盘，但从平贞盛之子平维衡（平 維衡）起，根据地转移到近畿的伊贺、伊势，史称“伊势平氏”。而自平维衡曾孙平正盛（平 正盛，？－约1121）及其子平忠盛（平 忠盛，1096－1153）时起，平氏开始与院政政权结合，进入中央政界。

院政与平氏政权

藤原氏摄关家的腐朽统治遭到人民强烈的反抗，同时也加深了统治阶级内部的对立。治历4年（1068），后三条天皇（後三条天皇，1068－1073在位）即位，他是自宇多天皇170多年以来第一位不以藤原氏为外戚的天皇。后三条天皇已不满于充当贵族摄关政治的装饰品，力图摆脱藤原氏的掣肘。他反击藤原氏的计划，与在藤原氏统治下被剥夺仕途的庄园中下级贵族们的意图不谋而合。后三条天皇就和反藤原氏势力共同策划整顿庄园，以摄关家所拥有的庄园为整顿的主要对象。延久元年（1069），后三条天皇颁布《延久庄园整理令》（延久の荘園整理令），规定宽德2年（1045）后建立的庄园一律废除，在此以前建立的庄园如果妨碍国务或者立庄证据不足也要废除。随后，后三条天皇设置记录庄园券契所（記録荘園券契所），责成大江匡房（大江 匡房，1041－1111）主持所务。虽然庄园整顿工作受到藤原氏的严重干扰，但还是起到一定效果。后三条天皇还进行了其它经济政治改革，如为了统一度量衡制宣旨枡（宣旨枡），禁止国司重任等。
延久4年（1073），后三条天皇让位给白河天皇（白河天皇，1073－1087在位），不久死去。白河天皇为了摆脱藤原氏的控制，扶植新兴的武士集团。应德3年（1087），白河天皇让位给堀河天皇（堀河天皇，1087－1107在位），自己以上皇资格在院中听政，自此开创了院政（院政）制度。上皇通过院厅（院庁）行使院政，成为国家事实上的最高统治者。院厅起用身份较低而有能力的人为别当、判官代、主典代等院司，执行政务，并利用武士团作为院政的军事支柱。白河院将主要来自平氏的武士安置在院御所北面，保卫上皇，称为“北面武士”（北面武士）。上皇颁布的诏令称“院宣”（院宣），其效力高于天皇颁布的诏敕。白河上皇（1087－1129院政）、鸟羽上皇（1129－1156院政）、后白河上皇（1158－1192院政）共执政105年，史称“院政时代”。在此期间摄政、关白继续存在，但已是有名无实。
院政打击了摄关政治，然而在本质上却和摄关政治并无不同。知行国集中在院手中，通过颁布庄园整理令，庄园也集中于院手中。历代上皇和摄关家一样，耽于奢靡，营造宫殿，兴建寺院。为了弥补财政的巨大消耗，卖官鬻爵，搜刮民财。

院政的出现进一步促使统治阶级内部的矛盾复杂化和尖锐化。上皇、天皇和藤原氏以及源氏、平氏两大武士集团之间错综复杂的矛盾关系的发展，最终导致了保元元年（1156）的保元之乱（保元の乱）和平治元年（1160）的平治之乱（平治の乱）。在保元之乱中，依靠源为义（源 為義，1096－1156）和平忠正（平 忠正，？－1156）兵力的崇德上皇（崇徳天皇，1123－1142在位）、左大臣藤原赖长（藤原 頼長，1120－1156）一派，被借助源为义之子源义朝（源 義朝，1123－1160）和平忠正外甥、平忠盛之子平清盛（平 清盛，1118－1181）兵力和后白河天皇（後白河天皇，1155－1158在位）、藤原赖长之兄关白藤原忠通（藤原 忠通，1097－1164）一派击败。这使贵族们认识到，不只地方之乱，就是中央皇族、贵族之间的对立，不依靠武士的力量也无法解决。此后，平清盛受到后白河院重用，扶摇直上，这又加剧了平清盛和源义朝之间的矛盾。在平治之乱中，平清盛终于击败对手，源义朝在逃亡中被杀，其子源赖朝（源 頼朝，1147－1199）幸免于难，被流放到伊豆。
保元之乱和平治之乱为平氏掌权铺平了道路。仁安2年（1167），平清盛升任太政大臣，官邸设在京都的六波罗。平氏政权（平氏政権）就此建立，又称六波罗政权。平氏政权是从大官僚贵族封建主统治的天皇制早期封建国家向以中小封建主为社会基础的军事封建主集团统治的中期封建国家过渡的政权形式。平清盛从贵族、寺社夺取庄园，夺得了以畿内、西国为中心的五百多所庄园和全国半数以上的知行国，任命自己的家臣为领国的国司，任命武士管理一部分贵族庄园。与采取闭关政策的贵族政权不同，平氏政权与南宋通好，积极推进日中贸易。为便于南宋大型船只驶入濑户内海，曾动工开凿音户之濑户海峡，并在摄津的福原（今兵库县神户市）筑港，将其发展为对中国贸易的重要港口。
但是，平氏政权的革新极为有限。平清盛没有改变原有的国家机构，反而愈加贵族化。后白河院、摄关家以及奈良、京都的大寺院越来越不满于平清盛的统治，地方武士团也丧失了对他的信赖。安元3年（1177）发生了受后白河上皇指使的贵族密谋打倒平氏的鹿谷阴谋事件（鹿ヶ谷の陰謀），平清盛利用事件铲除了一批反平氏贵族。治承3年（1179），平清盛发动政变，将反平氏贵族尽数罢官，废止了后白河院政。

治承三年政变（治承三年の政変）引发了各地反平氏势力起兵。治承4年（1180），位居中央的源赖政（源 頼政，1104－1180）首先举兵，并以后白河上皇之子以仁王（以仁王，1151－1180）的名义号令各国源氏起事。源赖朝随之在伊豆举兵，其堂弟源义仲（源 義仲，1154－1184）也在信浓举兵。8月，源赖朝在相模的石桥山之战（石橋山の戦い）中败于平氏军队，逃往安房，但旋即于10月率关东大小武士团在富士川之战（富士川の戦い）中大败平氏军队。畿内及其它各国的武士也都纷纷起来为夺取土地而战斗。
治承5年（1181）2月，平清盛病死。内乱扩展到九州和四国，几乎遍及全国。寿永2年（1183）7月，源义仲进逼京都，平清盛之子平宗盛（平 宗盛，1147－1185）携平清盛外孙安德天皇（安徳天皇，1180－1185在位）仓皇出走西国，后鸟羽天皇（後鳥羽天皇，1183－1198在位）在京都即位，于是出现东西两天皇。后白河上皇挑动源义仲和源赖朝相争。寿永3年（1184）1月，源赖朝派其弟源范赖（源 範頼，1150－1193）和源义经（源 義経，1159－1189）率军西上，灭源义仲于近江的粟津（今滋贺县大津市），2月败平宗盛于摄津的一之谷（今兵库县神户市）。寿永4年（1185）2月再败平氏于赞岐的屋岛（今香川县高松市），最后于3月在长门的坛之浦（今山口县下关市）海域全歼平氏军队。这场历时6年的大规模内乱史称治承寿永之乱（治承・寿永の乱），也就是源平合战（源平合戦）。日本平安时代至此结束。

平安时代的文化

平安前期，日本文化受唐朝影响强烈，称为弘仁贞观文化（弘仁・貞観文化）。宽平6年（894），新任遣唐使菅原道真（菅原 道真，845－903）上奏天皇，以“大唐凋敝”“海路多阻”为理由，建议停派遣唐使。宇多天皇接受了建议，日本和唐朝的关系遂告中断，不久唐亡。此后，将唐朝文化与日本元素融合的国风文化（国風文化）继之而起。摄关政治时期的国风文化对之后的院政期文化（院政期文化）影响深远。

延历23年（804），传教大师最澄（最澄，约767－822）入唐求法，上天台山。次年最澄回国，在京都比叡山开创日本天台宗，盛极一时。弘法大师空海（空海，774－835）和最澄一同入唐，在长安青龙寺学习密教。大同元年（806）空海回国，弘仁7年（816）在高野山开创日本真言宗。其后圆仁（円仁，794－864）和圆珍（円珍，814－891）分别于承和14年（847）和天安2年（858）从唐朝归国，把天台宗和密教调和起来，建立台密。日本以比叡山和高野山为两大中心的山岳佛教郁然兴起，寺院常建在深山密林，以出世静修。平安后期，祝福个人来世的净土宗正好迎合处于社会底层的农民对精神安慰的需求，在日本发展迅速。
奈良时代以来，佛教极盛，日本固有的神道不得不退居一隅。到平安后期，国风文化兴起，而经济重心又从中央转到地方，氏族势力抬头，神道迎来复兴。宝龟6年（775），朝廷下令诸国国司修理神社进行祭祀。延历17年（798），朝廷又下令将地方物产作为币帛支付地方神社，而不必再到京都领取经费。此后，从中央神祇官直接领取经费的称官币社，从国司领取经费的称国币社，各分大小两级。当时著名的神社有京都的石清水八幡宫、平野神社和奈良的春日神社等。当时神道还深受佛教影响，许多神社都建造了神宫寺，这种现象称为神佛习合（神仏習合）。

平安时代，日本形成了自己的文字——假名（仮名）。假名是将汉字省略一部分或简化草书而创造出来的文字。汉字楷书演化而来的叫做片假名，汉字草书演化而来的叫做平假名。假名不表意，只取汉字的音。当时平假名在宫中女子之间非常流行，男子则仍使用汉字。平安后期，日本出现了完全用假名写的诗歌，但政府文件和学术著作采用汉字夹杂假名的汉文训读体，这种混合书写法一直使用到二战结束。现在一般是汉字、平假名混写，片假名用于外来语。
平安前期，汉文学仍很盛行。汉诗集有小野岑守编的《凌云集》、藤原冬嗣编的《文华秀丽集》、良岑安世编的《经国集》等。
假名的出现促进了日本文学脱离汉文学的束缚。延喜5年（905），醍醐天皇命令歌人纪贯之（紀 貫之，约866－约945）编纂《古今和歌集》（古今和歌集）20卷，后来又编成《后撰和歌集》《拾遗和歌集》，合称“三代集”。当时和歌属于民间文学，受到轻视。贵族只把它看作余兴，不能列入文学。但僧正遍昭、在原业平、文屋康秀、喜撰法师、小野小町、大友黑主六歌仙（六歌仙）出现后，和歌开始与汉诗分庭抗礼了。
物语是日本文学独有的具有散文性质的体裁。平安时代是物语的鼎盛时期，有《伊势物语》《大和物语》《竹取物语》《宇津保物语》等。同时还出现了日记文学，如承平5年（935）纪贯之写的《土佐日记》、天延2年（974）藤原道纲母写的《蜻蛉日记》、宽弘5年（1008）和泉式部写的《和泉式部日记》、宽弘7年（1010）紫式部写的《紫式部日记》、康平2年（1059）菅原孝标女写的《更级日记》等。
11世纪藤原氏的全盛期，文学上出现了服务于宫廷的女作家写的长篇小说，其代表作是紫式部（紫式部）的《源氏物语》（源氏物語）。《源氏物语》约成书于宽弘5年（1008），共54帖，以光源氏的恋爱生活和命运为主要内容，出色地描写了宫廷贵族的奢侈生活与人物微妙的心理状态，代表了日本古典文学的高峰。
11世纪末出现了两部以历史为题材的贵族小说《荣花物语》（栄花物語）和《大镜》（大鏡），通过对以藤原道长为首的摄关家发家史的记述，表露出没落贵族的怀古情绪。与此同时，描写武士、名主和劳动人民生活的《今昔物语集》（今昔物語集）问世，这是一部有关中国、印度和日本的民间故事集。

平安前期的建筑遗存极少，只有奈良室生寺的金堂和五重塔。室生寺以自然为背景，按地势布局，建筑简单，简素优美。平安后期，日本建筑大为发展，具有明显的日本特色。宽仁3年（1019），藤原道长在京都建造了法成寺（法成寺）。这是平安时代最大的建筑，确立了日本式样。京都的平等院（平等院）建于永承7年（1052），凤凰堂是平等院的阿弥陀佛堂，是日本人对于极乐世界的现实化。寝殿造（寝殿造）是平安时代的贵族宅邸样式，一般由水池、寝殿、对屋、渡廊、中门廊、中门、钓殿、杂屋组成。当时无论宫殿、官府还是陵墓，都是寝殿造样式。
平安前期的雕刻受唐朝影响，代表作是奈良法华寺的十一面观音像和大阪观心寺的如意轮观音像。由于神佛习合的流行，平安前期用佛像的处理手法来雕刻神像。平安后期，定朝（定朝，？－1057）完成了日本风雕刻。他成功地表现出当时贵族理想中的佛像，例如平等院凤凰堂的阿弥陀如来像。定朝样式的特点是佛像的眼睛一律向下看。由于贵族大量造像，出现了许多负责雕刻的佛所，雕刻佛像的佛师社会地位大大提高。

平安前期绘画受唐朝影响，后期便产生了摹写日本风土和人物的大和绘（大和絵）。最典型的大和绘是描写物语的画卷，其中的代表作是《源氏物语绘卷》（源氏物語絵巻）。《源氏物语绘卷》是描写平安贵族女性的风俗画，表现了宫廷贵族女性的风貌。《信贵山缘起》（信貴山縁起）同样著名，描写领主、大名主、劳动人民生活生产的场面，反映出武士阶层兴起，人民力量壮大，贵族没落的特征。《伴大纳言绘词》（伴大納言絵詞）也是非常优秀的大和绘，表现了应天门之变的场景。
日本把从朝鲜、渤海、唐朝、印度传来的外国音乐总称“雅乐”，颇受日本上层社会的欢迎。平安前期，日本的仪式上雅乐和日本古乐并用。嵯峨天皇、仁明天皇、一条天皇皆谙音律，热衷于日本音乐。一条天皇（一条天皇，986－1011在位）亲自规定了神乐和催马乐的谱子，嵯峨天皇和仁明天皇在统一唐乐、高丽乐的基础上改编了16种乐舞，还创造了很多新的音乐形式，如朗诵中国名诗时伴奏用的朗咏、在宴会上演唱的今样等。醍醐天皇初期出现了用管弦乐演奏的御游，这表明日本音乐开始摆脱宗教束缚而成为独立的娱乐形式。后来还产生了猿乐和田乐，最后民间音乐代替古代音乐，成为日本音乐的主流。

中国书法传入日本，成为日本书道（書道）。平安前期虽已开始出现假名，但上流社会写的仍是汉字。空海是日本书道的创始人，他和嵯峨天皇、橘逸势合称“三笔”（三筆）。平安后期流行假名书道，于是出现了小野道风、藤原佐理、藤原行成等假名书法家，他们三人合称“三迹”（三跡）。小野道风（小野 道風，894－967）受王羲之影响较深，有“王羲之再生”的美誉，被称为“野迹”；藤原佐理（藤原 佐理，944－998）则日本风味浓厚，被称为“佐迹”；藤原行成（藤原 行成，972－1028）结合小野道风和王羲之书法之长，形成一种优雅温和的书风，被称为“权迹”。三迹彻底摆脱了中国书法的风格，从苍古雄劲的唐风转变到丰润优美的日本风。
茶道（茶道）是日本特有的沏茶、喝茶的方式，用以修养心神，学习礼仪。平安末期，僧侣荣西（栄西，1141－1215）从中国带回茶种，承元5年（1211）写下《吃茶养生记》（喫茶養生記），为茶在日本的普及作出很大贡献。茶道产生于平安时代，到镰仓时代才逐渐流行于一般武士之间，成为一门社交礼仪。

平安时代以前日本只有官学，中央是大学，地方是国学。空海从唐朝回国后，于天长5年（828）开设综艺种智院（綜芸種智院），培养人才。私人讲学之风也正在此前后兴起，有的大学教官在私邸讲学。平安后期，私塾形式的私学终于代替了官学，教育得到普及。官学和私学衰落后，学问以家门相传，各家垄断学问。
平安时代政府组织专人撰写史书，陆续修成《续日本纪》《日本后纪》《续日本后纪》《日本文德天皇实录》《日本三代实录》，这五部汉文历史著作与奈良时代的《日本书纪》合称“六国史”（六国史）。此外，朝廷还组织将史书分类编排。宽平4年（892），菅原道真奉命编纂《类聚国史》（類聚国史），将六国史条文按事实类别编成205卷。
天长8年（831），滋野贞主（滋野 貞主，785－852）编纂大百科辞典《秘府略》（秘府略）1000卷。大同3年（808），出云广贞和安倍真直将中日朝三国的医方、疗法汇集起来，编成日本最早的医书《大同类聚方》（大同類聚方）100卷。辞典有僧侣昌住编纂的《新撰字镜》、源顺编纂的《和名类聚抄》、橘忠兼编纂的《色叶字类抄》、空海编纂的《篆隶万象名义》等。

镰仓时代

镰仓幕府的建立

源赖朝消灭平氏后，并未接管京都政府，而是致力于在关东建立和巩固自己的政权。源平合战之时，他就确定形势险要的镰仓为根据地。治承4年（1180），源赖朝在镰仓设军事警察机关侍所，由源赖朝的亲信和田义盛（和田 義盛，1147－1213）任长官“别当”，平时统领家臣“御家人”，战时以“军奉行”身份指挥军队。寿永3年（1184），镰仓设行政机关公文所和司法机关问注所。公文所后改名政所，由大江广元（大江 広元，1148－1225）担任长官“别当”，掌管幕府的行政事务；问注所由三善康信（三善 康信，1140－1221）担任长官“执事”，处理诉讼、审判事宜。
京都的后白河上皇为削弱源氏势力，文治元年（1185）命令源义经征讨源赖朝。但源赖朝成功击败源义经，并迫使后白河上皇发布敕许（文治の勅許），承认他拥有在各国设置“守护”以及在各庄园和公领设置“地头”的权力。守护和地头由源赖朝的亲信武士御家人担任，朝廷无权过问。守护（守護）是各国的军政官，平时同以前朝廷任命的押领使和检非违使一样，武装维持秩序，监督御家人履行轮流警卫京都和镰仓的义务，战时则统率国内地头和御家人出征。守护没有报酬，一般兼任地头，以此取得收入。地头（地頭）为庄园领主和国衙征收租税和维持秩序，还有权为自己征收稻谷。
源赖朝还放逐了京都朝廷中对他抱有敌意的贵族，派京都守护监视朝廷，并在九州设镇西奉行。文治5年（1189），源赖朝迫使潜藏在奥州的源义经自尽，随后经奥州合战（奥州合戦）灭亡奥州藤原氏，设奥州总奉行。建久3年（1192），后白河上皇去世，后鸟羽天皇任命源赖朝为征夷大将军（征夷大将軍）。至此，源赖朝取得军人最高头衔，镰仓幕府（鎌倉幕府）正式建立，开始了镰仓时代（鎌倉時代）。幕府是征夷大将军的府署，因而从镰仓时代起，以武士为统治阶级的武家政权都称幕府。

维持镰仓幕府统治的是将军管辖的庞大的关东御成败地（関東御成敗地），由关东御领、关东御分国和关东进止所领构成。关东御领（関東御領）是没收源平两氏领地而由朝廷赐给源赖朝的，包括分散在全国各地的五百多个庄园。关东御分国（関東御分国）是朝廷授予源赖朝的知行国，最初有伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总、丰后九国，各国国司由幕府的御家人推荐。关东进止所领（関東進止所領）是将军拥有授职权的公领和庄园。
御家人是镰仓幕府的政治军事支柱。御家人是源赖朝征讨平氏的过程中同他结成主从关系的武士，通过御恩奉公（御恩と奉公）建立起牢固的封建主从关系。源赖朝保证了御家人原来的土地所有权，有的还赐予新的土地，这就是“御恩”；御家人也要对将军“奉公”，平时守卫京都、镰仓，战时舍身疆场。
为发展幕府经济和谋求御家人的利益，源赖朝鼓励开荒，扩大耕地面积，制定大规模开发关东的计划。源赖朝还采取了一些安定民生的措施，减免部分地区租税，反对奢侈浪费。

源赖朝通过守护地头制度的确立，把朝廷掌握的军事机构和一定的行政权限夺到武士手里，削弱了贵族力量。但他并没有摧毁朝廷的统治，仍然维护作为贵族经济基础的庄园制。对于朝廷，源赖朝采取回避正面对立的妥协政策，于是在全国许多地方出现了幕府和朝廷两个政权重叠的现象。公武两重政权的政治体制中，幕府同朝廷是对立的，但在共同维护封建秩序的前提下两者又相互依赖，因为朝廷需要幕府的武力，幕府需要朝廷的精神权威。

承久之乱

建久10年（1199），源赖朝去世。源赖朝的遗孀北条政子（北条 政子，1157－1225）出家为尼，长子源赖家（源 頼家，1182－1204）继任将军。不久，北条政子以辅政为名垂帘听政，人称“尼将军”（尼将軍）。她与父亲北条时政（北条 時政，1138－1215）合谋，建立十三人合议制（十三人の合議制），剥夺将军源赖家的裁决诉讼之权。建仁3年（1203），源赖家以患病为由，决定两分天下，将关东28国授予其子一幡，将关西38国授予其弟千幡，并由千幡继任将军一职。此举引起千幡的外祖父北条时政与一幡的外祖父比企能员（比企 能員，？－1203）之间的争斗。北条时政将比企能员灭族，杀死一幡，次年杀死源赖家。北条时政成为政所别当，与大江广元并列，自称“执权”（執権），掌握幕政。元久2年（1205），北条时政谋杀千幡即源实朝（源 実朝，1192－1219）未遂，从此隐退。北条时政之子北条义时（北条 義時，1163－1224）继其位，建历3年（1213）灭和田义盛，兼侍所别当，进一步巩固了执权的地位。
此后，北条氏以执权名义几乎在整个镰仓时代掌管着幕府的实权。建保7年（1219），源实朝被暗杀。至此，源氏正统自源赖朝以来仅三代便断绝了。北条义时迎贵族藤原赖经（藤原 頼経，1218－1256）为将军，以后更迎立皇室宗族为将军，因为北条氏仍然需要利用皇室贵族的精神权威来巩固自己一族的地位。

尽管源赖朝和北条氏对皇室贵族都持妥协态度，但皇室仍不甘心于部分权力的丧失。承久3年（1221），以后鸟羽上皇为首的皇室贵族发动倒幕战争，史称承久之乱（承久の乱）。北条义时采纳大江广元短期决战的主张，兵分东海、东山、北陆三路向京都进发。皇室军队不堪一击，幕府军不到一个月就占领了京都。
承久之乱后，幕府把后鸟羽上皇、土御门上皇（土御門天皇，1198－1210在位）、顺德上皇（順徳天皇，1210－1221在位）分别流放到三个孤岛上，并废黜年仅4岁的仲恭天皇（仲恭天皇，1221在位），立后堀河天皇（後堀河天皇，1221－1232在位）。幕府设置六波罗探题（六波羅探題）取代京都守护，赋予监视朝廷并行使幕府统治力量薄弱的西国的司法和行政权力，监督和指挥西国御家人，北条氏世袭此职。

经过承久之乱，幕府确立了对京都朝廷的绝对优势，甚至皇位继承和朝廷官职的任命都需要幕府同意，朝廷权力大为削弱。贞应3年（1224），北条泰时（北条 泰時，1183－1242）任执权，采取了一系列发展经济的措施，并着力完善幕府的统治体制。北条泰时增设执权的副职连署，并设置评定众，使十三人合议制制度化。评定众（評定衆）由北条氏一族、幕府元老及执权、连署组成，研究重要政务，裁决诉讼，是幕府最高决策机关。北条时赖（北条 時頼，1227－1263）任执权后又在评定众之下设引付众，协助评定众审理诉讼案件。
贞永元年（1232），在北条泰时主持下，幕府根据源赖朝以来的政策和有关审判、处罚等个别法令精神制定《御成败式目》（御成敗式目）51条。《御成败式目》肯定了御家人的土地所有权，并赋予守护、地头以法律依据。与京都朝廷的律令相比，《御成败式目》文字通俗易懂，重视女性地位。作为武家的基本法典，《御成败式目》对后世影响深远。

镰仓时代的社会经济

庄园制是镰仓时代封建土地所有制的主要形式。地头拥有庄园土地的管理、征税、治安、裁判等职权，也拥有对应的给田、给名、免在家等收益。给田指地头的宅地及其附属土地，不负担任何年贡，作为地头的完全私有地，收益全归地头。给名指只向庄园领主交纳少量年贡，其余赋税归地头所有。免在家指庄园领主免征对农民房屋、宅地、园田的赋税，转作地头的收益。
庄园农民大体可分为四个阶层：名主、作人、下人、所从。大名主是名主中的少数，他们多将自己相当一部分名田交给因失去名田而变成作人的佃农耕种，余下的直营地则役使半奴隶的下人和所从耕种。小名主以自家的劳动为基础，以一两名下人、所从的劳动为辅助进行生产。
名主向领主交纳的贡租分田租和畠租两种。田租是水田租，畠租是旱田租。此外，名主还要交纳农副产品、手工业产品、山野产品、水产品的赋税，并承担徭役。

随着幕府权力的扩大，地头势力逐渐强大。征收年贡是地头的主要任务，但许多地头把征收来的年贡攫为己有，不交给庄园领主，引起同庄园领主的不断纷争。庄园领主大多住在京都、奈良，离庄园较远，自己又缺乏实力，无法制止地头的横暴，索性将庄园的一切支配权都交给地头，靠地头包收年贡来取得年贡的一部分，称为“地头请”。然而地头往往不交足自己所承包的年贡额，后来庄园领主便将庄园土地分为两部分，各自领有所有权，互不侵犯对方权益，称为“下地中分”。地头从此真正支配了庄园，并继续侵占庄园领主的一部分。由于地头受守护支配，全国庄园就逐渐掌握在守护手中，奠定了守护领国制的基础。

关东和九州由于荒地的开垦，水田面积大规模扩大。在开垦基本达到饱和状态的畿内及其周边，农民通过集约经营、推广育苗、增加品种、利用蓄力、普及农具，大幅提高生产。小麦的种植得到普及，而且从镰仓中期起，水稻和小麦实行轮作。
手工业和商业也进一步发展。手工业者逐渐脱离农业而独立为专职工匠，农具和武器的锻造已经专门化。市集从不定期发展到定期，并从畿内及其周边一带普及到全国各地。居住在水陆要地经营货栈的为庄园领主保管、运送或代理贩卖庄园年贡的问丸，有一些到镰仓末期独立出来，成为专门从事转买转卖业务、供应城市店铺商品的商人“问屋”。13世纪起，手工业者和商人中出现了联合为“座”的同业公会。座须向朝廷、贵族或寺社纳税，以此获得免税通过各地关卡的权力以及在一定地区采购原料、制造和贩卖商品的垄断权。
商品经济的发展引起货币的需求。从13世纪起，货币在交易中较多使用。当时日本不铸造钱币，于是通行日宋贸易中输入的宋钱。地头向庄园领主交纳承包的年贡多用货币代替，但征自农民的年贡多为实物，于是随着货币的广泛流通，出现了汇兑业务。当时的汇兑有“替钱”即汇兑钱币和“替米”即汇兑稻米之别，其票据称为“割符”，经营汇兑业务的商人就称为“替钱屋”或“割符屋”。在对货币需求逐渐增大的情况下，还出现了称为“借上”的高利贷者。庄园里的部分富裕名主往往把产品换成货币，经营酒屋，兼营高利贷业。高利贷者以债务人的土地作抵押，将这些土地集中到自己手里，有的同时也接受土地之外的典当物品，保管在“土仓”内，所以高利贷者和金融业者也被称为“土仓”。在手工业和商品经济发达的情况下，庄园自给自足的自然经济日趋瓦解。

抗元战争与镰仓幕府的衰落

文永5年（1268），元世祖忽必烈命高丽使者持书赴日，书中表面要求建交，实际是敕令日本朝贡。京都朝廷几经研究，未予回答。次年忽必烈的使者再来，朝廷打算回书，但受刚就任不久的执权北条时宗（北条 時宗，1251－1284）阻拦。此后忽必烈又两度遣使，重提要求并以武力威胁，但北条时宗仍坚持拒绝回书，同时积极采取措施，命九州的守护、地头加强防御，并命令驻守镰仓的御家人回国，四国、中国的御家人西下加强九州的警备。
文永11年（1274），忽必烈下令建造兵船九百艘，10月初从朝鲜的合浦（今庆尚南道昌原市镇海区）出发，大举征日。10月5日至14日，元军登陆对马、壹岐，全歼守军，随后侵入肥前沿海岛屿，日军死伤惨重。19日，兵船驶入筑前博多湾，次日登陆与日本武士激战。元军在兵器和战术上占优，日军不敌，被迫退到大宰府附近。由于后援不足，元军决定撤退，当晚遭到台风侵袭，刮沉大片兵船，剩下的船只不得不返航。第一次元日战争就此结束，史称文永之役（文永の役）。
文永之役后，为防元军再犯，幕府进一步采取措施，加强防御。幕府调中国御家人驻守长门，调东国御家人驻守九州，以战功赏赐动员全国的非御家人，任命北条氏为九州和其它重要国的守护，并在博多湾沿岸筑起坚固石垒。忽必烈又两次遣使赴日要求朝贡，北条时宗两次斩杀元使，以示继续抵抗的决心。
弘安4年（1281），忽必烈兵分两路，东路军从朝鲜出发，江南军从中国江南出发。东路军首先出发，6月初进入博多湾，占领志贺岛。日本武士多次乘小船主动出击，双方互有损伤。7月初，元两路军会合，下旬元军主力集结鹰岛。在元军全面进攻的前夕，7月30日夜，狂风大作，兵船大部分沉没，元军仅一小部分得以生还。第二次元日战争又告失败，史称弘安之役（弘安の役）。

抗元战争胜利后，镰仓幕府的统治转向衰落。不同于承久之乱，抗元战争后幕府没有得到新土地，无法满足获有战功而要求恩赏的御家人，从而破坏了维持幕府与御家人关系的御恩奉公。御家人为弥补战争给自己造成的经济损失，加紧侵占公领，并通过自13世纪中期开始采取的地头请和下地中分蚕食庄园，加速了地头脱离领家和幕府而形成独立的封建领主的过程。多数御家人还是因为战争负担而变得穷困，开始把土地典当给高利贷者或卖出。幕府曾禁止御家人出卖土地给商人、高利贷者，但并无多大效果。永仁5年（1297），幕府颁布德政令（永仁の徳政令），规定禁止买卖、典当御家人的领地，非御家人和商人买得御家人的领地须无偿归还原主，并且此后不再受理有关向御家人贷款的诉讼。德政令引起了经济混乱，商人抬高物价，高利贷不再向御家人通融资金，所以不到一年幕府便不得不取消德政令。

幕府为防止御家人领地分得过细而愈加贫困，将御家人财产继承上分割财产的析产继承制改为惣领继承制，庶子由长子抚养。一些御家人就以惣领为中心加强团结，形成强大的守护，足利氏等甚至可以同北条氏抗衡。于是北条氏加强了得宗专制（得宗専制），权力集中于北条氏惣领家系得宗家，评定众和引付众等中央要职皆由北条氏担任，置于得宗统治之下，地方守护之职也尽可能由北条氏任命。
得宗权力至北条时宗之子北条贞时（北条 貞時，1272－1311）及其孙北条高时（北条 高時，1304－1333）时进一步加强。得宗权力主要依靠家臣“御内人”进行统治，赋予重要职务。御内人势力的增大，引起其与御内人以外的御家人“外样”的尖锐对立，最终导致了弘安8年（1285）的霜月骚动（霜月騒動）。御内人的代表平赖纲（平 頼綱，？－1293）与外样的代表安达泰盛（安達 泰盛，1231－1285）爆发冲突，安达泰盛一派失败，安达氏被灭族。霜月骚动确立了得宗专制，但也进一步加剧了御家人之间的矛盾。

镰仓文化

佛教在镰仓时代仍是居于统治地位的宗教。在战乱频繁和社会关系激变中走向没落的京都贵族中间，充满了对末世来临的畏惧和寻求解脱的苦闷。广大农民在坚持反抗封建主的现实斗争同时，不少人也对来世抱有幻想。适应这种思想要求，法然（法然，1133－1212）发展了前代以来流传的净土思想，使其形成了独立的净土宗。净土宗宣称，佛的面前人人平等，只要专修念佛，反复念诵“南无阿弥陀佛”，依靠佛力就能往生极乐，即“他力本愿”，而不必去搞繁琐的宗教仪式。
法然的弟子亲鸾（親鸞，1173－1263）深知东国农民以及那些在佛教看来从事杀生因而有严重“罪恶”的东国渔民和猎人的疾苦，于是在往生极乐的问题上，针对法然的“善人正机说”提出了“恶人正机说”，认为被封建统治阶级和佛教诬为“恶人”的劳动群众才是最容易进入极乐世界的。他排除了一切清规戒律，认为人们即使不出家，不素食，过娶妻生子的世俗生活，只要念佛，依靠佛力也能往生，从而开创了净土真宗。
此外，一遍（一遍，1239－1289）创立的时宗和日莲（日蓮，1222－1282）创立的日莲宗也广为流传。时宗属于净土宗，同样主张他力本愿，在农民中拥有许多信徒。日莲宗又称法华宗，主要在城市商人和部分武士中间流传，宣称人们只要反复念诵“南无妙法莲华经”就能即身成佛，全民信仰日莲宗则整个国家就能成为佛的净土。文应元年（1260），日莲曾向北条时赖上呈《立正安国论》（立正安国論），书中描绘人民涂炭、社会凄凉的情景，批判幕府政治，进言须按正法施政，否则必将招致人心思乱、外敌入侵、国家危亡的严重后果。
武士中间广为流传的是禅宗。禅宗早在中国唐初就已传日，但直到镰仓时代荣西和道元（道元，1200－1253）从南宋分别传来其分派临济宗和曹洞宗之后才大盛。禅宗宣扬“自力本愿”，人们成佛要靠自己的主观力量。禅宗认为，客观世界是不真实的，只有人的主观世界——内心——才是真实的，人人内心都有佛性，只要坚持坐禅冥思，就能消除内心的妄念，达到空心境地成佛。
各个佛教新宗派的传播，促进了早期武士道思想的形成。武士道（武士道）是随武士阶层的兴起而出现的一种伦理道德观念，从镰仓时代起成为武家政权的统治思想。这种道德观与宫廷贵族思想不同，它是以惣领制为中心的一种主从关系的道德规范。武士道以家臣对主君的忠节为核心，要求武士具有武勇轻生、爱名尚义的精神，重视礼仪修养、俭约寡欲，以清廉自许，鄙视平安贵族优柔文弱的习气。武士道的内容来源于儒家思想，又借助佛教来说教。早期武士道在理论上尚未形成完整的体系，直到江户时代，武士道被赋予程朱理学理论之后，才具有完整的思想体系。

镰仓文化（鎌倉文化）在文学上也表现出贵族文化的衰落和武士文化的兴起。镰仓初期藤原定家（藤原 定家，1162－1241）选辑在《新古今和歌集》（新古今和歌集）中的贵族和歌大都带有没落阶阶层的感伤情调。鸭长明（鴨 長明，1155－1216）的《方丈记》（方丈記）和吉田兼好（吉田 兼好，约1283－约1352）的《徒然草》（徒然草）等随笔作品，更充满着贵族对现实社会不满而无可奈何地要从佛教寻求安慰的思想。天台僧侣慈圆（慈円，1155－1225）为了劝谏上皇，用假名写成史论《愚管抄》（愚管抄），以佛教的宿命论来说明贵族没落和武家兴起的历史趋势。
军记物语是具有代表性的武士文学。与贵族的物语文学不同，这类作品写的是真人真事，生动描写了在同公卿贵族斗争中成长起来的武士的思想情感。《保元物语》《平治物语》《源平盛衰记》等都很有名，而以平家盛衰为题材的《平家物语》（平家物語）尤为突出。佛教思想贯穿了整部作品，但由于作者对于社会变革寄予强烈关心，所以故事生动地描绘出内战时期社会各阶层人士的思想动态。作品格调又没，韵律匀称和谐，文风也很有特色。
14世纪初，镰仓幕府下令写成编年体史书《吾妻镜》（吾妻鏡）52卷，又称《东鉴》，以日记体记录了治承4年（1180）至文永3年（1266）的历史。
不少僧侣对医学造诣很深，从事医疗和著述。荣西的《吃茶养生记》2卷以及梶原性全的《顿医抄》50卷和《万安方》62卷是医学著作中的代表，不仅反映了隋、唐、宋的医学成就，也总结了作者本身丰富的医疗实践经验。《顿医抄》载有五脏六腑图，对人体构造及机能都有简要说明，从而使解剖学和生理学自成部门。

镰仓时代的雕刻力求强劲的表现形式，把以前柔弱的女性美变为刚强的男性美。式样上倾向自由发展，作风上以写实为主，受宋式样影响显著。13世纪出现了东大寺南大门金刚力士像和兴福寺的无着像、世亲像等杰作。除雕刻佛像外，当时还雕刻世俗肖像，出现了许多非常写实的杰作。
大和绘在镰仓时代衰退，取而代之的是水墨画。镰仓初期出现了以宅间胜贺（宅間 勝賀）为代表的宅磨派，代表作有京都教王护国寺的《十二天像屏风》（十二天像屏風）。镰仓中期以后，随着入宋僧的增多，大批宋画流入日本，影响了雪村友梅、铁舟德济、可翁等水墨画家。其中可翁（可翁）最先将牧溪画风传入日本，奠定了水墨画的基础。当时的入宋僧都擅长咏诗作画，他们将自作的诗画装裱成诗画轴，挂在禅室或茶室的墙上。此风后来传入世俗，这类诗画轴成为贵族的厅堂或茶室里不可缺少的装饰品。

室町时代前期与南北朝时代

建武新政与南北朝

正当农民、武士对镰仓政权普遍不满，镰仓幕府日益衰落之时，以后醍醐天皇（後醍醐天皇，1318－1339在位）为首的公卿贵族决心恢复皇室权威。文保2年（1318），后醍醐天皇即位，废黜院政，实行亲政。他极力推崇镰仓中期传入的朱子学，以“三纲五常”“大义名分”来激励朝臣气节，为其复兴旧王朝效力。后醍醐天皇任用儒臣策划倒幕，向不满幕府的武士宣传朱子学。
后醍醐天皇当时需要迫切解决皇位继承问题。承久之乱以后，幕府掌握决定皇位继承和上皇院政的大权。仁治3年（1242），根据北条泰时的指示，后嵯峨天皇（後嵯峨天皇，1242－1246在位）即位，其后由后深草天皇（後深草天皇，1246－1260在位）和龟山天皇（亀山天皇，1260－1274在位）兄弟相继即位。此后便出现了两个皇统——后深草天皇一系的持明院统（持明院統）与龟山天皇一系的大觉寺统（大覚寺統），皇位继承问题由此产生，朝廷也因此分成两派。几经周折，五届天皇之后，文保元年（1317）在幕府提议下，三方通过了两统交替即位的“两统迭立”方案，确定当时的皇位由大觉寺统的后醍醐天皇继承，并立同为大觉寺统的后二条天皇（後二条天皇，1301－1308在位）皇子邦良亲王为后醍醐天皇的皇太子，而邦良亲王则须立持明院统的量仁亲王为皇太子。这实际上剥夺了后醍醐天皇皇子的皇位继承权，于是后醍醐天皇废黜院政，计划打倒幕府。

后醍醐天皇拟定使用畿内武士和僧兵袭击六波罗，但计划于元亨4年（1324）泄露，制定计划的两名儒臣被捕，史称正中之变（正中の変）。此后，后醍醐天皇又再次密谋倒幕，亲赴奈良、京都各大寺院，拼凑倒幕武装，并鼓动各国武士。但元德3年（1331）计划又败露，后醍醐天皇被流放至隐岐岛上，北条高时立量仁亲王为天皇，是为光严天皇（光厳天皇，1331－1333在位）。元弘之乱（元弘の乱）就此开始。
此时近畿和中国等地的反北条氏势力已纷纷起事，河内的楠木正成（楠木 正成，约1294－1336）先后据守赤坂城（今大阪府千早赤阪村）、千早城（今大阪府千早赤阪村），重创幕府军。大和的许多农民袭扰幕府粮路，截杀撤退的武士。在战乱日益扩大的情况下，后醍醐天皇于元弘3年（1333）2月被伯耆国武士救出，逃出了隐岐。同年，幕府的征讨大将足利高氏在赴伯耆途中突然倒戈，把近畿的武士组织起来，于5月7日消灭六波罗探题，占领京都。与此同时，九州、四国的武士分别消灭了幕府的九州探题和长门探题。上野豪族新田义贞（新田 義貞，1301－1338）也举兵叛乱，率关东武士攻陷镰仓。5月22日，北条高时及其一族自杀，镰仓幕府灭亡。足利高氏为消灭北条氏站到后醍醐天皇一边，获天皇赐名“尊”，改名足利尊氏（足利 尊氏，1305－1358）。

占领京都后，后醍醐天皇就从伯耆出发，途中宣布废光严天皇，6月4日回到京都亲政，史称建武新政（建武の新政）。后醍醐天皇没有满足武士和农民的期望，反而收回幕府统治时期皇族、贵族、寺院失去的土地，恢复庄园统治，并限制武士的领地。政府保留了商讨国政的记录所，新置了掌管诉讼的杂诉决断所和掌管军事、警察的武者所以及负责论功行赏的恩赏方。地方一如从前，设置国司和守护。中央和地方的要职几乎被皇族贵族垄断，只有获得天皇信任的少数武士才捞到一官半职。元弘4年（1334），后醍醐天皇改元“建武”。建武政权的年贡等负担比北条氏执政时更甚，而武士不仅得不到恩赏，就连原来的土地所有权也得不到保证。
建武2年（1335）7月，北条高时之子北条时行（北条 時行，约1325－1353）发动中先代之乱（中先代の乱），攻下镰仓。8月初，足利尊氏未经天皇任命便自封为征东将军，率军东征。足利尊氏击败北条时行后，便宣布反对建武政权，发动建武之乱（建武の乱）。次年1月，足利尊氏攻入京都，但旋即被击败，逃往九州。他在那里得到九州、中国、四国等地武士的支援，回师再攻京都。5月，足利尊氏在凑川之战（湊川の戦い）中大败新田义贞和楠木正成联军，逼楠木正成自杀，随即攻克京都，建武政权灭亡。

建武3年（1336），足利尊氏在京都立持明院统的光明天皇（光明天皇，1336－1348在位），后醍醐天皇则伺机逃到大和的吉野，建立政权，自称正统。于是日本出现南北两个对立的朝廷——持明院统的北朝和大觉寺统的南朝，史称南北朝时代（南北朝時代）。建武5年（南朝延元3年，1338），足利尊氏被光明天皇任命为征夷大将军，在京都建立了室町幕府（室町幕府）。
室町幕府的统治机构类似于镰仓幕府时期源赖朝的将军政治。将军之下设有执事（后改称“管领”），相当于将军的秘书长。执事下设侍所、政所和问注所，权限较镰仓时代大为缩小，评定众和引付众虽得到恢复，但形同虚设。所有具体事务都由各奉行处理。作为地方机构，室町幕府在要地镰仓设镰仓府，在奥羽置奥州探题（后又置羽州探题），在九州置镇西探题。镰仓府辖关东八国以及甲斐、伊豆两国，下设机构同幕府。其长官为关东公方，又称镰仓公方，足利尊氏之子足利义诠（足利 義詮，1330－1367）首任，后由其弟足利基氏（足利 基氏，1340－1367）取代，足利姻戚上杉氏任关东执事（后改称“关东管领”）辅佐。此外各国置守护，按北条先例，将细川氏、今川氏等足利氏一族武将安插在要国，作为将军支柱。
足利尊氏在沿用《御成败式目》的同时，结合当时形势，按“量时设制”原则制成新法典《建武式目》（建武式目）17条。《建武式目》总结了镰仓幕府和中国历代封建统治的历史经验，禁止官吏贪污行贿、奢侈腐化，提倡节俭；规定用人适当，任称职者为官吏，尤其是各国守护；禁止权贵和僧侣插手政治。
为实现国家统一，足利尊氏不断发动对吉野朝廷的军事攻势。南朝将领北畠显家（北畠 顕家，1318－1338）、新田义贞等相继战死，历应2年（南朝延元4年，1339）后醍醐天皇亦病死。随后幕府统治集团内部分裂，幕府实力削弱。足利尊氏支持革新派的高师直（高 師直，？－1351）反对保守派的足利尊氏之弟足利直义（足利 直義，1307－1352），观应2年（南朝正平6年，1351）高师直战死，次年足利尊氏消灭足利直义，史称观应之乱（観応の擾乱）。足利尊氏虽获得胜利，但南朝由于得到足利直义党羽的支持又重整旗鼓，两度攻入京都。文和4年（南朝正平10年，1355）足利尊氏扭转局势，取得决定性胜利，为消灭南朝、统一全国奠定基础。延文3年（南朝正平13年，1358），足利尊氏病死。

室町前期的幕府

和镰仓幕府不同，室町幕府没有御家人那样封建主从关系很强的家臣，为了对抗皇室、贵族、大寺社等旧势力和压制农民，只有依靠各国守护的力量。文和元年（南朝正平7年，1352），足利尊氏以足利义诠的名义发布半济法，赋予守护以征收属于公家、贵族和寺社庄园一半年贡的权力，这一半年贡由守护和国内武士瓜分。法令的范围最初仅限京都周围八国，后来扩大到全国，法令的有效期也从临时的一年无限期延长。从此守护实际上合法支配了庄园一半以上的土地。
室町幕府除了继续赋予守护“大犯三条”的检断权外，贞和2年（南朝兴国7年，1346）还赋予守护“刈田狼藉”的检断权和“使节遵行”权。大犯三条指的是三项重罪，刈田狼藉指的是发生领地地界或领地继承权之争时一方不待判决就强行夺取的行为，使节遵行权是指处理领地纠纷时执行判决并交还土地给胜诉者的权力。
以南北朝时代的内乱为转机，名主和农民们逐渐团结起来，对抗征收年贡的领主。幕府便开始赋予守护以承包公领年贡的权力，称为“守护请”，不久扩大到本家和领家的庄园。守护也获得了在国内征收土地税“段钱”、房产税“栋别钱”等赋税的权力。
守护无视守护请的契约，常常拖延交出承包的年贡，进而完全侵吞这些年贡。守护还以实施半济法为借口侵入庄园，掠夺年贡和土地，把家臣派入庄园，并利用刈田狼藉的检断权和使节遵行权，在庄园领主和在地领主的纠纷之间作出有利于在地领主的处理，以便把他们培植为自己的家臣。守护通过这种方式蚕食庄园，逐渐把国内庄园占为己有。到14世纪中叶，守护已经能随心所欲地指挥国内庄园武士了。
守护成为领有自己领地、统治农民、与国内武士结成主从关系的大封建主，称为“守护大名”（守護大名），其国称为“领国”，守护领国制（守護領国制）开始形成，庄园制日益走向衰落。

室町幕府最强盛的时期是在第三代将军足利义满（足利 義満，1358－1408）统治时。永和4年（南朝天授4年，1378），他在京都的室町修建了宅邸“花之御所”（花の御所），从此有了“室町幕府”之称。此前足利义满消灭了南朝在九州的实力，进一步孤立了南朝。但是随着守护大名势力的增大，幕府同守护大名间的矛盾加深。康历元年（南朝天授5年，1379），足利义满在一些守护的武力威胁下不得不解除功臣细川赖之（細川 頼之，1329－1392）的管领职务，史称康历政变（康暦の政変）。足利义满极力阻止守护大名干预幕政，集中打击足利氏以外的强大的守护大名。明德元年（南朝元中7年，1390），足利义满乘身兼三国守护之职、雄踞东海地方的土岐康行（足利 義満，？－1404）一族内讧之际，将其打倒，史称美浓之乱（美濃の乱）。次年，他又挑起战端，消灭以山阴地方为中心、控制全日本六分之一土地、身兼十一国守护之职的山名氏，史称明德之乱（明徳の乱）。明德3年（南朝元中9年，1392），足利义满迫使已经完全无力的南朝天皇退位，保留北朝天皇，实现了全国的统一。应永6年（1399），足利义满又消灭了身兼六国守护之职、在中国地方势力强大的大内义弘（大内 義弘，1356－1400），史称应永之乱（応永の乱）。
武力讨伐的成功并不能解除足利义满对守护大名的担心。应永5年（1398），幕府确定“三管四职”，规定管领由出身足利氏的拥有实力的守护大名细川氏、畠山氏、斯波氏三家轮流担任，侍所长官所司由京极氏、一色氏、山名氏、赤松氏四家轮流担任。三管四职防止了强大的守护大名世袭权力，使他们互相牵制，以便使室町幕府保持最高的地位。

足利义满以后，守护大名势力的发展，导致地方分裂主义倾向日益增强。镇守关东地方的关东公方尽管是足利氏一族的人，也仍然对幕府保持着极大的独立性，甚至觊觎将军职位。第六代将军足利义满之子足利义教（足利 義教，1394－1441）虽在永享10年（1438）的永享之乱（永享の乱）中消灭了关东公方，但并未导致幕府地方权力的巩固。将军家内部以及封建领主之间的冲突仍不断发生。
来自幕府直辖地的收入是幕府的主要财源，但在幕府财政支出日益增多的情况下，入不敷出。于是幕府在交通要道设关卡“关所”（関所），对人、马、货物征收关税“关钱”。

在室町时代（室町時代），公武政权的关系发生了新的变化。朝廷的权能大多被逐渐吸收于幕府之中。确认公家和寺社领地、本家之间领地纠纷的审判、天皇即位大典等经费征税权、都城京都的检断和土地问题等市政权均归于幕府权限之内。
足利尊氏和足利义诠两代仿效源赖朝先例，官位只叙到二位，然而足利义满在传统的朝廷身份秩序中迅速取得最高位阶。应永元年（1395）足利义满把将军一职让与其子足利义持（足利 義持，1386－1428）后，取得朝廷最高荣誉太政大臣。此后历代将军均取得太政大臣一职。应永8年（1401），明朝建文帝在国书中称足利义满为“日本国王源道义”，足利义满欣然接受这一称号。朝廷实际上已经失去了作为一个政权存在的意义，镰仓时代以来的公武两重政权不复存在，变为了幕府领导的公武统一政权。

室町前期的经济外交

室町前期，日本经济显著发展。农具继续得到改良，生产技术不断提高，水稻已有早、中、晚稻之别。粟、稗、藜等作物广为耕种，经济作物芝麻、荏（紫苏）、蓝草（蓝染植物）在各地也开始栽培。渔业也有发展，鱼市场在各地出现。制盐大规模利用了盐田，取代了原始的燃烧海草的制盐法。
造纸业、制陶业、酿酒业、榨油业、制盐业、制漆业都大为发展，金属铸造业和纺织业尤为突出。由于明朝纺织工匠大批渡日进行技术交流，一些地方生产的高级丝织品可与中国丝织品媲美。日本的天鹅绒生产技术也很高，产品深受国际市场欢迎。
商品经济的发展促使市场繁荣。当时市场普及全国各地，从每月开市3次的三斋市发展到每月开市6次的六斋市。镰仓末期以来发展为专门商人的问屋，在水陆要地和城市里日益增多，拥有巨额财富。有的还经营海外贸易，成为大金融业者。座也明显增多。
交通尤其是海上交通发达。城市在全国范围内发展起来。除原来的政治、宗教中心京都、奈良、镰仓等城市继续发展为工商业城市外，还出现了一些新兴城市。有的是在港湾、交通枢纽发展起来的港湾城市，例如对外航路的起点堺、濑户内海北岸的兵库（今兵库县神户市）等；有的是在守护大名的山上城堡和居地附近交通便利的平原发展起来的“城下町”，例如大内氏城堡附近的山口、今川氏城堡附近的静冈；还有的是在寺社门前发展起来的“门前町”，例如宇治山田（今三重县伊势市）。定居在城市里的商人，当时被称为“町人”。

元朝征日失败后，日中两国邦交没有得到正式恢复，但民间贸易未曾中断。后来两国民间贸易受到倭寇（倭寇）的严重干扰。
倭寇主要由镰仓时代以来西国一些名主、地头为核心的海盗以及武装商人集团和游民等构成。他们在西国豪族的组织下，以对马、壹岐、北九州的松浦和濑户内海为据点，侵扰朝鲜半岛和中国大陆沿海地区。倭寇从13世纪上半叶至16世纪中叶活动了三百余年。15世纪以后也有一些中国人或以倭寇名义，或与之勾结进行海盗活动。
倭寇的活动始自1223年劫掠朝鲜金州。应安2年（南朝正平24年，1369），倭寇劫掠山东、江浙、广东，明太祖朱元璋遣使携国书赴日交涉，要求征西将军镇压倭寇，结果明使反被拘杀，从此倭寇更加猖獗。
足利义满统一日本后，为满足日商恢复对明贸易的要求和日本上层社会对明朝商品的需要，同时为充实幕府财政，借助明朝声势巩固将军地位，决心恢复对明邦交。于是足利义满下令九州探题取缔倭寇，并于应永8年（1401）致书建文帝，表达恢复邦交意愿。应永11年（1404），明成祖允许日本以朝贡形势同明贸易，并为防止倭寇浑水摸鱼，规定“勘合之制”，所以日明贸易又称勘合贸易（勘合貿易）。足利义满死后，足利义持立刻改变对明的外交贸易政策，中断日明关系，此后倭寇劫掠明朝沿海又继猖獗。足利义持死后，足利义教恢复日明邦交。

北山文化

朱子学在镰仓时代就已传入日本，但只是依附于禅宗，没有被当作一门独立的学问加以研究。到南北朝时代，义堂周信（義堂周信，1325－1388）从四书的价值来谈新旧两注的不同，把儒学作为政道的参考，为足利义满讲解《论语》《大学》《中庸》，认为治理国家之人必以明德、正心、修身为先。此后朱子学在日本广泛传播。
建武新政失败后，朱子学成为南朝统治者同室町幕府和北朝皇室斗争的思想武器。在记述神代至南朝后村上天皇（後村上天皇，1339－1368在位）即位的历史著作《神皇正统记》（神皇正統記）中，作者仿照朱熹《资治通鉴纲目》的宗旨，大力宣扬“大义名分”论，笔诛“乱臣贼子”。他还按照朱熹的理气二元论，对由来已久的“国土生成”和“天神出现”等神话加以演绎，为“肇国悠久”和“皇位神圣”说赋以哲学理论，并通过“神器授受”说论述皇统的继承，为南朝正统说提供依据。《神皇正统记》大大发展了神国思想，为日本独特的“神国国体”论奠定了基础。

室町前期的文化称为北山文化（北山文化）。民间文艺创作的最大成就，是作为戏剧的“能乐”。能乐分为“能”和“狂言”。能（能）是一种佩戴“能面”，由唱念、舞蹈、伴奏所构成的歌舞剧。能的前身是民间流行的猿乐和田乐，镰仓后期以来采用了歌舞乐曲，逐渐变成戏剧的文艺形式。室町前期，著名演员观阿弥（観阿弥，1333－1384）及其子世阿弥（世阿弥，约1363－约1443）努力发展了能。世阿弥统一各地的民间艺术，集当时日本歌舞之大成，将能发展为一种独具特色的文艺形式。他的《风姿花传》（風姿花伝）是日本最早的戏剧理论著作，奠定了日本的民族艺术理论基础。狂言（狂言）是在能之间穿插演出的滑稽剧。狂言用的是当时的口语，表演形式生动活泼，内容完全是对当时统治阶级的尖锐批判和辛辣讽刺，揭露当时的社会丑恶现象。

室町时代贵族文学成就不高，禅僧的五山文学（五山文学）十分兴盛。至德3年（南朝元中3年，1386），足利义满整顿五山制度，将南禅寺置于五山之上，设京都五山天龙寺、相国寺、建仁寺、东福寺、万寿寺和镰仓五山建长寺、圆觉寺、寿福寺、净智寺、净妙寺。五山僧人精通汉文学，写了许多汉诗、日记、语录、文章，杰出的作家有义堂周信等。武士文学中军记物语《太平记》（太平記）较为突出，这部历史小说记述了建武新政和南北朝约50年间战乱的历史，反映了当时的社会面貌。
随着农民、町人的不断壮大，民间文学兴起，出现了连歌（連歌）等新的创作形式。连歌是多人一起在相互联咏中不断创作联句的诗歌体裁，在平安时代已经出现，到镰仓时代发展成50句或100句，开始打破贵族的垄断而推广到武士和人民群众中，到室町前期便脱离和歌而独立，在人民群众中形成热潮。延文元年（南朝正平11年，1356），二条良基（二条 良基，1320－1388）编成一部优秀的连歌集《菟玖波集》（菟玖波集），奠定了连歌兴盛的基础。

大和绘在这时走向衰落，仿宋元画风的水墨画风靡一时。禅僧如拙（如拙）及其弟子周文（周文）奠定了日本水墨画的基础，周文的弟子雪舟（雪舟，1420－1506）则真正完善发展了日本水墨画。他曾游学明朝，吸收了中国绘画的长处，在此基础上创造出日本的民族风格，代表作有《秋冬山水图》《山水图》《四季山水图》等。

北山文化的建筑以应永4年（1397）足利义满建造的鹿苑寺金阁为代表，鹿苑寺也因此别称金阁寺。金阁是临池而造的三层楼阁，第一层寝殿式，第二层佛堂式，第三层禅宗式。这种结合形式可以看到公家与武家文化的结合与平安文化与镰仓文化的统一。此外，书院造（書院造）的武家宅邸样式开始代替寝殿造。

德政一揆

早在镰仓末期，先进地区的农民就开始以名主为中心团结起来，加强对庄园领主和在地领主地头斗争的力量。南北朝时代，乘多数武士离开农村忙于混战之机，农民更加强了这种团结，壮大了力量。起初，农民们在发生重大事件时都会来到村民信仰的中心神社处集会，商讨应付办法，称为“寄合”（寄合）。久之，寄合便定期召开，作出决议，共同行动。村民依靠这种团结一致的集体力量同封建主进行针锋相对的斗争。他们或以武力阻止封建主军队进入村庄，或以集体签名方式向庄园领主强诉，要求减轻年贡和免除劳役，否则就集体撤出庄园，拒绝为领主耕地。在一些地区，农民成功拒绝了领主代官进入庄园，规定向领主交纳年贡之事由农民集体承担，称为“地下请”。至15世纪，以地下请的形式交纳年贡的村庄增多起来。
这种在斗争中自发形成的农民组织发展成农村自治体“惣村”（惣村）。惣村有自己的规章，违者受罚，除了肩负组织农民与领主斗争的任务外，还掌握了处理用水和“入会地”即公有山野等农村日常生活中经常需要解决的问题的权力。惣村主要位于近畿地方，关东、东北、九州等地则形成较慢。惣村的成员主要是自耕农、佃农和农奴，由强大的名主担任“乙名”“沙汰人”领导。

进入15世纪，徭役赋税繁杂，农民的封建负担沉重，阶级矛盾异常尖锐。农民领导的大规模武装起义时有发生，这种农民起义称为“土一揆”（土一揆）。这一时期土一揆的打击对象主要还是高利贷者，因为起义的主要目的是要求幕府、寺院发布德政令，废除苛刻的债务关系，因此这种土一揆又常常称为“德政一揆”（徳政一揆）。

首次大规模的农民起义发生于正长元年（1428）。这一年发生了全国性饥荒，瘟疫蔓延，幕府和领主们却毫无救灾表示，足利氏一族反而为足利义持的继承人而争战不休。8月，近江的陆上运输工人首先发难。9月，京都附近的农民揭竿而起。10月，京都市内也发生了要求取消债务的起义。起义者占领寺院，袭击酒屋和土仓，夺回抵押品，烧掉典当契据。与此同时，运输工人和农民组成的几千名起义者逼近奈良。统治阶级不得不借大庄园兴福寺的名义发布德政令，废除过去的债务关系。柳生德政碑文可以看出当时农民的胜利：“正长元年以后，神户四乡无任何债务关系”。兴福寺的《大乘院日记目录》写道：“大凡亡国之基莫过于此。日本开辟以来此为土民蜂起之始也。”
正长土一揆（正長の土一揆）之后，各地起义此起彼伏，迫使各国统治者均发出德政令。但起义结束后，幕府立刻不承认取消债务，永享2年（1430）足利义教发布《政所壁书》，严禁以偿还部分本钱为条件取消债务，对受到打击的酒屋和土仓采取复兴的方针。
嘉吉元年（1441），足利义教在嘉吉之乱中被杀死，引发政局动荡。在这种情况下，8月爆发了更大规模的农民起义，袭击京都及其周围，要求德政。近江国和山城国的数万农民包围京都，每天轮番出击市内，同幕府军作战，要求幕府发布德政令，并威胁烧掉寺院。经过半个月的战斗，幕府终于不得不发布德政令，嘉吉德政一揆（嘉吉の徳政一揆）获得胜利。

室町时代后期与战国时代

应仁之乱

室町幕府自始就是一个建立在守护大名势力均衡的基础之上的政权。第六代将军足利义教统治期间，幕府只是借助守护大名之间的相互牵制才勉强平定了永享之乱。可是随后足利义教推行的抑制强族的政策，又招致了嘉吉元年（1441）的嘉吉之乱（嘉吉の乱），自身被杀。此后，幕府更由于受到京畿地区农民起义的连续打击，完全丧失元气。到第八代将军足利义政（足利 義政，1436－1490）统治之时，甚至连京都的治安都维持不了。
一些强大的大名乘幕府衰弱之机企图控制幕府，其中管领细川胜元（細川 勝元，1430－1473）和四职家之一的山名宗全（山名 宗全，1404－1473）势均力敌，相持不下。守护大名们在各自领国内也很紧张，因为严重威胁其统治的不仅有星火燎原般的农民起义，还有日益壮大的“国人”势力。国人（国人）是南北朝时代以来的一些武士在地领主，他们为保住自己的领主权，排除庄园制下层层瓜分年贡的体制，把农民完全控制在自己手里，发展势力，与守护对立。后来守护大名以幕府权力为后盾，软硬兼施地把不少国人领主编入自己的家臣团，得以在领国内行使权力，形成守护领国制，但根基不牢，敌对的国人势力始终潜伏着。

面临往往有国人参加的农民起义的威胁，守护大名之间以及各守护大名家族内部逐渐分成两派，在维护守护领国制的基础上，一派主张继续利用庄园制，另一派则主张利用否定庄园制的国人领主。这两派之间的斗争往往表现为守护家的继承之争。15世纪40至50年代，斯波氏和畠山氏两家的内讧相当突出。全国性大名间的斗争不久也波及幕府，幕府内部发生了将军职位继承之争。以此为开端，细川胜元和山名宗全分成两派，再加上斯波氏和畠山氏两家的内部之争，爆发了应仁元年（1467）的应仁之乱（応仁の乱）。日本全国三分之二以上的守护大名都分成两派，卷入了这场战争。
25万大军以京都为主要战场，在全国各地混战，历时11年。就在此时，各大名领国内的农民起义复又频发，国人、家臣叛乱事件迭起，守护大名们不得不急忙回国，于是细川胜元和山名宗全在胜负未分的情况下，于文明9年（1477）基本结束了战争。这场战乱使京都几近成为废墟，足利义政在战乱中将将军一职让给长子足利义尚（足利 義尚，1465－1489），隐退东山，饮宴取乐。新将军足利义尚更无权威，政令不出山城一国。将军权力的削弱更促进了庄园领主的没落，公卿贵族、僧侣等旧统治阶级丧失收入来源，有不少只好乞食地方大名门下。而回到领国的守护大名，统治地位也面临原本辅佐守护的守护代、守护家臣以及地方国人的威胁。战国大名在“下克上”的动乱中代之而起。日本历史便从应仁之乱起进入了近一个世纪的战国时代（戦国時代）。

应仁之乱虽已结束，但畠山氏内部的两派之争并未结束，山城、大和、河内等地仍然发生战斗。文明12年（1480），丹波、山城、大和、播磨等地同时发生农民起义，而京都发生的两次起义尤为激烈。文明14年（1482），畠山氏两军的战场转移到山城国南部一带，致使这一带农业生产遭到破坏，居民负担加重。文明17年（1485），大和、近江、山城、京都等地都爆发了农民起义，向各庄园领主要求德政，这些起义都有国人参加。
在斗争日益加剧的形势下，同年年底山城国南部农民和国人发动了更大规模的联合起义。国人和农民举行集会，成功要求畠山氏两军撤出。随后，36名国人代表提出管理南山城的施政方针。他们组成的代表机构“三十六人众”是最高决策机关，代表们按月轮流处理政事。这个被称为“山城惣国”的新政权将年贡的一半作为经费来源，从而行使了守护的职权。
明应元年（1492），幕府任命山城国守护，守护军最终击败了山城惣国。维持了8年的南山城自治政权垮台，山城国一揆（山城国一揆）以失败告终。

虽然幕府的影响力在应仁之乱后大幅丧失，但当时的各代幕府将军仍试图改变局面，屡屡颁布征讨令。明应2年（1493），第十代将军足利义材（足利 義材，1466－1523）亲自讨伐细川氏，细川氏反而策动京都罢免其将军的职位，史称明应之变（明応の政変）。自此以后，室町幕府的权威彻底丧失，将军沦为大名操控政局的傀儡。
除了近畿动荡不安，关东的局势也不甚安稳。关东公方足利成氏（足利 成氏，约1438－1497）暗杀关东管领，于是幕府派遣骏河守护今川氏前去讨伐镰仓公方，迫使足利成氏逃往下总的古河，成为初代的古河公方，史称享德之乱（享徳の乱）。后北条氏借此崛起，成为关东最强的大名。

一向一揆

净土真宗本愿寺派又称一向宗，从南北朝时代后迎来大发展，主要位于社会经济较发达的近畿、北陆、东海、飞驒、中国等地。一向宗正是以惣村的农民为基础发展起来的。在一向宗宗主莲如（蓮如，1415－1499）的宣教下，一向宗很快就压倒了佛教的其它宗派，吸引了广大佛教信徒。一向宗信徒否定统治阶级推崇的神佛，轻蔑守护、地头等武家的权力，拒纳年贡，拒服徭役。国人镇压无果后，也纷纷加入一向宗。

15世纪70年代，北陆地方的一向宗信徒利用守护家的内讧，不断壮大力量。他们到处发动起义，拒纳年贡，占领庄园，甚至“驱走国务之重职”，“诽正法，毁佛像经卷，捣神社佛阁”，以致出现“无佛世界”，加贺成为“无主之国”。统治阶级称“日月坠入泥土”，是“前代未闻之无法无天”。
长享2年（1488），加贺的一向宗信徒发动起义，攻下高尾城（今石川县金泽市），接管了加贺国，守护大名自杀。国人信徒立即把原守护一方的国人土地夺到自己手里，农民信徒的年贡负担也得到减轻。此后近百年间，加贺国由国人信徒代表和中小名主出身的寺院住持代表联合执政。

加贺一向一揆（加賀一向一揆）的胜利，鼓舞了能登、越中、越前等国的信徒纷纷起事。虽然都未获胜，但信徒不屈不挠地把战斗坚持了整整90多年。一向一揆并不限于北陆地方，在飞驒，文明17年（1485）也发生了一向一揆。进入16世纪，一向一揆更扩展到河内、和泉、摄津、畿内、三河诸国。
文明7年（1475），莲如在京都山科建本愿寺，作为本山统辖全日本宗徒，此后本山又移至大坂的石山本愿寺。本愿寺以其严密的组织向各地信徒征收“志纳钱”，还鼓励新型工商业者移居寺内町，积极发展工商业，并强化方位措施。本愿寺教团成为强大的宗教王国，为战国大名所不容。永禄6年（1563）的三河一向一揆（三河一向一揆）坚持了半年，沉重打击了德川家康。
本愿寺历届宗主一直反对一向一揆，讨好封建主。但当元龟元年（1570）织田信长危及这个宗教王国的存在时，宗主便动员全体信徒为保卫寺院而战。信徒们把石山合战（石山合戦）坚持了10年之久，天正8年（1580）战败。此后，包括加贺国在内的各地起义被镇压下去。

战国大名领国制

应仁之乱后历经半个世纪，守护大名相继没落，一些守护代、守护家臣以及地方国人代之而起，形成新的大名——战国大名（戦国大名），确立起在各国的统治。继续承认庄园制的守护领国制则为根本否定庄园制的大名领国制（大名領国制）所代替。
室町前期农耕已经逐渐精耕化，施肥日益重要。庄园制的存在，使得制取肥料用的广阔山野的青草和嫩芽得不到充分利用。水稻种植需要大规模的水利灌溉体系，然而规模小、权力分散的庄园制也不利于大型水利工程的建设。此外，农业同手工业分工的扩大，以及一国范围内商品流通的发展，都愈发需要政治体制的革新。于是，打破庄园制而确立一国范围内强有力的一元统治体制越来越迫切，这个历史任务就落在了战国大名身上。

守护代、守护家臣和地方国人通过“下克上”取代了守护大名。管领细川氏到细川晴元（細川 晴元，1415－1499）时，就被家臣三好长庆（三好 長慶，1522－1564）夺权，而三好氏的实权又被其家臣松永久秀（松永 久秀，1508－1577）夺去。15世纪末，管领斯波氏的领国越前、尾张分别被家臣朝仓氏、织田氏所夺。畠山氏的根据地河内，也被三好氏所夺。在越后，永正4年（1507）守护代长尾为景（長尾 為景，1486－1543）进攻守护上杉房能（上杉 房能，1474－1507），逼其自杀。在安艺，永正14年（1517）国人毛利元就（毛利 元就，1497－1571）杀守护武田元繁（武田 元繁，约1467－1517），后来又在天文24年（1555）的严岛之战（厳島の戦い）中击败大内氏。在美浓，斋藤道三（斎藤 道三，约1494－1556）从守护土岐氏手中夺取实权。在东北、关东、九州等地区，战国大名大多是从守护大名转化而来的。
就这样，到16世纪中叶，战国大名主要有东北地方的陆奥的伊达晴宗，关东地方的相模的北条氏康，中部地方的越后的上杉谦信、甲斐的武田信玄、骏河的今川义元、三河的德川家康、尾张的织田信长、美浓的斋藤道三、越前的朝仓义景，近畿地方的近江的浅井长政，四国地方的土佐的长宗我部元亲，中国地方的周防的毛利元就，九州地方的丰后的大友义镇、肥前的龙造寺隆信、萨摩的岛津义久。

大名们废除国内各种传统的土地所有关系，没收了庄园土地，并以武力和政治手段迫使武士臣服，将其土地收归己有。他们将其一部分留作直辖地，派代官管理，将剩余的一部分寄进给归顺自己的寺院，而剩余的大部分都以知行地的名义分授给自己的家臣。获得知行地的家臣必须绝对服从自己的主君，承担军役和其它义务。大名严密控制自己的家臣，经常派出密探监视家臣行为，并制定本国法律“分国法”（分国法），为家臣行动设下种种限制。
由此可见，战国大名彻底摆脱了幕府的束缚，以武力维持自己的领国，获得土地的最高所有权，并以绝对统治者的身份在领国内实施统一的法律。

战国大名们为了镇压农民反抗，以及在大名争霸中取得优势，都采取以集权统治扩充分国经济军事实力的“富国强兵”方针。
为了实行强兵方针，大名们都保持着一支等级森严的庞大家臣团。家臣被分为“同名”“谱代”“外样”，家臣之下又有“郎党”“仲间”“小者”“足轻”的等级。在军事编制上，家臣按各自所持武器被分为几组。起初，家臣都住在自己的知行地。16世纪中叶以后，战争规模的扩大和火药武器的采用，产生了长期集中训练军队的需要，家臣团便被移居大名城下，原本是战时临时从农民征来的足轻也被编进常备军，列入家臣团末端，开始脱离农业生产。
大名们也因此加强了统治农民的力量。他们禁止农民迁徙，收缴农民武器，并将自治团体惣村变为基层统治组织。16世纪上半叶起，部分大名实行检地，按村对分国耕地的面积、质量、产量和耕种的农民实行调查登记，确定年贡征收额。

室町后期的经济外交

在富国方针指导下，大名们都大力发展生产，鼓励农民开发新田，兴修大规模水利工程，整备灌溉体系。庄园制的消灭和复杂的土地所有关系的单一化，使在分国内有计划地大规模整治水利成为可能。例如，武田信玄（武田 信玄，1521－1573）为治理釜无川组织人力兴修信玄堤，越中的佐佐氏为治理常愿寺川修建佐佐堤。许多极易受灾的低洼地变为高产水田地带，耕地面积有了大幅度增长。厩肥、人粪尿得到广泛利用，大量进行割草积肥也有了可能。除实行稻麦轮作外，旱田作物也实行了小麦与大豆或荞麦的轮作。
商品作物生产普及各地，城市近郊也开始了较大规模的蔬菜生产。茶的种植逐渐普及，棉花也开始得到栽培。烟草、甘蔗、甘薯等新作物的种植也广泛发展。
采矿和冶炼技术都有明显提高。铜矿已从露天转向坑道开采；银的冶炼开始采用先进的中国灰吹法；黄金不仅从砂金里，也从矿石中进行提炼，产量大增。这三种矿藏的开发为后来铸造硬币创造了条件。此外伊势还开发了水银，南海还开发了硫磺等。
棉花生产的发展促进棉纺织手工业部门的出现，茶叶栽培的普及导致瓷器生产的扩大。刀剑制造非常发达，枪支传入后出现了枪支生产。农具需求的增加，促使各地的町、村产生了专职锻冶和铸造的工匠。

农村举行市集的频率从每月6次增至9次，城市里每日市集已经相当常见。市集上有品种丰富的农产品和手工业产品，而专业化的市场也在城市里纷纷建立。16世纪上半叶，日明勘合贸易空前繁荣。从16世纪中叶起，日本同欧洲和东南亚也开始了贸易联系。
室町后期，日本城市迅速发展。在一些城市，工商业者的独立倾向显著。曾经指商业地区的町，已逐渐带有社会组织的色彩。住在这里的以工商业者为主体的居民统称为“町众”，实行起自治。
随着家臣团集中于大名城下，工商业者也逐渐集中于此。为发展工商业，不少大名废除阻碍工商业自由活动的特权行会座，实行“乐市”“乐座”政策，开放市场，免除市场税、商业税。他们还废除领国内各地的关所，城下町作为分国的政治经济中心繁荣起来。出于经济和军事目的，大名们恢复早已荒废的驿站制度，以大名的城下町为中心整顿大道，在所有要害之地设驿站，使国内陆路交通更加便利。
应仁之乱后，京都虽未全市自治，但祇园、清水、北野等门前町以及室町等市场町都由各町町民自治。堺的城市自治最具代表性。堺作为濑户内海航路的终点，应仁之乱后先是被细川氏作为勘合贸易的基地，后又作为三好氏的据点，一跃成为日本最大的港湾城市。堺原为京都寺院的一个庄园，15世纪初实行地下请，15世纪末产生了由门阀商人组成的议会，出现城市自治。堺三面围以护城河，拥有自己的武装。此外，摄津的平野、筑前的博多、伊势的桑名等城市也享有自治权。更多的城市只是和京都一样享有部分的自治权。

16世纪30年代起，日明勘合贸易被九州的大内氏垄断。天文16年（1547），大内义隆（大内 義隆，1507－1551）送走最后一次遣明船，不久被家臣所害，勘合贸易从此告终。以后，倭寇再次猖獗。明朝沿海海盗和私商利用明将吏害怕倭寇的心理，投靠倭寇，以达到劫掠和走私的目的；倭寇则利用海盗和私商熟悉地理内情，放肆劫掠。倭寇在徐海、叶明、汪直等明朝海盗的加入下，频繁入侵中国。从16世纪60年代起，中国军民在戚继光、俞大猷等将领指挥下进行抗倭战争。明嘉靖34年（1555），戚继光（1528－1588）从山东调至浙江，镇守宁波、绍兴、台州三府。嘉靖40年（1561），倭寇大举入侵台州沿海，戚继光九战九捷。嘉靖41年（1562），戚继光率军攻入福建的倭寇据地，倭寇在浙闽无立足之地，便逃奔广东。明朝又任俞大猷（1503－1579）为广东总兵。嘉靖44年（1565），戚俞联军全歼闽粤交界处的倭寇。至嘉靖45年（1566），中国沿海倭寇基本肃清。
16世纪40年代以前，日本在世界上的活动范围还仅限于亚洲，直接交往的国家只有中国和朝鲜。天文12年（1543），一艘载有两个葡萄牙商人的明朝商船因暴风雨漂流到日本种子岛。岛主种子岛时尧（種子島 時堯，1528－1579）用两千两黄金向葡萄牙人购得两只步枪，并迅速学会使用和制造方法，史称“铁炮传来”（鉄砲伝来）。这种新式武器很快传遍日本各地，为战国大名所喜爱。枪支的使用，使冷兵器作战的战术大为改变，作战主力从骑兵改为步兵“足轻”。此后，葡萄牙商船陆续驶入九州港口，以马六甲为中心，经营日本、南洋、中国和印度之间获利颇丰的“南蛮贸易”（南蛮貿易）。葡萄牙人把欧洲的枪支和火药、中国的生丝和绸缎、南洋的香料运进日本，从日本赚取大量白银并运出刀剑、铜、海产品、漆器等货物。肥前的平户、长崎与丰后的府内等地成为南蛮贸易的中心。
天文18年（1549），西班牙耶稣会士方济各·沙勿略（Francis Xavier，1506－1552）首次将天主教传入日本。此后，天主教传教士纷纷来到日本。他们以协助大名获得巨额贸易利益和置办武器的条件，使一些大名接受洗礼，成为天主教徒，从而获得了在其领地内传教的权利。接受洗礼的大名当时称为“吉利支丹大名”（キリシタン大名），丰后的大友义镇和肥前的有马晴信、大村纯忠等就是最初的吉利支丹大名。大村纯忠为确保其贸易利益，甚至于天正8年（1580）将长崎和茂木寄进给耶稣会。这三个大名为了表示对罗马教皇的虔敬，于天正10年（1582）派出一个少年使节团（天正遣欧少年使節）前往罗马，8年后回国。此时，农民对佛教信仰日渐感到失望，天主教使农民得到新的精神安慰。传教士迎合日本风俗，穿起僧衣，在各地传教时还开设医院，举行慈善事业。欧洲传教士在日本开办教会学校，传入了先进的科技知识以及西方的油画和音乐。日本使用欧洲的活字印刷术翻译出版了许多西方书籍，日本也出现了最早的欧洲外来语，例如パン（pt pão，面包）、ボタン（pt botão，纽扣）、メリヤス（es medias，针织品）等。

东山文化

室町后期的文化称为东山文化（東山文化）。文学仍以连歌为代表，新兴曲艺能和狂言也在继续发展。宗祇（宗祇，1421－1502）编辑的《水无濑三吟百韵》（水無瀬三吟百韻）和《新撰菟玖波集》（新撰菟玖波集）等诗歌集确立的连歌风格，提高了连歌的艺术性，却失去了其大众性。于是，作为连歌余兴的俳谐（俳諧）兴起。山崎宗鉴（山崎 宗鑑，约1465－约1554）撰有《新撰犬筑波集》（新撰犬筑波集），被视为俳谐连歌之祖。
音阿弥（音阿弥，1398－1467）在观阿弥、世阿弥的基础上继续发展了能。“幸若舞”和“净瑠璃”此时也广为流行。幸若舞（幸若舞）是曲舞的一种，以战争和恋爱为题材，受武士欢迎。净瑠璃（浄瑠璃）是一种用弦伴奏的说唱曲艺，至江户初期发展为现代净瑠璃。
绘画上，土佐光信（土佐 光信，约1434－1525）将中国画的技法用于大和绘，使大和绘复兴起来。狩野正信（狩野 正信，约1434－约1530）同样融合中国水墨画与大和绘的技法，曾任幕府的御用画师。其子狩野元信（狩野 元信，约1476－1559）继承父风，集狩野派画风之大成。
建筑上，文明15年（1483）足利义政建造的慈照寺银阁不亚于金阁，极其豪华，慈照寺也因此别称银阁寺。建筑式样采用书院造样式，佛殿和住宅相结合，与庭园调和。银阁的附属建筑物东求堂和茶室同仁斋，建筑手法高雅，象征闲寂清雅的茶道趣味。
工艺上，后藤祐乘（後藤 祐乗，1440－1512）相当有名，擅长刀剑金属工艺雕刻和漆器制造。

室町时代，日本医学继续吸收中国医学成就，同时总结自身经验。贞治2年（南朝正平18年，1363），禅僧有邻（有隣）撰医书《福田方》（福田方），既综述了金、元、明时期的中国医学，又肯定了日本的医疗经验，分疾病为12类，创造性地提出按病因、症候、诊断、类症鉴别、预后和疗法的顺序撰写医书的方法，尤其论述研究既往症的必要性。此时的医书开始大量使用假名，促进了日本科研的发展。
室町后期，不少日本医学家到明朝交流医学成果。田代三喜（田代 三喜，1465－1544）归国后大力提倡金元时期李东垣、朱丹溪的医学流派，从而开创了日本的后世派医学。田代三喜的弟子曲直濑道三（曲直瀬 道三，1507－1594）著《启迪集》（啓迪集），将后世派向全国推广。

安土桃山时代

织田与丰臣的统一

战国时代，各大名领国内商品经济发展，商人、农民力量日益增加，但封建割据、分裂混战的局面不仅不利于农业生产，还阻碍了商品流通。因此农民、商人都反对割据，渴望统一。大名们也企图集中力量，排除异己，建立全国性的中央政权。
16世纪中叶，掌握主动权的是尾张大名织田信长（織田 信長，1534－1582）。尾张地处农业发达的浓尾平原，保守势力弱小，自耕农阶层壮大。织田信长推行“兵农分离”政策，将领国内名主、武士编入自己的家臣团，组成一支以使用长枪为主、配备步枪队的常备兵。他采取远交近攻、逐个击破的策略。永禄3年（1560），织田信长在桶狭间之战（桶狭間の戦い）中奇袭击溃十倍于己方兵力的守护大名今川义元（今川 義元，1519－1560）。三河的今川氏家臣松平元康独立，与织田信长结为清洲同盟（清洲同盟），不久改名德川家康（徳川 家康，1543－1616）。织田信长随后进攻美浓大名斋藤龙兴（斎藤 龍興，约1547－1573），永禄10年（1567）在稻叶山城之战（稲葉山城の戦い）中取胜，将稻叶山城改名为岐阜城。织田信长提出“天下布武”，意图以武家政权统治天下。永禄11年（1568），失去权力的室町幕府和皇室要求织田信长攻入京都，恢复朝廷和幕府的地位。于是织田信长拥立足利义昭（足利 義昭，1537－1597）为第十五代将军，率部入京，掌握了政权。
永禄12年（1569），织田信长迫使自由城市堺臣服。农业发达的近畿地方和堺、京都、奈良等富庶城市都已掌握在他手中。元龟元年（1570），足利义昭不满织田信长无视幕府权威，暗中与本愿寺、武田氏、上杉氏、毛利氏、浅井氏、三好氏、朝仓氏等大名联盟，组成信长包围网（信長包囲網）。元龟2年（1571），织田信长以比叡山延历寺包庇浅井氏和朝仓氏的理由，将其焚毁。元龟4年（1573），守护大名武田信玄进攻德川家康的远江国和三河国，以图进京，在三方原之战（三方ヶ原の戦い）中击败德川和织田联军，但不久病死。同年，织田信长进攻幕府，将足利义昭流放，室町幕府灭亡，日本进入安土桃山时代（安土桃山時代）。
织田信长在统一的过程中残酷镇压一向一揆，天正2年（1574）、3年（1575），他先后镇压了伊势长岛一向一揆和越前一向一揆。天正8年（1580），他攻下石山本愿寺，镇压加贺一向一揆。与此同时，他继续征战各国大名。天正3年（1575），织田信长联合德川家康，在长篠之战（長篠の戦い）中击溃武田胜赖（武田 勝頼，1546－1582），武田氏从此走向衰落，最终于天正10年（1582）灭亡。天正4年（1576），织田信长在近江琵琶湖畔修筑安土城（今滋贺县近江八幡市安土町），作为统治的根据地。天正10年（1582），全国统一已指日可待，然而在6月2日，织田信长在京都本能寺遭到家臣明智光秀（明智 光秀，约1516－1582）叛变，被迫自杀，史称本能寺之变（本能寺の変）。

本能寺之变时，织田信长家臣羽柴秀吉正在备中同毛利辉元（毛利 輝元，1553－1625）作战。闻讯后，羽柴秀吉立刻同毛利辉元议和，回师京都，10天时间就完成了230公里的急行军，史称中国大返还（中国大返し）。随后，羽柴秀吉在山崎之战（山崎の戦い）中击败明智光秀，明智光秀在逃往近江途中遭农民袭击自杀。在决定织田家继承人的清洲会议（清洲会議）上，羽柴秀吉支持织田信长之孙织田秀信（織田 秀信，1580－1605）继位。天正11年（1583），羽柴秀吉因为会议上的纠纷发动贱岳之战（賤ヶ岳の戦い），消灭织田家臣柴田胜家（柴田 勝家，约1522－1583）。同年，他兴建大坂城（今大阪市中央区），强迫各大名离开领国，连同堺的商人一并移居这里，将大坂作为称霸全国的根据地。天正12年（1584），织田信长次子织田信雄（織田 信雄，1558－1630）和德川家康联合对抗羽柴秀吉，小牧长久手之战（小牧・長久手の戦い）爆发。德川军虽取胜，但羽柴秀吉成功通过一系列外交策略笼络德川家康。至此，羽柴秀吉基本上继承了织田信长的基业。
天正13年（1585），羽柴秀吉进军四国，大名长宗我部元亲（長宗我部 元親，1539－1599）投降。同年，羽柴秀吉迫使朝廷授其关白一职，次年任太政大臣，更受天皇赐姓“丰臣”，改姓“丰臣秀吉”（豊臣 秀吉，1537－1598）。天正15年（1587），丰臣秀吉进攻九州，守护大名岛津义久（島津 義久，1533－1611）投降。同年，丰臣秀吉在京都建成新的统治中心聚乐第（今京都市上京区），围以城壕，宛如宫苑。
天正18年（1590），丰臣秀吉出征关东，在小田原之战（小田原征伐）中消灭后北条氏，迫使北条氏政（北条 氏政，约1538－1590）自杀，并使东北的伊达政宗（伊達 政宗，1567－1636）臣服。丰臣秀吉随后北进，平定奥羽地方。至此，日本全国统一。文禄2年（1593），丰臣秀吉又使战国时代统治虾夷地南部的蛎崎氏归顺，北海道南部地区正式划归日本版图。

丰臣政权在关白之下设五奉行，执行政务，由丰臣秀吉一手培养起来的浅野长政、石田三成、前田玄以、长束正家、增田长盛担任。另外任命5名实力雄厚的大名为五大老，分别是德川家康、前田利家、宇喜多秀家、毛利辉元、小早川隆景，小早川隆景后来改为上杉景胜。
为加强中央集权，丰臣秀吉对大名实行严密控制。他颁布惣无事令（惣無事令），禁止大名之间因为领地等问题私斗。他把自己一族和近臣安置在重要地区，如养子丰臣秀次（豊臣 秀次，1568－1595）被安置在尾张的清洲（今爱知县清须市），弟丰臣秀长（豊臣 秀長，1540－1591）被安置在大和的郡山（今奈良县大和郡山市），石田三成（石田 三成，1560－1600）被安置在近江的佐和山（今滋贺县彦根市）等等，从而巩固近畿地方。与此同时，他将不可靠的大名调离原来领地，如原在东海地方拥有巨大势力的德川家康被调到关东地方，以防大名们盘踞原领地独立。此外，他还命令各大名的妻子常住京都、大坂和伏见，并规定大名之间未经批准不得通婚。
文禄元年（1592），丰臣秀吉在京都建伏见城，又称桃山城。同年，丰臣秀吉将关白一职让与丰臣秀次，自己则以“太阁”（太閤）身份继续号令天下。

丰臣秀吉的统治

丰臣秀吉将全国土地集中在手里后，一部分作为直辖领地，大部分土地则作为知行国封赐各大名。山崎之战后，丰臣秀吉开始实行“太阁检地”（太閤検地），统一土地的面积单位，将耕地分为上、中、下、下下四等，各用石数规定标准产量，确立石高制，以标准产量的石数的三分之二收取年贡，统一容积单位为“京升”，并贯彻“一地一作人”的原则。太阁检地促进了全国范围内小农经济的出现。
在检地的同时，天正16年（1588）丰臣秀吉发出刀狩令（刀狩令），没收民间所有的“长刀、腰刀、弓箭、长枪、步枪及其它武器”。刀狩令解除了农民武装，使检地顺利进行，防止了农民起义，并达到了兵农分离的目的。天正19年（1591），丰臣秀吉发出身份统制令（身分統制令），确立了“士农工商”的等级制度，禁止农民转变为武士，强制耕作，不得擅离原村，将农民束缚在土地上，手工业者和商人也不得变更职业，武士则必须跟随主君移动，集中住在大名城下。

为促进商业发展和城市繁荣，织田信长曾推进了战国大名采用的“乐市”“乐座”政策，在建筑清洲、岐阜、安土等城下町时规定制定城下町条例时必须加进该政策。天正5年（1577），织田信长为安土城制定乐市乐座令（楽市・楽座令），否定座的特权，奖励商人来此定居，免除徭役，保障治安，免除房产税等等。丰臣秀吉也继承了这个政策，把工商业者从寺社、庄园领主之下解放出来，置于自己的控制之下，确保商业利益，加强权力。
交通政策和货币政策也是织田、丰臣政权发展工商业的重要部分。织田信长曾于永禄11年（1568）撤销其势力范围内的关所，禁征关钱。此举既能打击设立关所的寺社和庄园领主，又便于商人自由往来，发展工商业。丰臣秀吉延续政策，到天正14年（1586）废除了全国的关所。织田信长整顿交通设施，修补道路，架设桥梁；丰臣秀吉则统一1里为36町。永禄12年（1569），织田信长公布撰钱令（撰銭令），规定“善钱”“恶钱”的交换比例；丰臣秀吉则统一铸造货币，同时开发石见、佐野、生野等金银矿。为发展海外贸易，丰臣秀吉于天正16年（1588）发布海贼停止令（海賊停止令）。文禄元年（1592），丰臣秀吉开始实行“朱印船贸易”（朱印船貿易），授予长崎、京都、堺的商人朱印状，特许贸易，以资保护。

织田信长为利用天主教对抗一向一揆和获取贸易利益，对天主教曾采取保护政策。丰臣秀吉最初也采取了同一政策，但天正15年（1587）他在九州征伐时看到外国教士的强烈影响和长崎成为教会领地的情况，态度发生了巨大改变。他立即将长崎收为直辖地，发布《伴天连追放令》（バテレン追放令），禁止天主教传教，驱逐外国教士出境。不过此时人民的天主教信仰仍然得到承认，允许葡萄牙人通商。文禄5年（1596），西班牙船只圣菲利普号漂流到土佐海岸，丰臣秀吉认为西方国家有利用传教侵略日本的野心，遂将传教士和26名日本信徒在长崎处死。圣菲利普号事件（サン＝フェリペ号事件）成为日本镇压天主教的开端。
丰臣秀吉利用神国思想来煽起人民的排外情绪。在《伴天连追放令》中，他声称“日本是神国，天主教国家不得传播邪教”“天主教国家之人以日本人为门徒，破坏神社佛阁，前代未闻”。

桃山文化

桃山文化（桃山文化）的特点是佛教影响减弱，世俗性和现实性增强。从前的佛寺神社被新兴大封建主的城郭殿馆取代。在式样上，除神社、佛阁外，一律采用非对称结构。其代表性建筑物有织田信长的安土城，丰臣秀吉的大坂城、聚乐第、伏见城、姬路城等。这些城郭是军事堡垒，内有宅邸和政厅。书院造样式的宅邸称为“居馆”，内部装饰豪华，隔扇和墙壁上都有金碧辉煌的绘画。随着茶道的流行，茶室建筑“数寄屋”也发达起来。茶室建筑以简素、幽静、狭小为特征，一般都以大自然为背景，体现了闲寂朴素的茶道精神。

安土桃山时代的绘画世俗性很强，题材上已全无佛教色彩，多描绘花鸟、自然景色和社会风俗。许多也并非一般的花卉鸟兽画，而是象征祥瑞的鸟兽之王。例如狩野永德（狩野 永徳，1543－1590）的《唐狮子图屏风》（唐獅子図屏風），显示出王者的权威。书院正面和天守阁上层一般都画着中国古代圣贤像。庶民的风俗画也很流行。当时佛教衰退，儒教兴起，以儒教为主题的画成为时代主流。在形式上，以和汉融合的水墨画为主，其代表画派是狩野派。此外，长谷川等伯（長谷川 等伯，1539－1610）也是安土桃山时代最伟大的画家之一。

随着町人的成长，城市里兴起民众戏剧。净瑠璃早在室町后期就已出现，此时同木偶戏结合发展。而在安土桃山时代，出云阿国（出雲 阿国，1572－？）创造了歌舞伎（歌舞伎）。

安土桃山时代，同武士、町人生活密切的茶道十分盛行。室町前期，入明禅僧提倡茶道，在武士间传播，仪式繁细，流派众多。到此时堺的商人千利休（千利休，1522－1591）集其大成，排除形式，发展了重视精神的“侘茶”（わび茶）趣味，提倡“和敬清寂”。

文禄庆长之役

丰臣秀吉不满足于对日本人民的统治，希望进一步统治中国大陆和朝鲜，以此扬名立万。同时，他为了转移国内矛盾，巩固自己的统治，并平息国内土地不足分封的问题，决定出兵攻打明朝。
天正13年（1585），丰臣秀吉就表现出侵略中国的野心。天正18年（1590），他致书朝鲜国王，宣称要“长驱直入大明国，易吾朝之风于四百余州，施帝都政化于亿万斯年”，逼迫朝鲜臣服，协助自己进攻明朝。丰臣秀吉的要求自然遭到了朝鲜的拒绝，于是决定先攻下朝鲜。天正19年（1591），丰臣秀吉将关白一职让与丰臣秀次，自称太阁，建造名护屋城（今佐贺县唐津市）于肥前海滨，作为远征军的集结地。文禄元年（1592）3月，丰臣秀吉任宇喜多秀家（宇喜多 秀家，1572－1655）为总大将，以小西行长（小西 行長，1558－1600）和加藤清正（加藤 清正，1562－1611）为先锋，派遣16万大军登陆釜山，同时指挥9000名水军袭击朝鲜沿海各地，4月正式开战，文禄之役（文禄の役）由此拉开序幕。
日军在战争初期处于优势，仅两个月就占领京城（今首尔）、开城、平壤三大都城，朝鲜宣祖李昖（1552－1608）不得不逃到义州，向明朝求援。7月，加藤清正部队越过图们江，到达满洲东部。日本陆军虽然节节胜利，但5月以来水军在朝鲜南部沿岸海域连续遭到李舜臣（1545－1598）指挥的朝鲜水军的沉重打击。7月8日在闲山岛海战（閑山島海戦）中，日本舰队被全歼，彻底丧失制海权，使日本水陆并进夺取义州的计划落空。
此时，面对日军的大举侵略，朝鲜各地纷纷自发组织义军，英勇斗争，抗击敌人。郭再祐、郑仁弘部队活跃于庆尚道，赵宪部队活跃于忠清道，高敬命、金千镒部队活跃于全罗道。明朝派遣的援朝军自7月底陆续抵朝，投入战斗。在第一次平壤城之战（第一次平壌城の戦い）中，明军5000人因轻敌失利，于是12月底明朝再派4万援军入朝，文禄2年（1593）1月发动第二次平壤城之战（第二次平壌城の戦い），向小西行长部队猛烈进攻。明军“无不以一当十”，经一昼夜血战，收复平壤，继而收复开城。小西行长部队退守京城，加藤清正部队也从北部撤回。1月下旬，李如松（1549－1598）率明军乘胜追击，向京城挺进，由于误信假情报，在碧蹄馆中敌埋伏，爆发碧蹄馆之战（碧蹄館の戦い）。经过一日激战，李如松退驻开城，但此后成功断敌龙山饷道。4月，日军被迫从京城撤军，退守釜山。明军入城并分路追击，收复朝鲜绝大部分国土。
6月，因海战失利补给无法送至，加上兵员伤亡惨重，瘟疫流行，日本急于保全战果，遂派使节随同明使沈惟敬（1537－1597）前往明朝议和。丰臣秀吉在名护屋会见明朝使团时还提出7项条件：

1. 迎明帝公主为日本皇后；
2. 发展勘合贸易；
3. 明日两国武官永誓盟好；
4. 京城及四道归还朝鲜，另外四道割让于日本；
5. 朝鲜送一王子至日作为人质；
6. 交还所俘虏的朝鲜国二王子及其他朝鲜官吏；
7. 朝鲜大臣永誓不叛日本。

沈惟敬擅自同意了这7项条件，回国后呈交了伪造的日本降表。明神宗信以为真，决定册封丰臣秀吉为日本国王，文禄5年（1596）遣使赴日。丰臣秀吉大怒，和谈破裂，战事再起。
庆长2年（1597）1月，丰臣秀吉复派兵14万登陆釜山。日军经8个月才到达京城附近，但不久在稷山之战（稷山の戦い）中被明将麻贵击败，退到南部沿海，负隅顽抗。次年秋，丰臣秀吉病死，日军开始撤退。11月，日本水军在露梁海战（露梁海戦）中受到明朝和朝鲜联合水军的截击，损失惨重。明朝水师将领邓子龙（1531－1598）、朝鲜水师将领李舜臣不幸牺牲。到年底前，日本陆军陆续撤回日本，庆长之役（慶長の役）遂告结束。

江户时代

江户幕府的建立

天正18年（1590），德川家康被丰臣秀吉转封关东，以江户（今东京都）为居城。庆长3年（1598），丰臣秀吉病死，其子丰臣秀赖（豊臣 秀頼，1593－1615）年幼，在大坂由五大老之一的前田利家（前田 利家，1539－1599）辅佐。德川家康根据丰臣秀吉遗嘱，以五大老首席的身份在伏见主持大政。自朝鲜撤兵以来，诸将就因各自利益问题分裂成主张和谈的小西行长和五奉行之一的石田三成一派以及主张战争的加藤清正和丰臣秀吉的功臣福岛正则（福島 正則，1561－1624）一派，前者拉拢了五大老中的前田利家和毛利辉元，后者则拉拢了德川家康。德川家康利用联姻拉拢各地大名，预备夺权。庆长4年（1599），前田利家病死，石田三成一派与德川家康关系迅速恶化。庆长5年（1600），德川家康怀疑上杉景胜（上杉 景勝，1556－1623）谋反，对其发动会津征伐（会津征伐），带领福岛正则、细川忠兴（細川 忠興，1563－1646）、加藤清正等组成东军。石田三成乘机推毛利辉元为总大将，联合宇喜多秀家、上杉景胜、小西行长、小早川秀秋（小早川 秀秋，1582－1602）、岛津义弘（島津 義弘，1535－1619）等组成西军，举兵攻下伏见，进取美浓。德川家康立即召回征讨上杉景胜的东军，与9月15日同西军决战于美浓的关原。西军兵力和地理条件都占优势，但由于缺乏主将，内部不统一，小早川秀秋又突然倒戈，石田三成被俘，德川家康大获全胜。
关原之战（関ヶ原の戦い）后，德川家康立刻杀死石田三成和小西行长，流放宇喜多秀家，没收或削减西军将领毛利辉元、上杉景胜等的领地，大封东军将领，掌握了全国实权。

庆长8年（1603），德川家康迫使天皇封其为征夷大将军，江户幕府（江戸幕府）正式成立。此时，丰臣秀赖只有摄津、河内、和泉三国，但丰臣氏占据大坂，仍有重振旗鼓之势。庆长19年（1614），德川家康制造方广寺钟铭事件，借口丰臣氏重建的京都方广寺的钟铭文中“国家安康，君臣丰乐”是在诅咒自己，两次进攻大坂，最终于次年5月占领大坂，丰臣秀赖母子自杀。
在此之前，德川家康就在掌权之后两年的庆长10年（1605）让位给儿子德川秀忠（徳川 秀忠，1579－1632），自己隐居于旧根据地骏府（今静冈县静冈市葵区），自任大御所并继续指挥江户幕府，决定大计。大坂之役（大坂の陣）后，德川家康彻底消灭了丰臣氏一族，结束了自应仁之乱以来的混乱局面，改元“元和”，史称元和偃武（元和偃武）。德川家康也于次年元和2年（1616）病死。

江户幕府以幕藩体制（幕藩体制）统治全国，将军直辖领地称为“天领”（天領），其余土地分封给全国270个大名，称为“藩”（藩）。大名对幕府有政治、经济和军事义务，但在其藩国内有最高财政、军事、司法、行政权力。
将军和武士阶层通过领地与俸禄的层层分封授受，结成君臣、主从关系。大名以及将军的家臣武士“旗本”“御家人”对将军宣誓效忠，有繁重的公役和军役。大名的陪臣、家臣、武士等也同样要对将军及各自的主君服役尽忠。将军、大名到足轻的大小武士构成了整个统治阶级。幕府为控制全国大名，将大名分为亲藩大名、谱代大名、外样大名三类。亲藩大名（親藩大名）是将军的亲属，谱代大名（譜代大名）是将军的家臣，这两者被封于关东、近畿及东海要地，不能取得将军信任的外样大名（外様大名）则被封于东北、中国、九州等边远地区。各藩领地交错，互相牵制。大坂之役后，庆长20年（1615）幕府发出了一国一城令（一国一城令），要求各藩除藩都外，所有城堡一律夷平。
幕府的主要财源是天领农民上交的贡租。此外，幕府还支配全国重要的都市和矿山，垄断江户、大坂等主要市场以及对外贸易的利润，集中各藩采集的金、银、铜矿石，作为铸币原料和重要输出商品，由此逐步控制全国的经济命脉。

将军下设大老、老中、若年寄等官职。大老是临时执政官，为幕府最高官职，从谱代大名中选任。老中是常任执政官，未设置大老时为幕府最高官职，定员4至5人，从谱代大名中选任。若年寄和老中共参幕政，分管旗本、御家人及江户市政。此外有三奉行，即寺社奉行、町奉行、勘定奉行，寺社奉行由将军直属，町奉行、勘定奉行由老中支配。寺社奉行掌管寺院神社及其领地的行政、司法，处理关东八国以外天领的诉讼；町奉行一般指江户町奉行，掌管江户的行政、司法；勘定奉行掌管天领内的代官以及一般行政、财政。三奉行分别从谱代大名和旗本中选任。以上各高官都轮流执政，重要事件协商处理，以防一部分人篡夺中央权力。监察机关有老中下属的大目付和若年寄下属的目付，大目付负责监视大名和幕府高官，目付负责监视旗本以下的幕府官吏武士，兼管江户城内警政。
京都和天领的地方官员，由幕府任命。京都所司代是地方最高官职，由将军直属，负责警卫京都以及监视朝廷和关西大名。大坂、骏府、二条设城代，负责军事警卫，其中大坂城代由将军直属，骏府、二条城代由老中支配。京都、大坂、骏府还设町奉行，掌管行政、司法，由老中支配。其它天领要地也设置町奉行，统称远国奉行，由老中支配。
各藩大名以领地贡租的一半作为藩国的财源，其余充作家臣武士的俸禄。大名为实行集权，利用农民对地方武士的反抗斗争，逐步收缴封地，使原来拥有封地的家臣武士集居城下町，以实物俸禄代替封地。藩国内部政治机构与幕府类似。家老为藩国最高官职，由数人担任，轮流执政。家老下设郡奉行、町奉行、勘定奉行等，郡奉行掌管农村行政、司法，町奉行掌管城市行政、司法，勘定奉行掌管藩国财政。

幕府形式上尊奉皇室，将军由天皇册封，幕政由朝廷委托。但实际上幕府将天皇当作傀儡，以“朝敌”的借口镇压幕府的反对者。庆长20年（1615），幕府颁布《禁中并公家诸法度》（禁中並公家諸法度）17条，规定天皇只许从事学问，吟咏和歌，不得过问政治。幕府在京都筑二条城，作为将军的行营。法令严别公武，武士官职脱离公家官位而完全独立，由幕府授予，由此彻底隔断皇室和武士的联系。天皇如触犯幕府，随时可被废黜。
为强化武家统制，同年幕府还颁布了《武家诸法度》（武家諸法度）13条，违者可以处以严刑。宽永12年（1635），法令修订为19条，规定了参勤交代的制度，大名必须隔年到江户谒见将军，一年值勤幕府，一年驻守领地，妻子留江户作人质。

江户前期的经济外交

江户时代，日本处于小农经济的社会生产形态。自丰臣秀吉实行检地和兵农分离以来，庄园制彻底崩溃，自耕农直接向领主交纳实物年贡。江户时代又经过几次检地，确立了农民对土地的所有权，使幕府和藩国完全控制了广大农村。农民为领主耕种一小块世袭份地，领主向其征收实物地租以及各种杂税和劳役，这种农民称为“本百姓”。幕府为了保障财源和巩固封建统治基础，对农民设置经济限制。宽永20年（1643），幕府发布田畑永代买卖禁止令（田畑永代売買禁止令），禁止土地买卖。
为了维护幕藩体制，江户幕府实行森严的等级制度。18世纪，士农工商的四民身份已经基本固定，各阶层内部又细分为种种等级。每个人出生时就确定了自己的阶层，父系世袭的家族制度维护了身份等级制度的稳定。在父权制下，家人须绝对服从家长。家庭里男尊女卑，妇女隶属于男子，夫妇、父子、长幼之间都身份差别强烈。武士的俸禄由长子继承，不得分家产。
武士是统治阶级的基础，有权担任官职、受领俸禄、称姓、佩刀。农民身份复杂，大致可以分为有地的“高持”和无地的“无高”两种。町人，即工商业者，也有复杂的门第和身份差别。四民之外，还有社会最底层的“秽多”“非人”，他们毫无政治权利，被指定集体居住在郊区村落一角，从事最卑贱的职业。

江户时代继续了安土桃山时代的开放政策，鼓励海外贸易。虽然由于倭寇和丰臣秀吉的侵朝战争，日明勘合贸易没能恢复，但日中民间贸易一直未曾中断。庆长14年（1609），江户幕府和朝鲜缔结《己酉条约》（己酉約条），恢复邦交，通过对马藩重新开展日朝贸易。
位于日本西南的琉球国是明朝的藩属国，坐收中国、日本、南洋三角地带贸易之利。庆长14年（1609），德川家康允许萨摩藩藩主岛津忠恒（島津 忠恒，1576－1638）入侵琉球。从此，琉球成为萨摩藩的附属国，作为日中贸易的中转站。
由于明朝的锁国，日本和中国不能直接贸易，但对于前往南洋各地的商人，幕府实行官许贸易，向日本和外国往来于南洋与日本之间的商船主发放朱印状。朱印船大多为九州的大名以及豪商幕吏和外国人所有。虽然当时日本的造船、航海技术不及西欧，也没有海军保护，但日本盛产白银，所以对外贸易发达，在南洋居住的日本人也逐渐增多。

16世纪中叶以来，西班牙人和葡萄牙人在远东积极开展殖民和商业活动，葡萄牙人垄断了澳门和长崎间中国生丝和日本白银的贸易。17世纪后，英国、荷兰也在远东发展势力。庆长5年（1600），一艘荷兰商船遇难漂至日本，船上的英国人威廉·亚当斯（William Adams，1564－1620）被德川家康聘为外交顾问，获赐名三浦按针（三浦 按針）。荷兰、英国商船先后于庆长14年（1609）和庆长18年（1613）来到日本，获得在长崎平户岛设商行自由贸易和享受治外法权的待遇。在幕府的抵制下，西班牙、葡萄牙在日本的势力衰退。而由于荷兰的排挤，英国也于元和9年（1623）关闭了在平户的商行。随着日本禁教和锁国，荷兰成为西方唯一垄断日本贸易的国家。
德川家康延续了丰臣秀吉禁教与贸易平衡的方针，但为了发展经济，禁教实际上并不彻底，德川家康甚至还在鼓励传教。庆长4年（1599），德川家康允许西班牙传教士赫罗尼莫（Jerónimo de Jesús，？－1601）在江户建立方济各会教堂，由此天主教向关东发展。

宽永文化

江户时代初期的文化以儒学和武家为中心，称为宽永文化（寛永文化）。镰仓时代，朱子学随禅宗传入日本。南北朝、战国时代，朱子学广泛影响武士和人民，但仍未完全脱离佛教。文明13年（1481），禅僧桂庵玄树（桂庵玄樹，1427－1508）在萨摩翻印《大学章句》，为朱子学的广泛传播作出重大贡献。
江户时代，幕府为维护等级制度，推动儒佛分离。庆长5年（1600），德川家康召播磨国禅僧藤原惺窝（藤原 惺窩，1561－1619）到江户还俗，创立儒学京学学派，与其门徒林罗山（林 羅山，1583－1657）以朱子学名儒的身份先后受到重用。
藤原惺窝到江户后便推崇朱子学，主张“人伦皆真”，否定佛教出世观。林罗山结合诸子百家与日本国情创新，对不适合幕藩体制的加以修正，真正创立了日本朱子学。在忠孝关系上，中国儒学向来重孝，而林罗山主张“忠孝不得兼，宁舍孝而重忠”。在宗教问题上，他排斥佛教，与神道结合，认为神道“即王道也，儒道也，圣贤之道也”。林罗山因此受到德川家康的特别重用，参与幕政，起草文书。宽永7年（1630），第三代将军德川家光（徳川 家光，1604－1651）赐上野忍冈的土地，两年后林罗山在忍冈建立私塾和孔庙。元禄3年（1690），第五代将军德川纲吉（徳川 綱吉，1646－1709）将私塾和孔庙迁到神田汤岛昌平坂，成为幕府的最高学府“昌平黉”（昌平黌）。林氏从此世袭文教官职，朱子学成为官学。在地方，许多藩国也出现了教授朱子学的学校。水户藩藩主德川光圀（徳川 光圀，1628－1701）聘请明末遗臣朱舜水为宾师，建立了尊王攘夷的水户学。
藤原惺窝、林罗山以后，朱子学分化为主气的贝原益轩一派和主理的山崎闇斋一派。贝原益轩（貝原 益軒，1630－1714）批判朱熹“理先气后”说，主张气一元论。他反对朱熹的“居敬”说，重视其“穷理”说。山崎闇斋（山崎 闇斎，1619－1682）主张神儒一致，创立垂加神道，认为神道和儒教在“仁政”起源上根本思想一致，论证霸道即武家政治和王道即公家政治是相同的，由此得出幕府统治的正当性。他鼓吹“天人唯一”“内外之辨”和绝对尊王的皇国思想。

江户时代，儒学家们将武士道理论化、系统化，形成了完整的思想体系。林罗山门下的山鹿素行（山鹿 素行，1622－1685）宣扬孔子“五达道”“三达德”的“圣学”。他在《士道》中说：“孔孟之教人曰‘守死善道’，曰‘舍生取义’，曰‘杀身成仁’。夫死生者，人之大事也。至道义之当守，生不足恋，死不足顾，况富贵贫贱，饮食色情之有害志乎。”
山鹿素行的弟子大道寺友山（大道寺 友山，1622－1685）进一步发挥了儒学为君主“杀身成仁”“舍生取义”的精神，将武士道日本化。他在《武道初心集》中说：“武士临战场，决不当顾家室。出阵应有战死之决心，以生命付诸一掷，方得名誉。与敌骑决胜负，将被敌取首级时，敌必正色问我姓名，即应朗报己名，莞尔授颈，不可有懊丧畏缩之态。负致命伤时，若尚有气力，必向番头、组头或同伙报告，不露痛苦，处以冷静无事之色，方不失为武士第一要义。”

禁教锁国

天主教在日本的传播扩大了教会和幕府间的矛盾。天主教教义坚持神的最高权威，神的面前人人平等，与身份等级森严的幕藩体制截然不同。天主教排斥异教，否定神道、佛教，认为应当服从神，而不应服从父母、主君，这更不能为江户幕府容忍。此外，西方利用天主教会作为殖民扩张的工具。幕府联想到一向一揆，深恐丰臣氏一族和反德川氏势力利用天主教徒的组织力量发动叛乱，于是决心消灭天主教势力。
庆长17年（1612），幕府发出禁教令，以天领内的都市为对象，次年又扩大到全国。幕府在《排吉支丹文》中指出：“日本，神国、佛国也。基督教徒党传邪法，谋政变以夺国，违法令，谤神佛，礼拜罪人，崇信有加，应予严禁。”幕府在各地破坏教堂，逮捕教徒，强迫改宗，全面迫害教士和教徒。在大坂之役中，幕府发现天主教徒参加丰臣氏一方，于是决心禁绝天主教。
元和2年（1616），德川家康病死。同年，幕府再次发出禁教令，全国上下严禁信教，除明船外，信教的外国商船只得在平户、长崎两地经商。元和8年（1622），幕府在长崎将55名基督教徒处以火刑、斩首，史称元和大殉教（元和の大殉教）。

为了彻底禁绝天主教，幕府决定断绝日本和海外的交通，于是对外政策由积极的贸易开放转变为闭关锁国。此外，发达的对外贸易必然促进国内工商业繁荣，从而破坏自给自足的小农经济。西南大名和豪商经营外贸日趋富强，也威胁到幕府统治。幕府通过实行锁国（鎖国）政策，逐步限制并垄断了对外贸易。
元和2年（1616），幕府禁止明船以外的外国商船在平户、长崎两地以外靠岸。元和6年（1620），幕府禁止日本人搭乘外国船只航海以及输出武器。宽永元年（1624），幕府禁止西班牙人来航。宽永10年（1633），幕府发出第一次锁国令，规定除持有特许证的“奉书船”外，日本船只不得出国，外国船只来日也受监视，限期交易。次年，幕府发出第二次锁国令，重申第一次锁国令的规定。宽永12年（1635），幕府发出第三次锁国令，禁止包括奉书船在内的一切日本船只出国，海外日本人归国者一律处死。宽永13年（1636），幕府发出第四次锁国令，西班牙人、葡萄牙人在长崎所生子女以及对其收留者一律处死。

肥前的岛原半岛在战国时代是吉利支丹大名有马晴信（有馬 晴信，1567－1612）的领地，不少教徒和关原之战、大坂之役中失去领地的武士逃亡到此地。江户时代，由于藩主有马直纯（有馬 直純，1586－1641）禁教失败，幕府于元和2年（1616）将岛原藩转封给松仓重政（松倉 重政，约1574－1630），有马氏的武士成为农民。松仓重政到任后，筑起坚固的岛原城。为取悦幕府，他要求承担改建江户城的繁重劳役，使农民疲于奔命。松仓重政及其子松仓胜家（松倉 勝家，1597－1638）征收苛捐杂税，对无力捐税的处以严刑，使岛原人民苦不堪言。此外，松仓父子还用种种酷刑镇压天主教徒。
岛原南面的天草群岛，本是吉利支丹大名小西行长的领地。天草是日本天主教文化的中心，丰臣秀吉禁教后，将教会学校、修道院等移到此地，传播西洋文化。关原之战后，天草划归唐津藩藩主寺泽广高（寺沢 広高，1563－1633）。他增征许多捐税，在天草西北筑富冈城（今熊本县苓北町）。寺泽广高及其子寺泽坚高（寺沢 堅高，1609－1647）同样残酷迫害天主教徒。
宽永11年（1634）以来，岛原、天草两地连年天灾，农民不堪重负，然而两家藩主仍然严刑逼租。宽永14年（1637）10月，岛原的一名农民因交不起农租，怀孕的妻子被松仓胜家的家臣囚入水牢，数百名愤怒的村民放火烧毁其宅邸。天草的农民也愤而参加起义。16岁的天草四郎（天草 四郎，约1621－1638）被推举为领袖，四处宣传，聚集农民，宣誓起义。岛原民众纷纷诛杀藩吏、焚烧寺庙，10月25日开始武装暴动，岛原之乱（島原の乱）爆发。在天草四郎的领导下，岛原、天草大部分地区已被起义军所控制。
德川家光接到消息后，立刻调兵遣将前去镇压。11月，正在攻打富冈城的天草起义军得知幕府军队正在前来，退守岛原南部的原城（今长崎县南岛原市南有马町），幕府军久攻不下。次年2月，起义军弹尽粮绝，突围失败，幕府军最终攻下原城，起义军被尽数斩首。

岛原之乱后，幕府于宽永16年（1639）发出第五次锁国令，禁止葡萄牙人来航。锁国体制最终完成，国家垄断的海外贸易关系形成。宽永18年（1641），荷兰商行被转移到长崎出岛，朱印船贸易也被禁止。锁国后，幕府只准中国、荷兰船只通航长崎一港。由此，日本的外交和贸易完全置于幕府统治之下。

商品经济的发展

幕藩体制是建立在小农经济基础上的封建制度，幕府和藩国为保证赋税收入，竭力扶持本百姓发展，抑制地主、富农的势力。江户幕府禁止土地买卖和继承，禁止人身买卖和使用家奴，允许农民控告领主以及移居其它领地，还禁止农民逃亡，防止土地荒废。庆安2年（1649），幕府发布《庆安御触书》（慶安御触書），对农民提出了32条严格限制，要求农民厉行节约。
江户前期，新的农业工具得到发明，除虫剂开始使用，栽培技术也有提高。轮种法和双季稻栽培等得到实行。17世纪上半叶，日本出现了最早的农书《清良记》（清良記），此后又出现了《百姓传记》（百姓伝記）《会津农书》（会津農書）等农书。元禄10年（1697），宫崎安贞（宮崎 安貞，1623－1697）参考明朝《农政全书》，总结日本农民的生产经验，出版《农业全书》（農業全書），使先进技术广为传播。此外，幕府和藩国为增加赋税收入，还积极开垦土地，以较轻的年贡吸引农民耕作。农业生产力的发展，使得在幕府极力维持小农经济的情况下，一部分农民仍然可以将剩余产品商品化，从而促使商品经济发展和自然经济瓦解。大名、武士也日益不能满足生活消费的增加，于是不得不将年贡米谷换成货币。
农民将年贡和自食之外的剩余产品都作为商品出售。幕藩领主则通过收取实物贡租并将其商品化来维持财政。这样，一部分年贡也逐渐变为由货币交纳。他们虽想维持自给自足的自然经济，禁止农民种植年贡以外的作物，但由于领主生活和财政的需要，不得不奖励栽培四木（桑、漆、桧、楮）、三草（红花、蓝、麻）、棉花等商品作物。商品作物的种植，需要购买特殊的肥料和农具，于是农民出售产品以换取货币来购置，从而使农业进一步商品化。

江户幕府发布一国一城令以后，手工业者和商人都被聚集到幕府和藩都的城下町，城市规模扩大。以这些新兴的城下町为主，加上过去的门前町等城市，到17世纪末，全国已有超过300个大小城市。商品经济的发展促使城市繁荣，而繁荣的城市又推动了商品经济的发展。江户、大坂、京都这三都成为全国性城市，其中大坂成为全国市场的中心。全国各地的商品集中运入大坂，然后再转运到全国各地，大坂因此被称为“天下的厨房”（天下の台所）。问屋在全国性商品流通中发挥了重要作用，他们通过中间商包办商品的收购、运输、保存和售卖，控制经济作物和手工业生产，经营项目日渐专业化。从17世纪末开始，农村商品经济的发展也使得农村商人逐渐兴起，与城市商人争夺商业利益。
商品经济的发展和全国市场的形成，和交通的发达密不可分。江户初期，幕府为实行参勤交代修建了以江户为中心的“五街道”（五街道），包括东海道、日光街道、奥州街道、中山道和甲州街道。街道沿线设置驿站，幕府从周边村镇征用人马。太平洋沿岸的东海道最为重要，设有五十三次驿站。以江户为中心，街道各要地设置关所，构成环形警备圈。虽然五街道服务于政治、军事，限制民用，但仍然有利于打破自然经济造成的隔绝状态。海上运输则承担了主要的商品运输。
商品经济的发展促使了货币的大量使用，17世纪下半叶，信贷制度在全国建立。江户幕府实行三货制度，流通金、银、钱（铜）三种货币。幕府垄断铸币权，禁止私铸钱币。此外，各藩还发行纸币“藩札”，名目繁多。由于币价经常变动，币制复杂，因而出现了兑换和买卖货币的必要。“两替商”（両替商）以普通商人为客户，办理存款、贷款、票据和汇兑等业务。两替商和以幕藩领主为客户的“藏屋敷”“挂屋”“札差”构成了全国的信贷系统。除经营信贷外，它们大多还兼营商业和高利贷。
由于商品作物的增加和购买肥料的需要，以及部分贡租改由货币交纳，商品经济逐渐渗入农村，自然经济进一步瓦解，加速了本百姓的两极分化。一部分富裕农民发展为地主和商人，向农民发放高利贷，将典当的土地再租佃给农民。贫困农民仅靠土地收入难以生活，必须出售家庭手工业产品，增加货币收入，于是农民的家庭手工业渐渐被卷入商品流通之中。

18世纪初，以三都为中心，商品经济迅速发展。商品农业的收入不能被幕藩领主剥削，而城市生活消费的增加却使幕藩财政支出扩大。幕府和大名、武士日益奢侈，刺激物价上涨，进而使幕藩财政逐渐困难。随着财政的困难，统治阶级内部的矛盾也尖锐化。宽文11年（1671）仙台藩的伊达骚动（伊達騒動）、延宝7年（1679）高田藩的越后骚动（越後騒動）等，都是由于大名宠信新权贵，压榨武士，导致武士反抗。
庆安4年（1651），德川家光去世，德川家纲（徳川 家綱，1641－1680）继位。德川家光实行武断政治（武断政治），大量改易（剥夺武士身份）、减封，导致“浪人”数量大增，社会动荡不安。德川家光一死，便发生庆安之变（慶安の変），江户军学家由井正雪（由井 正雪，约1605－1651）率浪人等3000人倒幕，计划泄露被杀。德川家纲将武断政治转变为文治政治（文治政治）。德川家纲晚年，身体虚弱加上幕府财政的困难，造成大老酒井忠清（酒井 忠清，1624－1681）专制，幕府威势减弱。延宝8年（1680），德川家纲去世，德川纲吉继位。
德川纲吉执政时，罢免了贪污专权的酒井忠清，打击门阀势力，先后任命牧野成贞（牧野 成貞，1635－1712）、柳泽吉保（柳沢 吉保，1659－1714）为侧用人，建立将军专制。他尊崇儒学，希望通过儒家思想和繁文缛节来纠正武家政治的弊端；还迷信佛教，贞享4年（1687）发布了生类怜悯令（生類憐れみの令），禁止杀生，因杀伤狗和其它动物而被判处死刑、流放的事屡有发生，德川纲吉因此被讥为“狗将军”（犬公方）。这些都进一步恶化了幕府财政，家臣武士也愈加困苦。德川纲吉任命勘定奉行荻原重秀（荻原 重秀，1658－1713）改革财政，但荻原重秀改铸货币，降低成色，最终只使得货币滥发，币价大跌，引起物价高涨，民不堪苦，幕藩财政更加困难。

元禄文化

江户前期，随着商品经济的发展和全国市场的形成，町人文化取代贵族、武士文化而兴起。这种文化带有反封建的自然主义和现实主义倾向，在德川纲吉执政的元禄年间发展到高潮，史称元禄文化（元禄文化）。

文学上，连歌发展为俳谐。江户初期，松永贞德（松永 貞徳，1571－1654）将和歌、连歌中不用的俗语和汉语引入俳谐，俳风和大坂的俳人西山宗因（西山 宗因，1605－1682）一样自由阔达，博得市民赞赏。元禄年间，松尾芭蕉（松尾 芭蕉，1644－1694）开创了蕉风俳谐，使俳谐具有极高的艺术性，被后世誉为“俳圣”。他还独立使用俳谐的发句，将由五、七、五共十七音组成的俳句（俳句）推向顶峰，著有《奥之细道》（おくのほそ道）和《猿蓑》（猿蓑）等俳句集。俳句“古池蛙跃溅水声”是松尾芭蕉的代表性作品。
浮世草子（浮世草子）是以广泛的民众生活为题材的小说，描绘了当时各种风俗人情。大坂商人井原西鹤（井原 西鶴，1642－1693）以“好色”为名，大胆描写人们对物欲和性欲的追求，写下《好色一代男》《好色五人女》《日本永代藏》《世间胸算用》等代表作，开创了浮世草子的体裁，从而催生了町人文学。

木偶戏和净瑠璃结合，产生了“人形净瑠璃”的艺术形式。大坂农民出身的竹本义太夫（竹本義太夫，1651－1714）融合净瑠璃与各种民谣的曲调，作出称为“义太夫节”的伴奏，再加上近松门左卫门（近松 門左衛門，1653－1725）写出《曾根崎心中》《国性爷合战》等颇受欢迎的剧本，将人形净瑠璃推向顶峰。后来由于歌舞伎的发展，人形净瑠璃走向衰落。直到18世纪末，植村文乐轩（植村 文楽軒，1751－1810）复兴以义太夫节伴奏的人形净瑠璃，创办“文乐座”，将人形净瑠璃以“文乐”之名传承至今。
歌舞伎在元禄年间从以歌舞为中心的舞台艺术发展为以戏剧为中心。京都的坂田藤十郎（坂田 藤十郎，1647－1709）、江户的市川团十郎（市川 團十郎，1660－1704），都是当时有名的歌舞伎演员。歌舞伎在市民中广为流行，产生了深刻的文化影响力。

京都的俵屋宗达（俵屋 宗達）和尾形光琳（尾形 光琳，1658－1716）开创了深受商人喜爱的风俗装饰画，如尾形光琳的代表作《燕子花图屏风》《红白梅图屏风》等。菱川师宣（菱川 師宣，约1618－1694）在江户开创了浮世绘，以人们的日常生活为题材，代表作有《回首美人图》（見返り美人図）。

酒井田柿右卫门（酒井田柿右衛門，1596－1666）使用红绘法，创造了名为“伊万里烧”的彩色瓷器。尾形光琳之弟尾形干山（尾形 乾山，1663－1743）也精于制作彩色瓷器。尾形光琳在本阿弥光悦（本阿弥 光悦，1558－1637）的影响下，用金银粉制作出精美的莳绘漆器。京都的宫崎友禅（宮崎 友禅，1654－1736）在染织上创造出绚丽多彩的“友禅染”。

江户前期仍具有安土桃山时代的豪华，例如德川家康的神社日光东照宫。京都的桂离宫和修学院离宫则属于幽雅的茶室建筑，为上层武士和商人所欣赏。民间则流行旧式的武家书院造，并出现了歌舞伎剧场等大型建筑物。

医学、药学上，日本学者已经开始摈弃中国以阴阳五行来解释病因的理论，提倡“亲验实试”。贝原益轩以明朝《本草纲目》为蓝本，采集调查了日本三百多种动植物和矿物，于宝永7年（1709）出版了《大和本草》（大和本草），记载了1362种本草的药用，开拓了日本的本草学。另一个本草学家稻生若水（稲生 若水，1655－1715）也对日本的动植物和矿物进行了广泛的调查，编纂成《庶物类纂》（庶物類纂）362卷，从而奠定了日本本草学的基础。其后人丹羽正伯（丹羽 正伯，1691－1756）又将《庶物类纂》增补为1054卷。
农学上，《清良记》《农业全书》等农书总结了日本的农业经验。与农业相关的天文、历法和数学，也有很大发展。9世纪以来，日本一直沿用中国唐朝的宣明历，但其已经与天象有较大误差。于是日本天文学家涩川春海（渋川 春海，1639－1715）在元朝授时历的基础上，根据自己对天体的多年观测，编制了日本第一部历法贞享历（貞享暦），于贞享元年（1684）正式被幕府采用。此外，数学家吉田光由（吉田 光由，1598－1673）在中国数学著作的基础上，宽永4年（1627）写成数学著作《尘劫记》（塵劫記）。关孝和（関 孝和，？－1708）于延宝2年（1674）写成《发微算法》（発微算法），发明了微积分，并在世界上最早提出了行列式，集和算之大成。

与武士贫困化的现象相反，商人积累了大量财富。他们向武士、农民发放高利贷，逐渐控制了封建经济，松弛了封建身份制和生产关系。虽然各藩在政治上独立割据，但在经济上已被卷入全国经济之中，豪商以此左右幕府和藩国的财政。随着商品经济的发展，町人愈不甘于其社会地位，于是提出人性解放，追求自由和四民平等，否定封建社会的尊卑观念。
长期影响着武士和平民的儒家朱子学，内部也出现了一些反对派。中江藤树（中江 藤樹，1608－1648）批评朱熹的“知先于行”，坚持王守仁的“知行合一”，开创了日本的阳明学派。其弟子熊泽蕃山（熊沢 蕃山，1619－1691）反对幕府的僭越和参勤交代的浪费，主张武士移居农村，实行农兵制。
山鹿素行认为朱子学和阳明学都偏离了孔孟，提出回归孔孟经典，恢复先秦儒学，从而创立了古学派。伊藤仁斋（伊藤 仁斎，1627－1705）也从同样立场著《论语古义》（論語古義），反对朱子学。朱子学主张有德者能治国，伊藤仁斋则认为可以脱离政治，以“人情”树立道德。荻生徂徕（荻生 徂徠，1666－1728）也主张政治和道德分开，以科学态度治学，反对朱子学派空谈性理。他在《政谈》一书中指出，改革幕藩体制是匡时济世的要务，但改革必先研究古文辞、阐明古代典章制度，然后通过将军的“作为”，重建“先王之道”的秩序。其弟子太宰春台（太宰 春台，1680－1747）更关心政治经济，思想开阔，主张促进商品经济。
国学派继承了古学派的复古主义，但把重点转向古代文学和神学。国学派在研究和歌的基础上，力求从程朱理学、佛教道德和中国传统文学形式中解放，恢复日本古典文学的本性，发露真实的感情。大坂僧人契冲（契沖，1640－1701）研究注释《万叶集》，著成《万叶代匠记》（万葉代匠記），主张根据日语的原意，排斥儒佛道德观对和歌的解释，确立了国学的方法。荷田春满（荷田 春満，1669－1736）将国学派发展为一个独立的学派。

江户时代，日本史学也有显著进步。虽然史学仍受朱子学统治，但已初步具有实证精神。林罗山父子著有编年体史书《本朝通鉴》（本朝通鑑），站在儒学的立场拥护武家政权。林罗山以继承《春秋》“据事直书，而善恶自见”的态度自居，虽标榜以六经为本立论，但努力收集遗文日记，参照中国和朝鲜史籍，对神代的叙述只罗列系谱而不表示看法，重视史实，讲究考证，排斥宗教迷信。
明历3年（1657），水户藩藩主德川光圀设史局编纂史书，历经两百余年，才完成巨著《大日本史》（大日本史）。《大日本史》为纪传体史书，重视史实考证，对史料注释严谨。全书标榜朱子学正统，强调“大义名分”观点。
政治家新井白石（新井 白石，1657－1725）在《读史余论》中，按照日本封建时代政治变革的性质，提出了“王朝九变而为武家之世，武家之世五变而至德川氏”的理论，将上古、中世等概念用于历史时期的划分。他对史料力主求真求博，不但引用参考了日本大量的史料，还利用中国和朝鲜史书中有关日本的记载，甚至从西方国家获取资料。他批判了儒家和道家的历史观，提出：“史者，据实记事，以为世之鉴戒者也。”同时也反对神道对历史的解释，提出：“神者人也，我国习俗，凡所尊敬之人皆为神。”

儒教和佛教都走向日本化。山崎闇斋的垂加神道主张“天御中主尊”相当于朱子学的“理”，将神道和儒教合一。否定家庭的佛教，在崇拜祖先、追求现世利益的民众面前，教义发生了变化，支持家庭和祖先成佛。

享保改革

第六、七代将军德川家宣（徳川 家宣，1662－1712）、德川家继（徳川 家継，1709－1716）统治期间，幕政由侧用人间部诠房（間部 詮房，1666－1720）和儒臣新井白石执掌，史称正德之治（正徳の治）。新井白石制止奢侈浪费，厉行节约，并改铸元禄年间滥发的劣币，平抑物价，还罢免荻原重秀。但新币发行后，同旧币的交换比率不当，缺乏市场信用，经济仍十分混乱。为防止金银外流，新井白石制定《海舶互市新例》（海舶互市新例），严格管理对外贸易，限制每年中国、荷兰商船进口和白银出口。新井白石的改革主要是为了提高幕府权威，并未触及幕藩体制最根本的农村问题，因而成效有限。

享保元年（1716），德川吉宗（徳川 吉宗，1684－1751）继任第八代将军。为巩固幕府统治，摆脱财政危机，他实行了一系列改革，史称享保改革（享保の改革）。德川吉宗罢免新井白石，任命水野忠之（水野 忠之，1669－1731）为老中，掌管财政。他提倡尚武，并制定法典《公事方御定书》（公事方御定書），使刑事诉讼有法可循。幕府设置目安箱，用以反映民间的政治意见。享保5年（1720），允许输入与基督教无关的西方书籍。
享保3年（1718），幕府颁布新金银通货令，规定用正德金银计算物价，旧币在五年内须兑换为正德金银。新金银通货令引发了通货紧缩，减缓了经济发展。直到元文元年（1736），较劣质的元文金银部分替换了正德金银，又大量发行了铜钱、铁钱，经济得到好转。
为解决财政困难，享保7年（1722）实行上米制（上米の制），命令各大名每万石纳贡米百石，以减免参勤交代在江户的半年。享保8年（1723）实行足高制（足高の制），规定低俸禄者就任高位官职时，发放官职津贴，离职后停止发放。这样既节约了开支，又能选拔人才，制止官僚主义。
享保7年（1722），年贡征收实行定免法，以固定税率取代过去每年以收成确定税率的检见法。根据定免法，税率以过去10年的平均收成确定，大体为四公六民，即税率为收成的四成。享保13年（1728）定为五公五民。此外，享保7年（1722）起，幕府还奖励新田开发以增加收入，规定商人出资开垦可占有贡租的十分之一。幕府还奖励种植经济作物，并推广药材、人参、甘蔗的栽培。
享保9年（1724），德川吉宗向大名、武士、平民发出节约令（倹約令），对生活各方面作出详细规定。节约令抑制了商业发展，没有起到使财政好转的效果。

享保改革适应了商品经济发展，因此在巩固幕府统治的层面上取得了成效。但它并没有解决幕藩体制的根本矛盾，虽然暂时解决了幕府的财政危机，同时却又激化了社会阶级矛盾。商品经济仍然侵蚀着农村，五公五民给农民带来沉重负担，造成商人高利贷兼并土地，幕府也鼓励商人投资开垦新田。失去土地的农民越来越多，于是农民逃散、控诉，起义也时有发生。在城市，米价上涨也屡次引发市民斗争。
米作为幕藩经济的中心商品，米价与其它物价的关系直接影响领主及其家臣武士的生活。享保15年（1730）起，米价不断下跌，其它物价却不下跌，这对把年贡米换成货币作为唯一财源的领主及其家臣武士威胁很大。为防止米价下跌，幕府大量买米、囤米，同时奖励大名、商人也买米、囤米。此外，幕府在大坂设置堂岛米会所，用以操纵米价。享保17年（1732），享保大饥荒（享保の大飢饉）爆发，米价猛涨，次年江户发生市民捣毁米店的暴动。米价此后又跌，幕府试图规定米价，但亦无效。米价的涨落无常，使农民、市民、下层武士的生活不甚安定。

宽政改革

德川吉宗之后，明和4年（1767）至天明6年（1786），田沼意次（田沼 意次，1719－1788）任老中，执掌幕政，史称田沼时代（田沼時代）。田沼意次继续推动新田开发，还计划开发虾夷地。他鼓励商人出资，排干下总的印旛沼和手贺沼，进行造田，但因洪水未能成功。田沼意次鼓励开发矿山，铜、石灰等实行专卖制，并准许工商业者成立特权行会“株仲间”，由幕府征收营业税“运上金”或“冥加金”。幕府借此垄断了三都生产，获取了巨额利益。田沼意次还计划与北方的俄国贸易，派最上德内（最上 徳内，1754－1836）到虾夷地调查。
田沼意次一方面利用商业资本，一方面却政治腐败，贿赂问题严重。当时，农村阶级分化加剧，破产农民不断流入城市；特权高利贷商人势力壮大，市民生活贫困。而在田沼时代，自然灾害也连年发生。天明3年（1783），浅间山发生火山喷发，导致了数十万人饿死的天明大饥荒（天明の大飢饉）。又因为幕府的苛捐杂税，农民起义风起云涌。各地城市也由于饥荒时期米价高涨，发生大规模暴动。在城乡起义暴动的压力下，统治阶级内部对田沼意次也有不满。天明6年（1786）8月，田沼意次被迫辞职。次年，德川家齐（徳川 家斉，1773－1841）继任第十一代将军，任用白河藩藩主松平定信（松平 定信，1759－1829）为老中。

松平定信为解决当时的社会危机，采取一系列措施，实行宽政改革（寛政の改革）。松平定信强制外出农民归乡，对归乡者发放路费和农具资金；禁止堕胎、溺婴，发放抚育幼儿费；在江户石川岛设立“人足寄场”，收容无家可归者，进行职业训练，维持社会治安；实行围米（囲米），设立义仓，贮存米用以备荒。
为解决幕藩财政困难，松平定信也发布节约令，规定细则，禁止武士、平民买卖奢侈品，并削减幕府支出。宽政元年（1789），幕府发布弃捐令（棄捐令），命令札差放弃6年以上的债权，减轻5年以内的利息，分期偿还，以救济武士。此外，松平定信要求官吏廉洁务实，反对贪贿。
在思想文化上，幕府定朱子学为正学，贬其它学派为异学，禁止在幕府的昌平坂学问所讲授异学。言论出版受到严重限制，反对朱子学、批判幕府者受到镇压。例如，林子平（林 子平，1738－1793）因著《三国通览图说》《海国兵谈》，提出海防的必要性，被指责为“谈论外夷无稽之谈，动摇人心”，以“处士横议”罪被处禁闭。
松平定信对外厉行锁国。宽政4年（1792），俄国遣使拉克斯曼（Adam Laxman，1766－约1806），借送还日本漂流民为名，到北海道根室要求通商。松平定信要求他回国，次年令各大名加强沿海警备。
宽政改革暂时解决了幕府的财政赤字，但农民依然不断掀起反抗，统治阶级内部也有不满其节约政策的反对派。宽政5年（1793）7月，松平定信被免职，宽政改革告终。

江户中期以后，商品经济显著发展。随着全国各地商品经济的发展，各地区形成了与大坂作为全国中心市场相对的独立市场。畿内农村除商品农业外，农村加工业也发展起来。农村被卷入商品经济后，阶级分化愈演愈烈，土地被兼并的佃农成为失去生产资料的劳动者。少数小生产者在市场竞争中发财，雇佣工人成为资本家。地主、富农除向佃农收取地租外，还发放高利贷或开设作坊，雇佣贫困的小生产者，经营商品生产。
商人通过问屋收购农村工业品。他们预付定金，到期收购。有的贷给农民原料，以微薄的加工费收购农民的成品；有的还贷给农民生产工具。这种问屋对农村家庭手工业的控制，称为“前贷问屋制”，是日本资本主义生产关系的最初形式。这种生产关系进一步发展，到19世纪初，以丝织业为首，纺织、造纸、酿酒等行业都出现了由许多工人分工制造同一产品的手工业工场。

天保改革

天保8年（1837），德川家齐退隐大御所，继续掌控实权。从宽政改革后到天保改革前的这段时期故称大御所时代（大御所時代）。大御所时代继续实行锁国政策。文化元年（1804），俄国遣使列扎诺夫（Nikolai Rezanov，1764－1807）到长崎要求通商，再次遭到拒绝，于是列扎诺夫命令部下袭击日本北方的据点。面对俄国的威胁，幕府在宽政11年（1799）将东虾夷地收归直辖，文化4年（1807）又将西虾夷地收归直辖。文化5年（1808），英国军舰辉腾号入侵长崎港。文政8年（1825），幕府发布异国船打拂令（異国船打払令），驱逐外国船只。天保13年（1842），受清朝鸦片战争战败的影响，幕府放宽异国船打拂令，允许向外国船只提供水和燃料。
天保4年（1833），天保大饥荒（天保の大飢饉）爆发。各地农村、城市起义暴动再度迭起。天保7年（1836），大坂因粮荒米价飞涨，阳明学家大盐平八郎（大塩 平八郎，1793－1837）建议大坂町奉行救济灾民，遭到拒绝。天保8年（1837）2月19日，大盐平八郎号召农民，发动起义。檄文称“四海穷困，天禄将终，小人治国，灾害并至。”“为天下计，我辈甘冒灭族之祸，结集有志，诛殃民之官吏，戮骄奢之富商，发其窝藏之金银粮米，散于无田少田之人。”经过一天巷战，起义遭镇压失败。大盐平八郎死后，备后、越后、摄津农民先后起义，均被镇压。

以大盐平八郎之乱（大塩平八郎の乱）为最高潮，天保年间的农民起义和市民暴动，动摇了幕府的统治基础。天保12年（1841），老中首座水野忠邦（水野 忠邦，1794－1851）为挽救危局，实行天保改革（天保の改革）。
水野忠邦厉行节约，禁止奢侈，削减经费，在城市借口矫正风俗，审查出版物；控制城市人口，发布人返令（人返し令），命令江户农民归乡；发布株仲间解散令（株仲間解散令），承认自由买卖；发布上知令（上知令），将江户、大坂周围的领地收归幕府直辖。

天保改革仍然是模仿享保、宽政改革的保守改革，难以达成目的。与之相反，一些经济发达地区的大名实行藩政改革，大获成功。
文政11年（1828），调所广乡（調所 広郷，1776－1849）在萨摩藩实行藩政改革。他宣布分250年还清欠三都商人的500万两，相当于清除了债务。通过奄美的砂糖专卖和琉球贸易，实现了收入的增加。
天保9年（1838），长州藩任用村田清风（村田 清風，1783－1855）进行藩政改革。村田清风为解决财政亏空，在下关设置“越荷方”，向通过的商船提供高利贷。为救济贫困武士，债务由藩承担，37年分期归还。
萨摩藩、长州藩等藩改革成功后被称为雄藩（雄藩），逐渐成长为独立于幕府的新势力，在日后的维新运动中将起到重要作用。

化政文化

以大御所时代为中心，江户后期鼎盛的町人文化称为化政文化（化政文化）。

江户时代以前，学校教育衰落，武士只能在家族或寺院里受教育。江户中期以后，学派林立，学校教育发达起来，武士和平民的识字率都逐步上升。武士的学校教育分为幕府直辖的学校和各藩设立的藩校。幕府直辖的学校以昌平坂学问所为代表，在各幕府直辖领地也设有分校，以儒学教育为主。藩校的教学内容和方法与幕府直辖的学校有所不同，例如萨摩藩、长州藩等重视实学，而且允许平民子弟入学。
平民的学校教育分为寺子屋、乡校和私塾。镰仓时代以来，寺院兼有教育功能，接收武士、平民子弟入学，称为“寺子”。江户中期以后，儒学家、浪人、医生、神官、僧侣等设立的学塾也称“寺子屋”。乡校是农村里的初等教育机构，由幕府和各藩设立，或由藩内有权势的人出钱设立。私塾是学者出资在私宅开设的高等教育机构，江户中期以后非常发达。

文学作品的文学水平不高，日趋庸俗，但冲破封建朱子学的束缚，敢于描绘人性。黄表纸的代表作有恋川春町（恋川 春町，1744－1789）《金金先生荣花梦》、山东京传（山東 京伝，1761－1816）《江户生艳气桦烧》，滑稽本的代表作有十返舍一九（十返舎 一九，1765－1831）《东海道中膝栗毛》、式亭三马（式亭三馬，1776－1822）《浮世风吕》《浮世床》，人情本的代表作有为永春水（為永春水，1790－1844）《春色梅儿誉美》，读本的代表作有上田秋成（上田 秋成，1734－1809）《雨月物语》，合卷的代表作有柳亭种彦（柳亭 種彦，1783－1842）《偐紫田舍源氏》。
与谢芜村（与謝 蕪村，1716－1784）以画家的才能，使俳谐诗中有画。农民出身的小林一茶（小林 一茶，1763－1828）在流浪的生涯中，表露了对弱者的同情。川柳形似俳句，以柄井川柳（柄井 川柳，1718－1790）的《柳樽》为知名。

绘画方面，有浮世绘、写生画、文人画几种。铃木春信（鈴木 春信，约1725－1770）发明了彩色版画，对浮世绘的发展起到了重要作用。此后，擅长美人画的喜多川歌麿（喜多川 歌麿，1753－1806）、擅长肖像画的东洲斋写乐（東洲斎 写楽）、擅长风景画的葛饰北斋（葛飾 北斎，1760－1849）和歌川广重（歌川 広重，1797－1858）都留下不少名作。
写生画是运用西洋画的透视理论而作的写实绘画，以圆山应举（円山 応挙，1733－1795）创立的圆山派为代表。司马江汉（司馬 江漢，1747－1818）确立了西洋画法，从浮世绘转向西洋画。文人画指非职业画家的画，不拘一格，清新奔放，受到当时社会的欢迎。谷文晁（谷 文晁，1763－1841）结合大和绘和西洋画的技法，画出不少风景画和肖像画；其弟子渡边华山兼采中国和西方的画法，尤其擅长画人物。

18世纪中叶，德川吉宗放宽洋书限制之后，日本从荷兰吸取近代西方科学知识，称为兰学（蘭学）。幕府儒臣青木昆阳（青木 昆陽，1698－1769）研究荷兰语，出版了《荷兰文译》《荷兰文字略考》。本草学家野吕元丈（野呂 元丈，1694－1761）写成《荷兰本草和解》。两人被誉为兰学先驱。安永3年（1774），青木昆阳的弟子前野良泽（前野 良沢，1723－1803）和杉田玄白（杉田 玄白，1733－1817）根据解剖尸体的经验，译出《解体新书》（解体新書）。
地理学上，新井白石著《西洋纪闻》《采览异言》，在否定西方道德、宗教价值的同时，承认其物质文明的优越性。长崎的西川如见（西川 如見，1648－1724）著有《华夷通商考》。文政4年（1821），伊能忠敬（伊能 忠敬，1745－1818）历时17年测绘完成《大日本沿海舆地全图》（大日本沿海輿地全図），水平高超。天文学上，本木良永（本木 良永，1735－1794）写成《天地二球用法》，介绍了哥白尼的日心说。文化8年（1811），幕府接受天文学家高桥景保（高橋 景保，1785－1829）的建议，命大槻玄泽（大槻 玄沢，1757－1827）等人翻译《日用百科辞典》，最终成书《厚生新编》70卷。
文政7年（1824），荷兰商行的德国医生西博尔德（Philipp Franz von Siebold，1796－1866）在长崎开设诊所兼私塾“鸣泷塾”，教授西方医学，培养了多位兰学家。天保9年（1838），兰学医生绪方洪庵（緒方 洪庵，1810－1863）游学长崎，回到大坂行医，开设私塾“适塾”，培养了幕末和明治维新时期的多位志士。
不过，兰学的科学精神以及对幕府和朱子学的批判，引起了幕府的敌视。文政11年（1828），西博尔德事件（シーボルト事件）发生，西博尔德出国时被发现带有日本地图，十几名兰学家受牵连被处刑，其中高桥景保被处死。天保10年（1839），渡边华山（渡辺 崋山，1793－1841）和西博尔德的弟子高野长英（高野 長英，1804－1850）因批判幕府攘夷和锁国，被捕入狱，两人先后自杀，史称蛮社之狱（蛮社の獄）。

受到兰学的影响，儒学家中有一部分学者注意社会经济，立足于“经世济民”的经世论（経世論），希望拯救封建危机。熊泽蕃山反对传统的重农抑商，认为“欲行仁政于天下，不富有则徒善耳”。太宰春台更主张发展商品经济，开垦土地，促进生产，坚持“以富国为本，国富兵亦易强”的重商主义。
越后的经世家本多利明（本多 利明，1743－1821）认为，日本应在君主的统一领导之下，发展生产，对外贸易，开发虾夷地，殖民海外。出羽的经世家佐藤信渊（佐藤 信淵，1769－1850）认为，日本应废除大名武士割据，由君主统一领导，土地物产国有，农工商业国营。他主张采取征兵制，对外扩张，“统一宇内”。

国学从荷田春满开始成为一个独立的学派，并为贺茂真渊（賀茂 真淵，1697－1769）所发展。他继承了排除“今人的心”而以“古人的心”来理解的研究方法，在古典文学中发现了古代人的“直心”。本居宣长（本居 宣長，1730－1801）集国学之大成，以“情”为核心思想。他认为，要复原“大和心”，必须抛弃从中国传到日本的儒学的“汉意”。他重视《古事记》，历时35年完成《古事记传》（古事記伝）。本居宣长的弟子平田笃胤（平田 篤胤，1776－1843）发展了他的复古主义，反对崇拜中国，支持“复古神道”。
随着古文辞学的停滞不前，既反对荻生徂徕的繁琐注释，又反对朱子学、阳明学的空疏，主张折衷取舍各派优劣来理解儒家经书的折衷学派代之而起。代表人物有片山兼山（片山 兼山，1730－1782）和井上金峨（井上 金峨，1732－1784），他们折衷汉唐训诂和宋明义理，以清新流畅为主。此后，大田锦城（大田 錦城，1765－1825）等人精于对文献作实证研究，形成了日本的考证学派。
由于国学和考证学的发达，从事史料学和史学的学者不断涌现。塙保己一（塙 保己一，1746－1821）搜集古书，在江户开设和学讲谈所，校订编成日本最大的类书《群书类从》（群書類従），正续编共25部1530卷。赖山阳（頼 山陽，1781－1832）模仿《史记》纪传体，以汉文写成武家时代史《日本外史》（日本外史）22卷。

幕末的危机

攘夷与开国

随着民族危机的增长，幕末各藩藩主和武士、知识分子的思想十分活跃。发端于江户前期的尊王攘夷论，此时大为发展。尊王思想起源于朱子学的大义名分论，攘夷思想则来源于朱熹“攘夷狄以尊周室”。日本学者向来称中国为华，日本为夷；到17世纪中叶，山鹿素行则将华夷论颠倒过来，认为中国在政治德行上不及日本，应尊崇日本的国体。水户学发扬了这一思想，宣扬大义论，认为皇统万世一系是日本君臣关系的特征。水户学还运用儒家尊王贱霸的王霸论，指出武家政治脱离正道。
18世纪，本居宣长等国学家从以日本为中心的华夷思想出发，主张攘夷论。他们认为日本国体尊贵，外族入侵，必须攘击。与之对应的开国论则认为，同外国通商是大势所趋。不自量力，贸然攘夷，就是盲目排外。主张开国论的佐久间象山（佐久間 象山，1811－1864）认为，日本要富国强兵，必须打开国门，向西方学习。横井小楠（横井 小楠，1809－1869）也认为，“当今之际，惟开国通商，方合古来天地之理”，但他不希望推翻幕府，主张改良。吉田松阴（吉田 松陰，1830－1859）不仅主张开国，后来还进一步主张暴力推翻幕府。

嘉永6年（1853），美国海军准将马休·佩里（Matthew C. Perry，1794－1858）率舰队驶入江户湾浦贺，要求幕府接受美国总统米勒德·菲尔莫尔（Millard Fillmore，1800－1874）的国书，史称黑船来航（黒船来航）。老中首座阿部正弘（阿部 正弘，1819－1857）打破了幕府决定国政的惯例，将黑船来航的情况报告天皇，将美国国书分送各藩大名和幕臣征询对策。次年，在美国的武力威胁下，幕府被迫于3月3日签订不平等条约《神奈川条约》（神奈川条約），也称《日美和亲条约》（日米和親条約）。条约规定，日美两国友好，日本开放伊豆的下田和北海道的箱馆（今函馆市）两个港口，供给美国舰船食物和燃料，救助遇难船员等。从此，日本被迫开国，结束了两百多年的锁国局面。
英国、俄国、荷兰等国也仿照美国先例，与日本签订了类似的不平等条约。嘉永7年（1854）8月23日签订的《日英和亲条约》（日英和親条約）规定，日本开放长崎、箱馆两港。安政元年（1855）12月21日签订的《日俄和亲条约》（日露和親条約）规定，日本开放长崎、下田、箱馆三港，千岛群岛的择捉岛和得抚岛之间为日俄国界，库页岛（桦太）遵循以往习惯不分界。安政2年（1856）12月23日签订的《日荷和亲条约》（日蘭和親条約）规定，日本开放长崎、下田、箱馆三港。

开国前后的社会

黑船来航前后，幕府为应付外国侵略，实行了安政改革（安政の改革）。阿部正弘笼络各藩上层，联合萨摩藩藩主岛津齐彬（島津 斉彬，1809－1858）、水户藩藩主德川齐昭（徳川 斉昭，1800－1860）、福井藩藩主松平庆永（松平 慶永，1828－1890）等，进行改革。阿部正弘放松幕府专制，破例就对外重大问题征询皇室和大名。安政2年（1855），幕府设讲武所、长崎海军传习所，雇用荷兰教官，引进西方军事技术，充实海防，解禁造船，大兴海军。幕府还从各藩召集兰学家，翻译洋书，设立洋学所，后改称“蕃书调所”。
萨摩、长州、土佐、肥前等西南雄藩吸取天保改革的经验和教训，认清幕府衰弱无能，各自谋求富强。它们首先从经济上摆脱幕府，独立自主，其次改革军制，实行藩军近代化。萨摩藩以军事工业为中心，发展藩营企业和对外贸易。长州藩通过扶植富农，控制农民的商品生产，发展市场经济。土佐藩实行重商主义，奖励农民商品生产。肥前藩同样以军事为中心。

西方资本主义国家在迫使日本签订“和亲”条约后，便接着要求缔结通商条约。安政3年（1856），汤森·哈里斯（Townsend Harris，1804－1878）在下田就任美国总领事，要求通商。老中堀田正睦（堀田 正睦，1810－1864）向天皇征询意见，通商要求遭到天皇拒绝。当时中国正陷入第二次鸦片战争，哈里斯借机威吓日本：英、法可能侵略日本，应及早与美缔结友好条约。幕府只得于安政5年（1858）6月19日签订《日美修好通商条约》（日米修好通商条約）。条约规定，日本开放神奈川、长崎、新潟、兵库四港，江户、大坂两地通商；承认开港地美国人居住权和公使领事驻在权；承认美国领事裁判权；关税由两国协商决定。
接着，幕府又与荷、俄、英、法签订了同样的通商条约，史称《安政五国条约》（安政五カ国条約）。安政条约使日本沦为半殖民地。日本被迫承认西方国家在日本享有领事裁判权，丧失了对外侨的司法权；被迫接受协定关税制，丧失了保护本国工商业的关税自主权；被迫给予西方国家片面最惠国待遇；被迫允许西方国家在日本设置租界，外国人在租界内享有永久租地权和自治权。

就在安政条约签订之时，幕府中以德川齐昭、松平庆永、岛津齐彬为首的改革派和以彦根藩藩主井伊直弼（井伊 直弼，1815－1860）为首的保守派之间的斗争，围绕将军继承问题日趋尖锐。由于将军德川家定（徳川 家定，1824－1858）病弱无子，改革派推选德川齐昭之子德川庆喜（徳川 慶喜，1837－1913）为继承人，保守派则拥立纪州藩藩主德川家茂（徳川 家茂，1846－1866）。改革派利用外交问题宣扬攘夷论，攻击幕府保守派的妥协无能。安政5年（1858），井伊直弼任大老，强行推举德川家茂为将军，批准《日美修好通商条约》。
以外交和继嗣问题为转机，幕府对立两派都努力争取朝廷的支持，天皇权威提高。各藩武士、浪人也聚集京都，要求朝廷压制幕府的独断专行。井伊直弼坚决抗拒皇室利于改革派的措施，对改革派展开镇压。两年间，改革派公卿、家臣、武士、浪人数十人被捕，押送江户，多人遭斩首。德川齐昭、德川庆喜等改革派大名以及堀田正睦等幕臣均被判禁闭等处罚，连坐百余人。保守派制造安政大狱（安政の大獄），肃清了全部政敌。安政7年（1860）3月3日，井伊直弼在江户樱田门外被刺杀。樱田门外之变（桜田門外の変）后，天皇赦免了安政大狱中的幸存者。

尊王攘夷运动

安政大狱打破了“强藩合议，改革幕政”的幻想，标志着幕政改革的终结。各种反幕势力逐渐集结到“尊王攘夷”（尊王攘夷）的旗帜下，运动主导力量从改革派藩主、公卿和中上层武士转移到下层武士领导的激进武士和豪农商手中。
尊王攘夷论本不反对幕府，但幕末西方列强侵略日本，幕府不但镇压改革派，还签订不平等条约，改革派对幕府的希望完全破灭，由此依靠皇室、攘击外敌的呼声昂扬。幕府内部和萨摩、土佐等藩大名和上层武士中，则出现了与尊王攘夷派对抗的保守派——公武合体派。他们主张改良，希望调和朝廷与幕府的关系。

公武合体派企图让将军德川家茂迎娶孝明天皇（孝明天皇，1846－1867在位）的妹妹，以实行“公武合体”（公武合体），争取天皇的权威来提高幕府的地位。萨摩藩藩主的父亲岛津久光（島津 久光，1817－1887）本支持尊王攘夷，但出于自身的利益，他希望通过公武合体来维护封建统治。文久2年（1862）4月23日，岛津久光派家臣刺杀正在伏见寺田屋开会的萨摩藩尊王攘夷派领导人，以镇压尊王攘夷派活动，史称寺田屋骚动（寺田屋騒動）。随后，他又带着天皇改革幕政的指示，与公武合体派公卿一同前往江户，实行幕政改革，即文久改革（文久の改革）。
尊王攘夷派通过刺杀对公武合体派展开斗争。文久2年（1862）1月15日，尊王攘夷派志士在江户坂下门外袭击老中安藤信正（安藤 信正，1820－1871），迫使其负伤后辞职，史称坂下门外之变（坂下門外の変）。同年8月21日，岛津久光在从江户返回萨摩之时，与之相遇的英国人遭到袭击死伤，史称生麦事件（生麦事件）。英国公使馆两次遭到尊王攘夷派志士袭击，同年12月12日更被长州藩志士高杉晋作（高杉 晋作，1839－1867）等人烧毁。
尊王攘夷派在寺田屋骚动的教训之后，意识到大名不可信赖，把希望寄托在天皇身上。尊王攘夷派志士怂恿天皇下令幕府攘夷，在群情激愤下，幕府不得不接受在文久3年（1863）5月10日实行攘夷。当天，长州藩炮轰通过下关的外国舰船，随后遭到还击。于是，由豪农商出资、下层武士领导，长州藩组建起包括农民、市民在内的新军。新军是以“奇兵队”为首的“诸队”，高杉晋作任队长，在尊王攘夷派的武装斗争中发挥了重要作用。7月2日，英国就生麦事件与萨摩藩的谈判破裂，炮击鹿儿岛，萨英战争（薩英戦争）爆发。经过三日的抵抗，英军虽然获胜，但也不得不承认萨摩藩的实力。
由于萨摩、长州两藩的攘夷，尊王攘夷派声势大振。长州藩策动各藩志士联系皇室，要求朝廷亲征外夷。但孝明天皇仍倾向于公武合体派，表示：“权力下移，终至颠覆治国之基，朕深忧之。”文久3年（1863）8月18日，他和上层公卿串通幕府和萨摩、会津的志士，发动八月十八日政变（八月十八日の政変），尊王攘夷派被清除出京都。12月，天皇召开参预会议，公武合体派控制了中央政局。
聚集在长州藩的尊王攘夷派急于扭转颓势，元治元年（1864）7月19日进攻皇宫，被幕府指挥的会津、萨摩藩军击败，史称禁门之变（禁門の変）。至此，尊王攘夷运动以公武合体派的胜利告终。

禁门之变后，天皇于7月23日下令幕府征讨长州藩。英、法、美、荷四国借机对长州炮击外国舰船的行动实施报复，于8月5日进攻下关，下关战争（下関戦争）爆发。8月18日，长州藩被迫接受和议：允许外国舰船在下关自由航行；拆除下关的炮台；赔偿300万美元，由幕府承担。下关战争的结果，迫使日本对外政策从攘夷转向开国。
下关战争后，长州藩内部爆发了分歧。保守派主张向朝廷、幕府“恭顺谢罪”，而凭借以奇兵队为首的诸队力量的高杉晋作、伊藤博文（伊藤 博文，1841－1909）等人则力主“武备恭顺”，即表面上恭顺幕府，同时准备抗争。保守派最终占据上风，高杉晋作和伊藤博文被迫逃往筑前。11月，幕府军进入长州，负责禁门之变的三名家老被迫自杀。各藩尊王攘夷派都被镇压，第一次长州征讨（第一次長州征討）便告结束。